Dolaskom Osmanlija u Bosnu i Hercegovinu mijenja se i pristup zdravstvenom sistemu pa je u više dokumenata konstatirano da su širenjem islama kao dominantne religije u Osmanlijskoj carevini razvijani i šerijatski propisi s posebnim naglaskom na ličnu čistoću i higijenu okoliša. Potvrda takvog opredjeljenja u razvijanju zdravstvenog ponašanja naroda su u početku intenzivne gradnje vodovoda, kanalizacije i kupatila.
Prema tvrdnji dr. Alije Karahasanovića, prvi vodovod i javno kupatilo u Sarajevu podigao je osnivač Sarajeva Isa-beg Ishaković, što predstavlja i početak razvoja prve sanitarne infrastrukture u BiH (između 1454. i 1463). Tako se iz zapisa poznatoga historičara i farmaceuta S. Elezara u tom periodu izgradilo 56 javnih kupatila, 224 vodovoda i javnih česmi, manjih i većih kanalizacionih sistema i septičnih depoa.
Podsticaj za iskustvene tradicionalne i naučne mjere zaštite zdravlja predstavljale su u ovom periodu i masovne epidemijske bolesti kao što su: kolera, kuga, tuberkuloza, malarija... Za ovaj period ne može se utvrditi prisustvo naučne organizacije zdravstva, ali je ona stvorena spontano i iskustveno i od osmanskih vlasti, posebno njenog vojnog sektora oslonjenog na istočnjačku medicinu. Važno prisustvo u organizaciji zdravstvene zaštite predstavljala je i vjerska i šira duhovna zajednica: imami, priučeni vidari, berberi, narodni medicinari, derviši i vješte žene.
Putem istočnjačke medicine i domaćih iskustava pojavljuju se i brojne knjige i ljekaruše, priručnici koji su novim provjerenim znanjima prerastale u naučnu literaturu iz medicine i farmacije. Poznati su autori u ličnosti Vase Pelagića s monografijom "Narodni učitelj", zatim Fra Luka Dropulić i dr. Leopold Glück, te Risto Jeremić, koji prikazuje sadržaje svih ljekaruša tog vremena od Dropulića, Filipovića, Kulenovića, Mirkovića i brojnih franjevaca. Danas se iz tog vremena nalaze rukopisi Mudžis al Kanuna u biblioteci Zavoda za zdravstvenu zaštitu BiH, a Kanun Avicene na arapskom jeziku u Gazi Husrev-begovoj biblioteci u Sarajevu.
Zdravstvene institucije, kao zvanične ustanove, u BiH javljaju se krajem XVIII. i početkom XIX. vijeka. Tako je polovinom XVIII. vijeka u Sarajevu otvorena bolnica u okviru Hadži Sinanove tekije za liječenje duševnih bolesnika.
Posebna mreža za ljekovita sredstva iz trava i drugih prirodnih bioloških i anorganskih izvora razvijana je u tursko doba u svim većim gradovima BiH. Polovinom XIX. st. javljaju se i moderne apoteke u Sarajevu, Tuzli, Mostaru, Bihaću, Travniku. Početkom XVIII. stoljeća, ovlaštenjem pape Pia VII., fra Mate Nikolić obavlja prvu liječničku praksu u Bosni i Hercegovini, a nakon njega prvi diplomirani liječnik bio je fra Petar Bustrović. Kasnije se pojavljuju brojni liječnici franjevci. Prvi liječnik Jevrej u BiH bio je Isak Salom, a prvi apotekar Jakov Sumbul.
Brojni strani liječnici su u turskoj vladavini radili u BiH, kao što su: Gabor, Galanty, Gustav Gal, Relgesberger, Jozef Kicit Kramer, Petar Rico i dr. Prvi liječnik Bošnjak bio je dr. Zarif Skenderi i dr. Mehmed Sami Serbić.
Bitne karakteristike društvenog sistema u periodu turske vladavine opisali su dr. Gal, Mula Mustafa Bašeskija u svome Ljetopisu, te puno kasnije dr. Hamdija Karamehmedović. Krajem ovoga perioda otpočete su značajne reforme u zdravstvu razvojem zdravstvenog zakonodavstva i zdravstvenog obrazovanja. Tako je prvi pisani zdravstveni zakon u Bosni i Hercegovini uvela turska vlast 1873. godine, a njime je otpočela obavezna evidencija zaraznih bolesti, bolesničkih kreveta, umrlih pacijenata, zaposlenog osoblja, prvenstveno liječnika i bolničara.
