Nezadovoljan neuspjehom dominikanaca u širenju katoličke vjere u Bosni, papskom bulom "Prae cuntis nostrae mentis" od 23. ožujka 1291. godine, papa franjevac Nikola IV zatražio je od provincijala Slavonske provincije da u Bosnu uputi dvojicu franjevačke braće kao "inkvizitore heretičke zloće."

Od tada, pa do osmanskog osvajanja Bosne 1463. godine, kao inkvizitori i misionari katoličke crkve, franjevci su u srednjovjekovnoj Bosni revnosno širili katoličanstvo i prevodili pripadnike heretičke vjere bosanske u katoličku vjeru. Odnos franjevaca prema stećku, heretičkom bosanskom nadgrobnom spomeniku, nepoznatom u katoličkoj crkvi, također je bio misionarski. Pripadnicima vjere bosanske koji su prevedeni u katoličku vjeru, umjesto stećaka, iznad grobova su podizane katoličke krstače. Uporedo sa prevjeravanjem, u Bosni su podignute brojne franjevačke crkve, a za njihovu gradnju, gdje god je to bilo moguće, kao najobičniji građevinski materijal, iskorišteni su stećci. Ugrađivani su u crkvene zidove, podove i prateće crkvene objekte, uz franjevačko posvećenje i blagoslov.

Pored sistemskog i općeg, uništavanje stećaka od strane franjevaca imalo je i neposredan osobni karakter. U selu Dubočac, kod Dervente, 1684. godine fra Andrija Dubočanin od stećka je napravio nadgrobni spomenik svojoj majci.

U selu Lovreć, u Imotskoj krajini, u katoličkom groblju napravljena je nadgrobna ploča od dva stećka-sanduka. Natpis glasi: 'Ovdje leži Pivanica (-!-) Ivanica) mater o. F(ra) Filipa Milinovića 1795.

Kako informira Milenko Filipović u studiji „Rama u Bosni", u selu Doljanima „Jeдан стеђак ставлјен је на на гроб фра Павла Ковача (+1893) и у нјега усађен крст.“

Franjevačka uništavanja stećaka posebno su zahvatila srednju Bosnu. S tim u vezi, Mihovil Mandić informira o „arheolozima" fra Jaki Baltiću i isusovcima koji su, u selu Dželilovac kod Travnika, iskopavali stećke, i kaže:

„Za crkvom u Dželilovcu pobuđivao je odavno interes radoznalih ljudi jedan stećak, dug 1,60 m, širok 80 cm, visok 85 cm, jer je na njemu naslikan vitez u oklopu, gdje jaše na konju, a na sporednim stranama po jedno granato drvo u obliku krsta. Po kazivanju starog muslimana, koji stanuje u kućici više crkve, prevalio je taj stećak još za turske vlade župnik fra Jako Baltić, ali nije našao ništa osim skeleta. Kasnije su – veli isti musliman – dolazili Isusovci i tu nešto kopali.“

Fra Jako Baltić iza sebe je ostavio Ljetopis, u kojem informira o brojnim starinama i stećcima iz okoline Travnika. Pritom, o vlastitom „arheološkom" iskustvu u iskopavanju grobova ispod stećaka, u Dželilovcu kod Travnika, šuti, da li zbog toga što je bio svjestan da nije arheolog te da se silna iskopavanja stećaka tretiraju pljačkanjem grobnih priloga. Naime, odgovornost za uništavanje oko 20 stećaka s nekropole „na mistu Klisa zvanom" i "blizu našeg samostana", u Gučoj Gori, fra Jako Baltić pripisuje kolegi fra Augustinu Dembiću. Stećci su završili u zidinama franjevačkog samostana.

Svi franjevački samostani u Bosni i Hercegovini posjeduju muzejske zbirke historijskih eksponata, koji svjedoče o bosanskoj franjevačkoj misiji. Sve do najnovijeg doba ni jedan od franjevačkih samostana, u svom muzeju, vrtu i sl., nije posjedovao ni jedan stećak. Razumije se, nadgrobni spomenik vjere bosanske nije katolički nadgrobni spomenik i on se, kao takav, povijesno nije uklapao u franjevačku misionarsku djelatnost. Nekadašnji pripadnici vjere bosanske, prevedeni u katoličku vjeru, u crkvu su dolazili da se poklone katoličkom križu, a ne stećku; stećak u crkvenom prostoru proizvodio bi kontraefekat i asocirao na "heretičku" vjeru bosansku.

Međutim, u najnovije vrijeme, kako su nastali velikodržavni projekti za bosanskim stećkom i aktualizirano njegovo srpsko i hrvatsko svojatanje, franjevci postepeno mijenjaju svoj odnos prema stećku. Godine 1873. stećak Vignja Miloševića, iz polja pod Kočerinom, prenesen je u Kočerin i ugrađen u zid franjevačke župne kuće, što je "svojevrstan čin 'prisvajanja' spomenika i njegove lokalne tradicije (...)".

S lokaliteta Glavica, sjeverno od rimokatoličke crkve u Potkraju kod Turbeta prije 1971. godine jedan sljemenjak dislociran je pred crkvu.  Godine 2002, jedan stećak s lokaliteta Bijača, kod Ljubuškog, u sprezi s ogrankom Matice hrvatske u Ljubuškom i bez odobrenja Komisije za zaštitu nacionalnih spomenika Bosne i Hercegovine, samoinicijativno je prenesen u Arheološku zbirku franjevačkog samostana u Humcu.

„Na savremenom rimokatoličkom groblju Banjica, oko 1 km od naselja niz Savu, nalazi se osamljen stećak u obliku sanduka. Spomenik je lijepo klesan i dobro očuvan. Ukrašen je motivom krsta i ima natpis u starobosanskoj ćirilici koji nam kaže da je taj spomenik postavio fra Andrija Dubočanin svojoj materi.

Stećci s lokaliteta Pratrova glavica, u selu Ričice kod Imotskog, preneseni su na lokaciju pored Župne crkve u Ričici. Na nekropoli stećaka pored ceste prema Trilju, u Imotskom, devedesetih godina 19. vijeka podignut je veliki križ i golemi jarbol s hrvatskom zastavom, "da ne bi valjda bilo nesporazuma čiji su to zapravo stećci“.

(Ibrahim Pašić, Od stećka do nišana u BiH, BZK Preporod, Sarajevo, 2017)