Kako za razdoblje srednjega vijeka nisu sačuvana potrebna svjedočanstva, pouzdani podaci postoje tek za biblioteke koje nastaju tek s razvojem prosvjete koju osmanska vlast uspostavlja neposredno po svom dolasku u Bosnu i Hercegovinu. Prve kolekcije zapravo su priručne zbirke u školama (mektebi i medrese), a gotovo su redovno određen broj knjiga imale džamije i tekije. Odredbama Vakufname Gazi Husrev-bega 1537. podignuta je medresa ovog bosanskog valije, u kojoj je odredio i dio novca da se kupe knjige.
Ova knjižnica postat će okosnica razvoja biblioteka Bošnjaka, o čijem se razvoju i historijatu ponajviše bavila dr. Lamija Hadžiosmanović. Gazi Husrev-begova biblioteka (GHB) ostala je najznačajnija ustanova ove vrste u Bošnjaka sve do danas. Dobrim dijelom su je popunjavali polaznici medrese, koji su prepisivali djela za potrebe nastave. U nju su se slivali pokloni uglednika i imućnih ljudi, odnosno bibliofila, a i uprava škole sistematski je popunjavala fond knjigama potrebnim za nastavni program.
Prve zbirke i biblioteke općenito popunjavane su prepisivanjem djela s tri orijentalna jezika, ili pak s bosanskog jezika, arapskim pismom prilagođenim za ove potrebe. Dalje, zbirke su nastajale kupovinom i, najčešće, uvakufljenjem. Upravo ustanova vakufa, inače veoma značajna za razvoj privrednog, urbanog i kulturno-prosvjetnog života, pospješila je razvoj biblioteka na ovim prostorima. Zadužbinama su nastajali gradovi, javni i sakralni objekti, prosvjetni zavodi, a nerijetko i zgrade za biblioteke. U vakufnamama (zakladnicama) vrlo su precizno popisivane knjige po naslovima i piscima, pa su bile i zamjena za katalog.
Biblioteke u Bošnjaka mogu se svrstati u dva tipa: javne i privatne, a i ove druge bile su vrlo često otvorene za vanjske korisnike. Vakifi su gotovo redovno svojim vakufnamama određivali ko i pod kojim uvjetima može koristiti knjigu. Sve do 18. st. u svim bošnjačkim bibliotekama gotovo je isključivo rukopisna knjiga. S osnivanjem štamparija u Istanbulu 1729. i u Kairu krajem istoga stoljeća i biblioteke Bošnjaka značajnije popunjavaju svoje fondove njihovim izdanjima, a od 1866, kada se u Sarajevu osniva štamparija i počinje izdavačka djelatnost, bibliotečki fondovi upotpunjuju se publikacijama te ustanove i izdanjima drugih tiskara na južnoslavenskom prostoru.
Za vrijeme osmanske uprave u Bosni i Hercegovini djelovalo je oko stotinu medresa i nekoliko stotina mekteba, u kojima su obavezno bile manje ili veće kolekcije knjiga. Među važnijim je sarajevskim bibliotekama i knjižnica muderisa (profesora medrese), vaiza (propovjednika), baš-katiba u mehkemi (generalnog sekretara suda) i pjesnika Abdulaha Kantamirije (umro 1774), koji je podigao zgradu za biblioteku i osigurao joj početni fond, koji je uglavnom sam prepisao. Zbirka je u cijelosti prenesena u GHB 1912.
Osman Šehdija Bjelopoljac (umro 1769), pjesnik na turskom jeziku, podigao je 1757. zgradu za biblioteku, a dvije godine kasnije iz Carigrada poslao 180 rijetkih rukopisa iz područja orijentalnih književnosti i islamskih znanosti. Zgrada je 1912. porušena, a knjige prenesene u GHB. Sarajevski kadija Ismail Misrija osnovao je početkom 18. st. medresu i uz nju biblioteku, koja je 1897. pridodata fondu GHB. Medresu i zgradu biblioteke podigao je u Sarajevu 1775. Abdulkerim ef. Sim Zade Đumišić.
Sve veći gradovi imali su barem po jednu veliku javnu biblioteku i niz manjih kolekcija uz medrese, džamije, tekije. Veliki mostarski vakif Mehmed-beg Karađozbeg podigao je medresu i uz nju biblioteku 1570. S vremenom su se u ovu knjižnicu prenosili čitavi fondovi zbirki mostarskih uglednika i zaljubljenika knjige, a u njoj su se čuvali mnogi dragocjeni unikati i autografi mostarskih pisaca i učenjaka, kao što su Mustafa Ejubović – Šejh Jujo (1650–1707), Šejh Ibrahim Opijač (1678–1727), Ali-dede Bošnjak (umro 1598) i mnogi drugi.
Poznati pjesnik i državnik Derviš-paša Bajezidagić (umro 1603) zakladnicom iz 1593. udara temelje svojoj knjižnici, koja je bila opskrbljena perzijskim, arapskim i turskim klasicima, ali i djelima domaćih pisaca. Osobena je Ćejvan Ćehajina biblioteka, za koju je njezin utemeljitelj 1558. uvakufio 120 džuzova Kur'ana i osam svezaka vjerskoga štiva za učenje i držanje predavanja u džamijama u Mostaru, Blagaju i Gabeli. U Mostaru su još djelovale Bosnali Ahmed-agina biblioteka, Biblioteka Ali-paše Rizvanbegovića i biblioteke uz medrese: Roznamedži Ibrahim ef., Koski Mehmed-paše, Hadži Balina, Buk'a hadži Velije i šejh Ismaila Opijača. Iako vezirski grad, Travnik do početka 19. st., odnosno do 1804, nema javne biblioteke. Te godine je Elči Ibrahim-paša, bosanski vezir, podigao medresu, u njoj ustanovio biblioteku i uvakufio 103 rukopisa. S vremenom se ona popunjavala i postala prilično opskrbljena. Godine 1892. njezin fond prenesen je u Feziju medresu u istom gradu.
Da su i manja mjesta pridavala značaj knjizi, svjedoči i Biblioteka Halil ef. u Gračanici. Bila je smještena u medresi Osman-kapetana Gradaščevića. Njen osnovni knjižni fond činile su knjige uvakufljene 1737, a kasnije se razvijala pridruživanjem manjih mjesnih biblioteka. U Foči su uz tri medrese: Mehmed-paše Kukavice, Memi Šah-begove i Osman-efendijine djelovale i biblioteke. Prvi pisani dokumenat o postojanju javne biblioteke u Banjoj Luci jeste vakufnama Mevla Husamudina Bošnjaka iz 1830. U popisu početnoga fonda zavedeno je 100 knjiga u 83 sveska, a bile su sistematizirane po disciplinama.
Pored javnih, vakufskih, postojale su u osmanskom razdoblju u Bosni i Hercegovini i brojne privatne zbirke. Veće biblioteke obično su posjedovali intelektualci i bogatiji i ugledniji građani, pa danas i iz fonda GHB možemo pročitati imena nekih od tih posjednika. Oni ili njihovi potomci poklanjali su ili, rjeđe, prodavali knjige vakufskim bibliotekama. Između velikog broja porodica koje su imale svoje knjižnice, najpoznatiji su bili: Fadilpašići, Dženetići, Svrze, Kadići, Muidovići (Sarajevo), Tuzle, Džinići (Banja Luka), Hromići, Rizvanbegovići, Mehmedbašići, Mahmutćehajići (Stolac), Riđanovići, Karabezi (Mostar), Atlagići (Hlivno), Gradaščevići (Gradačac), Bojići (Divič kod Zvornika) itd.
Među brojnim bibliofilima koji su u austrougarskom razdoblju i kasnije nastavili tradiciju prikupljanja knjižnoga blaga, rukopisnog i štampanog, bili su: Safvet-beg Bašagić, Mehmed Džemaludin Handžić, Ali Riza Karabeg, Hamdija Kreševljaković, Muhamed Kurt, Salih Mešić, Mustafa Hilmi Muhibić, Edhem Mulabdić, hadži hafiz Mustafa Nurkić, Osman Asaf Sokolović, Hazim Šabanović, Alija Bejtić, Muhamed Hadžijahić i drugi.
U austrougarskom razdoblju počelo je sabiranje bibliotečkog blaga u GHB, koje na izvjestan način traje i do danas. Najveći dio vakufskih, školskih i privatnih knjižnica sabran je u ovoj ustanovi, koja je danas najznačajnija orijentalistička biblioteka na Balkanu. U njoj se, između ostaloga, čuva 7.000 kodeksa i preko 2.000 rukopisa. U ovom vremenu, uz nove škole i kulturno-prosvjetna društva, obično nastaju biblioteke i redovito čitaonice, a popunjavaju se štampanom knjigom i periodičnim publikacijama. Uporedo s nastajanjem novih stagniraju vakufske biblioteke. Dva najznačajnija kulturno-prosvjetna društva „Gajret“ i „Narodna uzdanica“ imala su značajnu djelatnost u širenju i afirmaciji knjige, i to posredstvom široke mreže čitaonica.
Uz ova društva postojale su dobro utemeljene knjižnice s knjižnim fondom raznolikoga sadržaja. I dobrotvorna društva: „Islahijjet“ (Brčko, 1907), „Hurijjet“ (Sarajevo, 1908), „Fadilet“ (Banja Luka, 1908) i „Senaat“ (Tuzla, 1911) imala su dobro opremljene biblioteke i uz to čitaonice. Do Drugog svjetskog rata djelovale su biblioteke pri islamskim prosvjetnim zavodima: Šerijatskoj gimnaziji u Sarajevu (1918/10) i Šerijatsko-sudačkoj školi u Sarajevu (1877), koja je 1936. prerasla u Višu islamsku šerijatsko-teološku školu.
Poslije Drugog svjetskog rata komunistička vlast ukida sve kulturne ustanove s nacionalnim predznakom i tako uglavnom propadaju brojni spomenuti fondovi, tj. onaj dio knjiga koji je preživio rat.
Knjige koje su stoljećima pisali i čuvali Bošnjaci danas u najvećem broju čuva GHB, kao središnja ustanova te vrste. Nažalost, druga biblioteka po vrijednosti rukopisnog fonda, Biblioteka Orijentalnog instituta u Sarajevu, uništena je u potpunosti u zlikovačkim akcijama u prvim mjesecima agresije na Republiku Bosnu i Hercegovinu. U isto vrijeme uništene su i brojne privatne biblioteke Bošnjaka širom Bosne i Hercegovine tako da je njihov ukupan broj naglo i nepovratno smanjen kada su u pitanju rukopisi i rijetke knjige i časopisi.
