Granična policija BiH uspostavljena je na osnovu Zakona o Državnoj graničnoj službi BiH koji je, u skladu sa svojim ovlaštenjima, 13. januara 2000. godine donio visoki predstavnik u BiH Wolfgang Petritsch.
Na 66. sjednici, od 9. februara 2000. godine, Predsjedništvo BiH donijelo je Odluku o imenovanju prvog direktora Državne granične službe i njegovih zamjenika, a na 69. sjednici, održanoj 8. marta 2000. godine, Predsjedništvo BiH je donijelo i Odluku o osnovnim principima organizacije, funkcioniranja i nadležnosti Državne granične službe i Odluku o prijenosu dijela ovlaštenja za provođenje Zakona o državnoj graničnoj službi BiH.
Granična policija BiH počela je operativno raditi 6. juna 2000. godine formiranjem prve jedinice - Aerodrom Sarajevo. Stoga se na ovaj datum obilježava Dan Granične policije. Proces preuzimanja poslova nadzora i kontrole prelaska državne granice od entitetskih i kantonalnih MUP-ova tekao je etapno i završen je 30. septembra 2002. godine inauguracijom Jedinice državne granične službe Strmica, a 30. decembra 2002. godine Misija Ujedinjenih naroda u BiH na čelu sa specijalnim predstavnikom generalnog sekretara UN-a i šefom Misije UN-a u BiH Jacquesom Paulom Kleinom akreditirala je Državnu graničnu službu BiH da ispunjava osnovne standarde demokratskog provođenja zakona. Od tada kompletna granica BiH stavljena je pod kontrolu i nadzor, koji se obavljaju na znatno organiziraniji i funkcionalniji način.
Treba napomenuti da je Državna granična služba formirana prije Ministarstva sigurnosti BiH, a donošenjem novog Zakona o Državnoj graničnoj službi u oktobru 2004. godine, ova policijska agencija definirana je kao upravna organizacija u sastavu Ministarstva sigurnosti BiH, s operativnom samostalnošću, osnovana radi obavljanja policijskih poslova u vezi sa nadzorom i kontrolom prelaska granice BiH i drugih poslova propisanih zakonom. Izmjenama ovog Zakona, koji je stupio na snagu 18. aprila 2007. godine, Državna granična služba BiH preimenovana je u Graničnu policiju Bosne i Hercegovine. Granična policija BiH u svom radu primjenjuje, prije svega, osnovne zakone: Zakon o graničnoj kontroli, Zakon o policijskim službenicima BiH, Zakon o kretanju i boravku stranaca i azilu, Zakon o državnoj službi u institucijama BiH i dr. Među značajnijim dokumentima novijeg datuma važno je istaknuti da su davanjem saglasnosti Vijeća ministra BiH 2013. godine na izmjene i dopune Pravilnika o unutrašnjoj organizaciji Granične policije omogućena nova radna mjesta za policijske službenike u Jedinici granične policije Doljani, u čijoj je nadležnosti novi Međunarodni granični prijelaz Bijača, radna mjesta za strateško planiranje i evropske integracije, zaštitu tajnih i ličnih podataka, te za upošljavanje manjeg broja državnih službenika uspostavljanjem novog Ureda za internu reviziju. Uz ovo, donošenjem novog Pravilnika statusno je osnovan i Zajednički centar za analizu rizika kao unutrašnja organizacijska jedinica u okviru Glavnog ureda Granične policije BiH.
