Jedna od omiljenih teorija o islamizaciji Bosne tvrdi da je islamizacija bila posljedica masovnog prevjeravanja pripadnika Crkve bosanske, koji su, prema svim verzijama ove teorije, navodno bili bogumili. Na prvi pogled ima nečega vjerodostojnog u toj tvrdnji, piše historičar Noel Malcolm u svojoj knjizi „Bosna – kratka historija“, izdanoj u New Yorku 1994. godine. Primjećuje da su Crkva bosanska i veliki porast islamskog stanovništva u Bosni dvije najizrazitije značajke bosanske historije, a prva završava gotovo istovremeno kada druga započinje. Što bi moglo biti prirodnije nego pretpostaviti da jedno objašnjava drugo? Ipak, Malcolm je uvjerenja da je ta teorija u svojoj najjednostavnijoj formi očito netačna. Ta se dva fenomena mogu dovesti u neku vezu, ali je ta veza tek posredna.
Naime, proces islamizacije trajao je kroz više naraštaja. Ako su glavni izvor novopečenih muslimana u svom tom razdoblju bili pripadnici Crkve bosanske, onda bi valjalo očekivati da se u osmanskim defterima nalaze podaci o velikom broju tih pripadnika, koji se postupno smanjuje, ali defteri pokazuju da je za gotovo 150 godina bilo u Bosni manje od 700 registriranih pripadnika te crkve, a Malcolm je iznio i podatke zbog kojih ima valjanih razloga da se vjeruje kako se Crkva bosanska uglavnom ugasila još prije dolaska Turaka i da broj njenih svjetovnih pripadnika u godinama prije njene propasti ionako nije bio bogzna kako velik.
Mustafa Imamović u svojoj „Historiji Bošnjaka“ iznosi podatak kako nema znakova o tome da su se starješine ili pripadnici Crkve bosanske priklonili Osmanlijama. Naprotiv, poznato je da se gost Radin, jedan od najuglednijih preostalih crkvenih starješina i utjecajni dvorjanin hercega Stjepana, obratio 1466. Veneciji s molbom da s 50-60 pripadnika svoje sljedbe i zakona pređe na njenu teritoriju, uz uvjet da tamo zadrže svoju vjeru. Izgleda da mu se pastva svela na svega 50-60 sljedbenika, uključujući tu, vjerovatno, i onih četrdeset „najtvrdokornijih“ koji su 1459. potražili utočište pred prisilnim preobraćivanjem na katoličanstvo koje je provodio bosanski kralj Tomaš.
Možda su neki od tih ljudi zaista, kao što nekoliko savremenika daje na znanje, objeručke prihvatili Osmanlije kako bi napakostili svojim katoličkim progoniteljima, ali, tvrdi Malcolm, prihvatanje Osmanlija bilo je nešto sasvim drugo od prihvatanja islama pa bi pojedinci koji su se tako ponijeli zbog svoje silne privrženosti Crkvi bosanskoj jamačno bili posljednji od svih ljudi koji bi se odrekli svoje vjere. Bilo je i pokušaja da se pronađu neke dublje duhovne veze između teologije bosanskih bogumila i ezoterijske tradicije u islamu, posebno u tesavvufu derviških redova. Međutim, ako odbacimo, a Malcolm tvrdi da moramo, bogumilsku teoriju o Crkvi bosanskoj, onda i taj argument pada u vodu.
Jedina veza koja se može otkriti između Crkve bosanske i islamizacije jest posredna i prilično negativna. Ono što slučaj Crkve bosanske pokazuje, to je da je Bosna imala neobično krhku i izlomljenu crkvenu povijest u razdoblju prije dolaska Osmanlija. Na nekim područjima (u Hercegovini i u srpskom pojasu u istočnoj Bosni) nadmetale su se među sobom tri različite crkve. U većem dijelu same Bosne nadmetale su se dvije, Crkva bosanska i Katolička crkva.
Ni jedna od njih, sve do posljednjih desetljeća Bosanskog kraljevstva, nije isključivo podupirala državnu politiku, i ni jedna nije imala pravu teritorijalnu podjelu na župne crkve i župnike. Zacijelo su mnoga sela bila daleko i od franjevačkih samostana i od hiža Crkve bosanske, pa su ih u najboljem slučaju obilazili jedanput godišnje fratar ili krstjanin. Ako ovakvo stanje usporedimo s prilikama u Srbiji ili Bugarskoj, u kojima je postojala jedinstvena, snažna i dobro organizirana nacionalna crkva, uočit ćemo jedan od glavnih razloga velikom uspjehu islama u Bosni.
Ako uzmemo u obzir da u mnogim dijelovima Bosne nijedna crkva nije odlučno zastupala kršćanske interese, postat će nešto jasnija psihologija preobraćenja na islam, a Malcolm izvodi zaključak da nema smisla govoriti o tom preobraćanju onako kako bismo govorili, recimo, o Martinu Lutheru ili kardinalu Newmanu. Na seoskim područjima na kojima je bilo premalo svećenika, kršćanstvo (u bilo kojem obliku) se vjerovatno svelo samo na niz narodnih običaja i ceremonija, od kojih su jedni bili vezani uz rođenje, vjenčanje i smrt, a drugima je svrha bila da odvrate nesreću, izliječe od bolesti, osiguraju dobre prinose, i tako dalje.
Odnosno, prelazak s narodnog kršćanstva na narodni islam nije predstavljao veliku promjenu za Bošnjake, mnogi su se običaji mogli mirne duše nastaviti, samo uz malo drukčije riječi i imena. Bez nadzora crkve koja bi upozoravala vjernike na opasnost što prijeti besmrtnoj duši, taj prelazak nije uopće morao biti težak. Ozbiljni protestantski posjetioci na Balkanu bili su često zgranuti nad time kako ljudi nehajno shvataju to prevjeravanje. Engleski liječnik George Wheler, koji je u sedamdesetim godinama 17. stoljeća posjetio Korint, zapazio je kako ovdašnji kršćani, kojima nedostaje dobra poduka, sposobni i odani pastori koji bi ih podučili, otpadaju svakodnevno od vjere, odriču se svoje religije u korist turskog praznovjerja kad god ih snađe kakva god nezgoda ili neugodnost.
Neki od običaja iz narodne religije koji se spominju u prvim izvorima postoje odvajkada i u kršćanskoj i u islamskoj tradiciji. Vjerovanje u zaštitnu moć pločica ili papirića s religioznim natpisima – bilo kao amulet ili nešto što se zakapa u polju da štiti ljetinu – bijaše uobičajeno u srednjem vijeku i očuvalo se do dana današnjega i među kršćanima i među muslimanima. Jedan je putnik 1904. godine bio iznenađen činjenicom što su i muslimani i kršćani podjednako bili praznovjerni i vjerovali u moć amajlija, koje su muslimanima često blagosiljali franjevci i koje djeca nose oko vrata, na odjeći ili na lešu, zmije, ribe, orlovske pandže, jelenske rogove i tako dalje.
Mnoge svetkovine i blagdane slave obje religije, među njima Jurjevo i Ilinden, koji muslimani zovu Aliđun. A ondje gdje je osnovni stav prema religiji praktično-magijski, smatra Malcolm, jedna religija može posuditi od druge čak i najvažnije obredne elemente, ili, bolje reći, pogotovo one najvažnije jer se vjeruje da oni posjeduju najveću moć. Zabilježeni su slučajevi kad su kršćani pozivali muslimanske derviše da čitaju iz Kur’ana nad njihovim teškim bolesnicima ne bi li ih izliječili.
