Od kraja 18 i početkom 19 stoljeća dolazi do izvjesnog ublažavanja i otupljivanja oštrice ekonomsko-socijalnih sukoba i borbi među Bošnjacima. Razlog tome su ustanci i oslobodilački pokreti kršćanskih, u prvom redu pravoslavnih naroda, koji tada izbijaju u Osmanskom carstvu. Ovim se ustancima ne dovodi u pitanje samo osmanska vlast, nego se istovremeno na raznim područjima ugrožava fizički opstanak muslimanskog stanovništva, uključujući tu i Bošnjake. Tako je u Bosni shvaćen i primljen Prvi srpski ustanak, koji je podignut 14. februara 1804. godine u Orašcu kod Aranđelovca.

Osjećaj da su ustankom Bošnjaci kao muslimani u svakom pogledu ugroženi bio je razlogom da su odredi bosanske vojske od početka učestvovali u osmanskim vojnim operacijama protiv ustanika. Ustanici su, osim toga, od početka izražavali teritorijalne pretenzije prema Bosni. To je vrlo plastično i jasno izraženo u završnim stihovima poznate epske pjesme Filipa Višnjića, Početak bune protiv dahija:

Kad je Đorđe Srbijom zavlado,
i Srbiju krstom prekrstio,
i svojijem krilom zakrilio,
od Vidina pak do vode Drine,
od Kosova te do Biograda,
vako Đorđe Drini govorio:
"Drino vodo, plemenita međo,
izmeđ’ Bosne i izmeđ’ Srbije,
naskoro će i to vrijeme doći,
kada ću ja i tebeka preći,
i čestitu Bosnu polaziti!”

Pri prvoj većoj intervenciji protiv ustanika Bošnjaci su potučeni u boju na Mišaru kod Šapca, 13. augusta 1806. godine. Kasnije su, prilikom pohoda Sulejman-paše Skopljaka, nanijeli više teških poraza srpskim ustanicima.

Bošnjaci su među prvima ušli u Beograd 5. oktobra 1813. godine, kada je došlo do vojnog sloma Prvog srpskog ustanka.

Bošnjaci i općenito muslimansko stanovništvo koje je živjelo u Beogradskom pašaluku doživjelo je vrlo tešku sudbinu u toku Prvog srpskog ustanka. Prema nekim procjenama, u Beogradskom pašaluku je pred Prvi srpski ustanak živjelo približno 20.000 Bošnjaka, ne računajući tu pripadnike osmanskih garnizona. Srbi su sve muslimansko stanovništvo općenito, pa i u Beogradskom pašaluku, nazivali Turcima. U stvarnosti tu je bilo vrlo malo pravih etničkih Turaka. Radilo se uglavnom o Bošnjacima, te manjem broju Albanaca.

Austrijsko-osmanski ratovi tokom 18. stoljeća, praćeni hajdučijom i četovanjem srpskih frajkora, stvorili su kod muslimanskog, pretežno bošnjačkog, seoskog stanovništva u Beogradskom pašaluku i dijelovima sjeverozapadne Srbije, koji su pripadali Zvorničkom sandžaku, odnosno Bosni, osjećaj potpune nesigurnosti. Bošnjaci su zato bili prisiljeni da se koncentriraju po gradovima i palankama koje su imale garnizone ili da usljed demoralizacije i straha potpuno napuste zemlju.

Srpski ustanici su u početku načelno pravili razliku između mirnih, “carskih” Turaka i janjičarskih nasilnika i odmetnika od centralne vlasti, ističući da se bore samo protiv ovih drugih. Ustvari, ustanici nisu pravili razliku među bošnjačkim stanovništvom, smatrajući ga u cijelosti neprijateljskim.

Ustanici su jedino po nekim varošima i palankama u koje su ulazili (Valjevu, Šapcu, Rudniku, Smederevu i Jagodini) iz taktičkih razloga ostavljali na miru “carske Turke”, ustvari Bošnjake, takozvane ”starince” (erlije), dok su ostale ubijali ili protjerivali. Prema kasnijim kazivanjima pojedinih ustanika, za sve njih Turci su bez razlike bili samo krvavi neprijatelji.

Tokom svih devet godina ustanka u Beogradskom pašaluku je, da se poslužimo riječima starog srpskog historičara i političara Stojana Novakovića, vršeno “generalno trebljenje Turaka iz naroda”. To je trijebljenje posebno surovo i temeljno izvedeno dvomjesečnim progonima muslimanskog stanovništva Beograda, u koji su ustanici konačno ušli 8. januara 1807. godine. Razulareni bećari Miloja Petrovića Trnavca, željni pljačke i plijena, uz prešutnu saglasnost zapovjednika grada Mladena Milovanovića, nisu osim Bošnjaka poštedjeli ni Jevreje, Grke, Cincare, pa ni neke beogradske Srbe, trgovce i zanatlije. Nekoliko stotina Jevreja sa ženama i djecom protjerani su u susjedni Srijem i Banat.

Pokolji i progoni u Beogradu kulminirali su početkom marta 1807. godine. Beogradski vezir Sulejman-paša je, po dogovoru sa srpskim vlastima, krenuo 7. marta sa svojom pratnjom i pod zaštitom jednog srpskog odreda u smjeru Niša. Po izlasku iz grada, kod Pašine česme na Vračaru, Sulejman-paša i njegova pratnja napadnuti su i pobijeni. To je bio signal za opći napad na “Turke” u Beogradu. Mnogi su pobijeni, mnogi na silu pokršteni, posebno žene i djeca, a svima bogatijim oduzeta su imanja. Jedan broj žena i djece ukrcan je na lađe i upućen Dunavom u Vidin.

Borba među srpskim starješinama oko podjele bošnjačkih posjeda i imetka u Beogradu trajala je dugo vremena, o čemu se starao Praviteljstvujušči sovjet.

Politika tjeranja "Turaka", ustvari Bošnjaka, nastavit će se tokom Drugog srpskog ustanka. Procjenjuje se da je uoči Hatišerifa od 3. augusta 1830. godine u Srbiji živjelo oko devet do deset hiljada Bošnjaka (Beograd 4.000, Užice 2.000, Ćuprija 1.500, Smederevo 800 i Hasan-pašina, tj. Smederevska Palanka 200). Hatišerifom je, među ostalim, određeno da se muslimansko stanovništvo ima iseliti iz Srbije (Beogradskog pašaluka) u roku od godinu dana.

Kako se pokazalo da je to suviše kratko vrijeme za sređivanje svih imovinsko-pravnih odnosa, to je 1833. rok za iseljavanje produžen za pet godina. Ali i poslije toga roka u Srbiji je ostalo više hiljada Bošnjaka, čije je rezidiranje bilo ograničeno na šest garnizonih mjesta: Šabac, Beograd, Smederevo, Kladovo, Užice i Soko.

Za vrijeme ustavobranitelja i kneza Aleksandra Karađorđevića, 1842–1858, koji je održavao dobre, mada neiskrene odnose s Portom, došlo je do relativnog zatišja, mirnog života i prestanka izgona Bošnjaka. Povratak na vlast i druga vlada Miloša i Mihaila Obrenovića (1858–1867) obilježeni su nastojanjima da se konačno riješi pitanje navodnih Turaka, čije se prisustvo, posebno u Beogradu, smatralo nepodnošljivim. Srpskim se vlastima ubrzo ukazala prilika da taj problem, modernim jezikom rečeno, internacionaliziraju i sa svog stanovišta ubrzaju njegovo rješenje.

U Beogradu je 3. juna 1862. godine došlo do incidenta kod takozvane Čukur česme, kojom su prilikom osmanski nizami ubili jednog srpskog dječaka ili mladića. Čim se saznalo za ovaj događaj, u beogradskoj je varoši došlo do antiturskih demonstracija, pa se lokalno muslimansko stanovništvo sklonilo u tvrđavu pod zaštitu osmanskog garnizona. Iz tvrđave je potom bombardirana beogradska varoš. Napad je prekinut intervencijom konzula velikih sila u Beogradu.

Radi sređivanja ovog pitanja u Kanlidži (gradić na maloazijskoj obali Bosfora) održana je međunarodna konferencija, na kojoj je 22. septembra 1862. godine odlučeno da muslimansko stanovništvo mora napustiti Srbiju, gdje će ostati samo četiri osmanska garnizona, u tvrđavama Šabac, Beograd, Smederevo i Kladovo, dok se tvrđave u unutrašnjosti, Soko i Užice, imaju srušiti.

Krajem 1862. počelo je iseljavanje Bošnjaka iz Užica i Sokola u Bosnu, gdje je osmanska vlada podigla za njih dva nova naselja na Savi, Gornju i Donju Aziziju (po sultanu Abdulazizu), danas Bosanski Šamac i Orašje.

Posebno je ilustrativan slučaj Užica, koje je u prvoj polovini 19. stoljeća bilo prava i poslije Beograda najveća “turska” (muslimanska, odnosno bošnjačka) varoš u Srbiji. Osnivač srpskog teatra, pisac i glumac Joakim Vujić zabilježio je u svojim Putešestvijama, da je Užice tridesetih godina prošlog stoljeća imalo 2.000 bošnjačkih kuća, dvadeset džamija i 80 srpskih domova. Engleski putopisac Archibald Patton bio je u Užicu 1843. godine, gdje ga je muselim obavijestio da u gradu ima 3.500 bošnjačkih i 600 srpskih kuća. Užički su Bošnjaci bili veoma ponosni na svoj grad, pa su mu pjevali:

Oj, Užice, mali Carigrade,
dok bijaše, dobar li bijaše,
kroz tebe se proći ne mogaše,
od sokaka i od ćefenaka,
od momaka i od djevojaka!

Prema srpskim službenim izvorima, Užice je napustilo 2.966 Bošnjaka, koji su bili prisiljeni u bescjenje prodati ili jednostavno ostaviti svoj nepokretni imetak. Bošnjaci iz užičkih sela iselili su se u Bosnu još 1834. godine, od kada su uzaludno potraživali prihode sa svojih ranijih imanja.

Istu sudbinu, samo u nešto manjem broju, doživjeli su i Bošnjaci grada-tvrđave Soko, koji se nalazio u blizini Krupnja u jugozapadnoj Srbiji. Početkom 1863. minama su srušene i kao vojni objekti potpuno onesposobljene užička i sokolska tvrđava. Miniranju su službeno prisustvovali ruski i engleski vojni komesari, srpski general Ranko Alimpić i osmanski pukovnik Mehmed Ali-bej. U skupštinskoj besjedi 17. augusta 1864. godine knez Mihailo Obrenović mogao je sa zadovoljstvom konstatirati: “Muslimani koji su živjeli u Užicu i Sokolu, iseljeni su, a gradovi užički i sokolski porušeni su.”

Nasuprot ovoj suhoparnoj političkoj konstataciji, srpski hroničar Miladin Radović zabilježio je kako je rastanak Bošnjaka s Užicem i Sokolom bio tužan i vrlo težak: “Sve je otišlo plačući.”

Procjenjuje se da je početkom šezdesetih godina Srbiju napustilo 8.000 Bošnjaka. U Srbiji je ostao izvjestan broj Cigana-muslimana, koji nisu smatrani “Turcima”, te onih Bošnjaka koji su se proglasili Ciganima kako ne bi ostavili svoje rodne kuće. Poseban je slučaj sa Bošnjacima u selima Mali Zvornik i Sakar, koji su i poslije teških pritisaka i natezanja sa srpskim vlastima jednostavno odbili da idu i tako do danas tamo ostali.

Ovo se razdoblje završava 24. aprila 1867. godine, kada je posljednji osmanski komandant beogradske tvrđave Ali Riza-paša simbolično predao knezu Mihailu ključeve srpskih gradova Šapca, Beograda, Smedereva i Kladova, koje je sultan “povjerio knezu na čuvanje”. Sutradan je Ali Riza-paša napustio Beograd s posljednjim odredom osmanske vojske. Istovremeno je na kalemegdansku tvrđavu, “pored sultanove”, podignuta i srpska zastava.

Nekoliko hiljada preostalih Bošnjaka u Srbiji bili su od tada potpuno u nadležnosti i zavisnosti od srpskih vlasti. Knez Mihailo je 1868. godine naredio da se popravi jedina preostala beogradska džamija, Bajrakli džamija, kako Muslimani koji tu žive “ne bi bez religiozne utehe bili”.

Mala muslimanska zajednica u Srbiji je 1874. brojala 6.176 pripadnika. Najbrojnije zajednice bile su u Aleksincu (1.242), Knjaževcu (1.101), Šapcu (688) i regionu Podrinja (973). Beogradska muslimanska zajednica sastojala se od svega 36 pripadnika.

(Izvor: Mustafa Imamović, Historija Bošnjaka, BZK “Preporod”, Sarajevo, 1998)