Austrougarska vojska naišla je na žilav otpor ustanika u skoro svim krajevima Bosne. Komandant Bosne Smail Haki Selmanović izdao je početkom augusta 1878. godine Objavu kojom poziva sve njene žitelje, “Islame, Hristjane i Latine” da se "složno odupru neprijateljima”. U Objavi se spominju samo Bosna, njeno stanovništvo i prošlost, dok o Turskoj i sultanu nema ni riječi. Time se očigledno željelo istači da je Bosna samostalna i da se sama brani.

Bosanska Narodna vlada, iako potpuno sama i bez ičije pomoći, organizirala je i pružila snažan otpor austrougarskoj vojsci. Glavnina tog otpora skršena je ulaskom austrougarske vojske u Sarajevo 19. augusta 1878. godine. Veza između austrougarskih trupa u Bosni s onima u Hercegovini, pod komandom generala Stevana Jovanovića, uspostavljena je tek 8. oktobra kod Konjica.

Posljednja žarišta otpora u Bosni likvidirana su tek 20. oktobra 1878. godine. Bečki Kriegsarchiv bilježi oko 60 većih i manjih bitaka u toku okupacije. U tim bitkama Austro-Ugarska je, po vlastitom priznanju, izgubila približno 6.000 vojnika i oficira (946 poginulih, 3.980 ranjenih i 272 nestala vojnika i oficira).

Prvobitno je Beč bio odredio za okupaciju 82.000 vojnika, ali je u toku borbi ovaj okupacioni korpus stalno povećavan i na kraju je narastao na 200.000 ljudi.

Prema austrijskim procjenama, ustanička vojska imala je približno 93.000 boraca. Ova, po svom sastavu skoro isključivo bosansko-muslimanska vojska, dala je dosta požrtvovanih i dobrih boraca i komandanata, među kojima se ističu Muhamed Hadžijamaković i čuveni pljevaljski muftija Mehmed Vehbi Šemsekadić.

Snažan otpor ustanika i prilično veliki gubici austrougarskih četa izazvali su gnjev generala Filipovića, koji je u prvim danima okupacije postupao oštro, ponekad čak brutalno. Obavještavajući cara o zauzeću Sarajeva, Filipović piše o “nevjerovatnim pojavama divljeg fanatizma” ispoljenim od ustanika u jednoj borbi “koja se kao najgroznija zamisliti može”.

Engleska štampa zabilježila je sa indignacijom kako je Filipović naredio da se iz osmanske vojne bolnice izbace svi ranjeni ustanici. Više od 600 zarobljenih ustanika otpremljeno je u logor u Olomuc, gdje su ostali do kraja 1879. godine.

Prvih dana okupacije u Sarajevu i drugim mjestima Bosne počeo je raditi prijeki sud (Standgericht), koji je Filipović uspostavio još u Doboju, 4. augusta 1878. godine kao prvi organ austrougarske vlasti u Bosni i Hercegovini.

(Izvor: Mustafa Imamović, Historija Bošnjaka, BZK “Preporod”, Sarajevo, 1998)