Ratne zločine u općini Ljubuški Haški tribunal sankcionirao je u dvije presude: Hercegovačkoj šestorci i komandantima Kažnjeničke bojne HVO-a. Prvom je Jadranka Prlića, Brunu Stojića, Slobodana Praljka, Milivoja Petkovića, Valentina Ćorića i Brunu Stojića osudio na 111 godina zatvora, imenujući ih kao članove udruženog zločinačkog poduhvata na čijem su čelu stajali Franjo Tuđman, predsjednik Republike Hrvatske, Gojko Šušak, ministar odbrane Hrvatske, i Janko Bobetko, komandant Hrvatske vojske, čiji je cilj bio protjerivanje bošnjačkog stanovništva s teritorije samoproglašene Hrvatske zajednice Herceg-Bosne i njeno izdvajanje iz BiH i priključenje Hrvatskoj. Drugom je presudom osudio Mladena Naletilića na 20, a Vinka Martinovića na 18 godina zatvora za mučenje, protivpravno preseljenje civila, prisilni rad, bezobzirno razaranje, pljačkanje imovine i progone na političkoj i vjerskoj osnovi u Zapadnoj Hercegovini.

Za zločine u Ljubuškom izrečena je još jedna presuda: Sud BiH osudio je Ivana Kraljevića na  godinu i 3 mjeseca, Stojana Odaka na dvije i po godine i Vicu Bebeka na  godinu zatvora. Oni su od kraja aprila 1993. do kraja marta 1994. u Vojno-istražnom zatvoru – VIZ Ljubuški, koji se nalazio u Stanici policije – Kraljević u svojstvu upravnika od septembra do novembra 1993, a ostali u svojstvu pripadnika Vojne policije HVO-a i stražara u VIZ-u – zatočene civile s područja općina Čapljina, Stolac, Mostar, Prozor, Livno i Jablanica (Sovići, Doljani) i ratne zarobljenike držali u neuslovnim prostorijama, dozvoljavali njihovo maltretiranje, davali im vrlo malo hrane i vode i vodili na prinudne radove. Na optužnici su bili i Mate Jelčić i Slavko Skender, upravnici u VIZ-u, te stražari Dragan Miloš i Vinko Radišić, ali su oni oslobođeni. Presuda je pravosnažna od 6. augusta 2020. U početku je na optužnici bio i stražar Nedeljko Matić, ali je njegov predmet izdvojen zbog toga što se nalazi u bjekstvu.

Iako su do samog kraja suđenja, a kasnije i do izricanja pravosnažne presude, do te mjere samouvjerenosti da je Slobodan Praljak, nekadašnji zapovjednik HVO-a, ispio otrov pred kamerama, čelnici Herceg-Bosne tvrdili da nisu krivi, ipak, na kraju je Milivoje Petković, zapovjednik HVO-a do 23. jula 1993, kada je dužnost predao Praljku, a on imenovan Praljkovim zamjenikom, u cijelosti prihvatio presudu. On je u zahtjevu za prijevremeno puštanje na slobodu, upućenom sudiji Karmelu Agiusu, predsjedniku Mehanizma za međunarodne krivične sudove, od 30. augusta 2021. godine pisao: “Imam potrebe reći i vama i svima drugima da ja prihvatam presudu i osobnu odgovornost za svoja djela i propuste koji su doveli do počinjenja zločina za koje sam osuđen. Prihvatio sam i kaznu koju služim. Za počinjene zločine nema opravdanja ni izlike. Zbog toga osjećam iskreno kajanje i izražavam, i ovom prilikom, duboku sućut svim žrtvama, pripadnicima bošnjačkog naroda, njihovoj rodbini i prijateljima.” Četiri mjeseca kasnije Milivoje Petković pušten je iz zatvora.

U tom kontekstu tačka 1782 presude Prliću i drugima kaže: “Iako je Jadranko Prlić pred međunarodnom zajednicom tvrdio da su Muslimani iz Ljubuškog internirani radi vlastite bezbjednosti jer se vojnici HVO-a po povratku s fronta svete, Vijeće, kao i tužilaštvo, primjećuje da je u augustu 1993. u opštini Ljubuški bilo organizovano hapšenje Muslimana.” Sljedeća nastavlja: “Tako vijeće konstatuje da su, na osnovu zapovijedi SIS-a, od 14. augusta 1993. muškarci Muslimani na području opštine obaviješteni da se moraju javiti u zatvor u Ljubuškom. Vijeće napominje da je istog dana gotovo 300 zatočenika iz zatvora u Ljubuškom premješteno na Heliodorm, čime se oslobodio prostor u zatvoru. Vijeće napominje da je sutradan, tj. 15. augusta 1993, vod vojne policije pridodat 4. brigadi HVO-a uhapsio 297 Muslimana, koji su se na osnovu zapovijedi SIS-a od 14. augusta 1993. javili u Zatvor u Ljubuškom i da ih je istog dana 4. brigada premjestila na Heliodrom.”

Oni koji se nisu javili u zatvor uhapšeni su u kućama. O tome govori tačka 1785 presude Prliću i ostalima: “Selo Gradska, smješteno na oko pet kilometara od Ljubuškog, bilo je naseljeno samo Muslimanima. S obzirom na dokaze, Vijeće konstatuje da su 15. augusta 1993., na osnovu zapovijedi SIS-a od 14. augusta 1993., muškarci Muslimani iz sela Gradska uhapšeni i zatočeni na Heliodromu.” Ali masovna hapšenja su počela i prije augusta. Tačka 1813 kazuje: “Željko Šiljeg, zapovjednik OZ Sjeverozapadna Hercegovina, naredio je 6. jula 1993. da se na teritoriji OZ Sjeverozapadna Hercegovina uhapse svi Muslimani u dobi od 16 do 60 godina. Ti Muslimani su potom poslani u Zatvor u Ljubuškom...”

U kuće i stanove uhapšenih Bošnjaka useljavaju se Hrvati, a Bošnjaci bi iz logora bili pušteni tek kada iz neke evropske države dobiju garanciju da će ih ova primiti, te su imali 24 sata da napuste područje općine Ljubuški. U tački 1786 presude Prliću i ostalima Vijeće konstatuje da su se “Hrvati, opšte uzevši, i znatno prije mjeseca oktobra 1993. useljavali u stanove u vlasništvu protjeranih Muslimana.”

Tri tačke podrobno opisuju situaciju oko garantnih pisama – 1870: “Naime dokazi pokazuju da je sredinom augusta 1993. – u vezi s tim Vijeće ne raspolaže tačnim datumom – Jure Herceg, dozapovjednik  Zatvora u Ljubuškom od jula 1993., dobio zapovijed Valentina Ćorića na osnovu kojeg su sve osobe u posjedu garantnog pisma trebale biti oslobođene i u najkraćem roku sa svojim porodicama napustiti područje opštine Ljubuški.” Ta pisma trebala su sadržavati garanciju treće zemlje da će prihvatiti zatočenika i njegovu porodicu. 1872: “Na osnovu zapovijedi Petra Majića, načelnika SIS-a, Muslimani iz opštine Ljubuški zatočeni u zatočeničkim centrima HVO-a imali su 24 sata da sa svojim porodicama napuste područje opštine.” 1873: “Vijeće primjećuje da je vod vojne policije pridodat 4. brigadi u augustu 1993. pripremio brojne izvještaje u kojima se govori o 'oslobađanju' Muslimana iz opštine Ljubuški zatočenih u zatočeničkim centrima HVO-a, pod uslovom da odu u neku treću zemlju.

Tako je 18. augusta 1993. oslobođeno 78 Muslimana iz opštine Ljubuški zatočenih na Heliodromu, koji su posjedovali garantna pisma, i istog su dana sa svojim porodicama morali napustiti teritoriju opštine. Šezdeset Muslimana iz opštine Ljubuški zatočenih na Heliodromu, koji su posjedovali garantna pisma, 21. i 22. augusta 1993. premješteno je u Zatvor u Ljubuškom i oslobođeno da bi potom sa svojim porodicama napustili prostor opštine.”

Civili bošnjačke nacionalnosti zatvarani su u dva logora na području općine Ljubuški: “Zatvor u Ljubuškom nalazio se u zgradi policijske stanice staroj preko 50 godina. Zgrada je imala dva dijela: glavnu zgradu u kojoj su se obavljala ispitivanja zatočenika, i dio u kojem su se nalazile ćelije...”, a logor Vitina-Otok bio je ustvari “vinograd s proplancima i livadama; na jednoj od livada nalazila se betonska ploča približnih dimenzija 20 sa 10 m, iznad koje je bila nadstrešnica”.

Tačka 1792 presude Prliću i ostalima kaže da je: “Ante Prlić, zapovjednik voda vojne policije pridodatog 4. brigadi, bio zapovjednik Zatvora u Ljubuškom od aprila do septembra 1993.”, a da ga je zamijenio “Ivica Kraljević, a zatim 10. decembra 1993. Stanko Božić”. Zatočenici su vođeni da rade na front, a tačka 1844 kaže da su “izvođeni u opasnim uslovima, za vrijeme borbi na liniji fronta, pri čemu se događalo da zatočenici budu ranjeni...” Tačka 1843 kaže da je “u oktobru 1993. 4. brigada HVO-a zapovjedila da se zatočenici maksimalno koriste za pripremanje objekata na frontu za zimu”, a 1846 da su “vojnici HVO-a zatvorenike tokom zatočenja šamarali, udarali šakam i ponižavali...”

Mladen Naletilić i Vinko Martinović osuđeni su i za zločine u zatvoru u Ljubuškom. U tački 55 presude kaže se da je “zatvor u Ljubuškom postao zloglasan jer su ga namijenili za 'specijalne' zarobljenike. Dokazi pokazuju da su zarobljenici prebacivani iz jednog zatočeničkog centra u drugi. Naprimjer vojnici ABiH koji su zarobljeni u Sovićima i Doljanima 18. aprila 1993. dovedeni su u zatvor u Ljubuškom, a kasnije su premješteni na Heliodrom. Među zatočenicima u Ljubuškom bili su muškarci koji su se borili na području Sovića, Doljana i Jablanice i oni iz zgrade Vranice u Mostaru...”

U tački 428: “Pretresno vijeće konstatira da je dokazano van razumne sumnje da su pripadnici KB-a i ATG 'Vinko Škrobo' pod zapovjedništvom Mladena Naletilića i Vinka Martinovića, i to Romeo Blažević, Ernest Takač, Robo i Ivan Hrkač, Čikotin brat, sudjelovali u teškim premlaćivanjima bespomoćnih zatvorenika. Vijeće napominje da se ime Ivice Kraljevića pojavljuje na dokaznom predmetu PP704, dakle na platnom spisku KB-a iz novembra 1993. Vijeće se uvjerilo da je bilo razloga da Mladen Naletilić zna da njegovi podređeni čine krivična djela, nakon što je i sam vidio kako su vojnici KB-a, a pogotovo Robo, teško zlostavljali neke zatvorenike, kao npr. svjedoka Y, i to već u autobusu na putu prema zatvoru u Ljubuškom...” Prethodna tačka 427 govori o surovosti zlostavljača: “Pretresno vijeće se uvjerilo da su premlaćivanja Rudija Jozelića tokom njegovog zatočenja u zatvoru u Ljubuškom, u najmanje tri navrata, bila toliko teška da se mogu okarakterisati kao krivična djela okrutnog postupanja i hotimičnog nanošenja velikih patnji.

Isti zaključak se odnosi i na premlaćivanje svjedoka BB raznim predmetima, uključujući i debele električne kablove, zatim na električne šokove kojima su podvrgavali svjedoka Z i premlaćivanje svjedoka Y, koji je već bio u očajnom fizičkom stanju kada je stigao u zatvor u Ljubuškom...” Ili tačka 423: “Svjedoka Y su zlostavljali već i prije nego je stigao u zatvor 19. aprila 1993., na putu prema Ljubuškom. U zatvoru je ostao 47 dana, sve dok nije prebačen na Heliodrom. U Ljubuškom su ga svakodnevno tukli. Toliko je oslabio da više nije mogao hodati. Među onima koji su ga tukli uvijek je bio Robo. U jednom trenutku se osjećao tako slomljenim da je zapovjednika policije Prlića molio da ga ubije...”

Tačka 419 opisuje kako su sredinom maja 1993. “u zatvor u Ljubuškom došli Romeo Blažević i Ernest Takač. Rekli su da su iz KB-a, a svjedok FF ih je poznavao prije rata iz viđenja. Tražili su jednog Hrvata koji je bio pripadnik ABiH, zvao se Rudolf (Rudi) Jozelić i dijelio je ćeliju sa svjedokom FF. Izveli su ga, a kada je svjedok FF kasnije s ostalim zatočenicima izveden u dvorište, vidjeli su ga oblivenog krvlju. Kasnije je Jozelić ispričao svjedoku FF da su ga lopatom tukli po cijelom tijelu i slomili mu nos i nekoliko rebara. Na dvorištu je svjedok FF nekoliko puta vidio kako Takač i Blažević nogama i pesnicama udaraju zatočene novinare Aliju Lizdu i Džemala Hamdžića. Ernest Takač, koji je poznavao oca svjedoka FF, rekao je da su i drugi vojnici, kao npr. braća Jukić, dolazili u zatvor u Ljubuškom da 'biju balije'.”

Zatočene civile i pripadnike ARBiH tukli su i zatvoreni vojnici HVO-a. Tačka 425 kaže: “U jednom drugom krilu zatvora u Ljubuškom bili su zatočeni vojnici HVO-a, u otvorenim ćelijama. Jedan od njih, Mile Kordić, koga su zvali Tuta i Pop, imao je ključeve ćelija muslimanskih zatvorenika. Mile Kordić je u više navrata zlostavljao zatvorenika VV. Zatvorenici su govorili da je pripadnik KB-a.”

Romeo Blažević je 2004. osuđen na 3 godine pred Kantonalnim sudom u Mostaru. Oglašen je krivim da je 10. maja 1993. tukao zarobljene pripadnike ARBiH iz zgrade Vranica u Mostaru, te da je 16. jula 1993. godine iz logora Heliodrom izveo ženu i natjerao je da ide između linija HVO-a i ARBiH i izvuče tijelo njegovog brata ili će joj pobiti djecu koja su bila zatočena s njom u logoru. Ivan Hrkač je 2017. pred Županijskim sudom u Splitu oslobođen optužbe da je od maja do jula 1993. fizički i seksualno zlostavljao najmanje 35 zatočenih vojnika ARBiH u policijskoj postaji u Širokom Brijegu, ali i najmnaje 50 civila bošnjačke nacionalnosti bespravno zatvorenih u školi u Dobrkovićima.

“Krešimir Tolje, načelnik Odjela za kriminalističke istrage kriminaliteta vojne policije”, kazuje nam tačka 1856 presude Prliću i drugima, “imenovao je 21. jula 1993. Krešu Medića za zapovjednika logora Vitina-Otok”. U tački 1859 “Vijeće konstatuje da je 6. jula 1993. oko 430 muškaraca Muslimana u dobi od 20 do 60 godina, koji su prema dokazima predočenim Vijeću okarakterisani kao 'civili i vojnici', iz Srednje Bosne dovedeno u logor Vitina-Otok”, a u tački 1862 “napominje da su zatočenici bili smješteni u malom aluminijskom hangaru približnih dimenzija 20 sa 10 m, bez ležaja, stolica i pokrivača. Pedeset zatočenika moralo je spavati van hangara jer u hangaru nije bilo mjesta. Temperatura u hangaru ponekad je dostizala 40 stupnjeva Celzijusevih”. “Zatočenici u logoru Vitina-Otok”, kazuje tačka 1856, “morali su izvoditi radove koji su se sastojali u izradi bunkera ili kopanju rovova, ali i istovarivanju hrane iz kamiona humanitarne pomoći u Ljubuškom, čišćenju objekata, radovima na poljima ili u fabrikama u okolini Ljubuškog. Ove radove zatočenici su izvodili i na izdvojenim komandnim mjestima.”

U Tački 1867 govori se o surovom premlaćivanju zatočenika Hamdije Tabakovića od vojnih policajaca, a svjedoci su kazali da od tog dana više nisu vidjeli Hamdiju Tabakovića. Tačka 1868: “Osim toga, vijeću su takođe predočeni dokazi prema kojima je vod vojne policije pridodat 4. brigadi, barem dva puta morao da interveniše i zaštiti zatočenike logora Vitina-Otok od stanovnika sela Vitina. Naime, stanovnici tog sela pucali su u pravcu logora u kojem su bili zatočeni Muslimani, a 7. jula 1993. pokušali su i da uđu u logor. Vod vojne policije pridodat 4. brigadi morao je da interveniše i udalji seljane.”

Rezultati djelovanja udruženog zločinačkog poduhvata s čelom u Zagrebu vidljivi su u podacima s popisa stanovništva iz 2013. Od 1.174 ili 28 posto Bošnjaka, koliko ih je u samom gradu živjelo 1991. godine, popisivači iz 2013. zatiču ih 707 ili 2,5 posto. Za to vrijeme broj Hrvata u Ljubuškom se povećao – sa 2.658 ili 60 posto na 3.352 ili 83 posto.