Prema popisu stanovništva u aprilu 1991. godine, u Sloveniji je živio mali broj Bošnjaka i muslimana uopće. Međutim, prema evidenciji Islamske zajednice, u Sloveniji je tada boravilo i radilo oko 100 000 Bošnjaka, zatim oko 50 000 Albanaca i više stotina Roma i Turaka - islamske vjeroispovijesti. Oni su se u Sloveniji gotovo svi naselili nakon Drugog svjetskog rata. Tada je u porušenoj i nerazvijenoj Bosni i Hercegovini, zatim u Sandžaku i na Kosovu bilo viška, a u relativno razvijenoj Sloveniji nedostajalo radne snage. Veliki broj ih je došao u drugom talasu - sedamdesetih godina ovog vijeka kada je Slovenija doživljavala privrednu ekspanziju.
Muslimani su živjeli i žive u gotovo svim gradovima i većim mjestima, ali ih je najviše bilo u industrijski razvijenim gradovima - Kranju, Kamniku, Ljubljani, Jesenicama, Velenju, Celju, Mariboru, Kopru. Većina ih osjeća Sloveniju kao svoju drugu domovinu.
Međutim, Slovenci su vjerovatno prve dodire sa islamom i muslimanskim ratnicima zemalja Istoka imali već u IX i X vijeku, kada su Saraceni (Arabljani) napadali na gradove Istre i Slovenskog primorja. Nakon više vijekova, početkom XV stoljeća, sa pravca jugoistoka preko Hrvatske u slovenske zemlje su prvi put prodrle izviđačke jedinice (akindžije) Osmanlija. One su tom prilikom opustošile i spalile veliki broj sela i vlastelinskih imanja te odvele u zarobljeništvo veći broj ljudi.
Padom Bosne (1463) i osnivanjem posebnog Bosanskog sandžaka (oblasti) hrvatske i slovenske zemlje su bile izložene neprekidnim upadima jedinica bosanskih sandžak-begova. Njihove trupe su pretežno činili domaći ljudi - Bošnjaci, zatim Vlasi (Ćići) i Srbi iz Gornje Zete, Srbije i istočne Hercegovine. Sandžak-begovi su najčešće na svoju ruku organizirali upade u susjedne zemlje a sve sa ciljem pribavljanja plijena u svrhu gradnje Bosne i svojih vakufa (zadužbina) te pripreme terena za konačno njihovo pokoravanje i uključenje u sastav Osmanskog carstva.
Za učešće u ovim pohodima akindžije su, kao i redovne trupe, dobijale dio plijena, a često i pravo da se sa svojim porodicama naseljavaju na ispražnjenim teritorijama. Upadi u slovenske i hrvatske zemlje su se, uključujući tu i daleku Korušku i mletačku Furlaniju, u drugoj polovini XV vijeka (osobito od 1468. do 1484. godine) ponavljali iz godine u godinu. Uzaludna su bila nastojanja i Habsburgovaca, i Mletačke republike, i ugarskog kralja, i papa, i napuljskog kralja, da ih u tome spriječe. Bosanski sandžak-begovi su nalazili načina da primoraju hrvatsku vlastelu da propuštaju bosanske trupe preko svojih posjeda u slovenske zemlje. Godine 1480. to je učinio i sam ugarski kralj Matijaš, kako bi osmanske trupe “nanijele štetu zemljama njemačkog cara Fridriha III (1480-1487) s kojima je tada ratovao”.
Bosanski sandžak-begovi su u tom vremenu izveli oko 30 većih provala na prostoru Kranjske, Štajerske, Istre, Tršćanskog krasa, Furlanije, Koruške, Dolenjske, Notranjske, Gorenjske i drugih područja slovenskih zemalja. Godine 1478. bosanski sandžak-beg je sa velikom vojskom upao u Korušku i tu razbio seljački ustanak. Poslije smrti kralja Matijaša (1490) koji je sklopio primirje s Osmanlijama obnovljeni su upadi jedinica Bosanskog sandžaka u hrvatske i slovenske zemlje. Kada su se ujesen 1491. godine vraćali iz Kranjske, hrvatska vojska je kod Udbine potpuno razbila te jedinice. U toj bici navodno je poginuo i Čuveni Gerz-Eljas, koga narodne pjesme pominju kao Đerzelez Aliju. Nakon toga događaja, a i zbog upada hrvatskog bana Emerika Derenčina na teritoriju Bosanskog sandžaka, Jakub-paša Bošnjak je 1493. godine sa svojim Bošnjacima kojima su stigli u pomoć sandžak-bezi iz Srbije i južne Rumelije prodro preko Hrvatskog Zagorja i opustošio prvo Štajersku, a zatim se preko Zagorja i pokraj Zagreba uputio ka Udbini. Tamo je 9. septembra na Krbavskom polju strahovito porazio hrvatsku vojsku. Tom prilikom Jakub-paša je zarobio oko 1 500 vlastelina i vojnika, među kojima i bana Derenčina.
Posljedice poraza hrvatske vlastele bile su velike i za slovenske zemlje. Pojedini velikaši - Blagajski, Kurjakovići, Zrinski i drugi, a i mnogi manji plemići postali su sultanovi haračnici, sa obavezom da preko svojih posjeda propuštaju bosansku vojsku u zemlje Habsburgovaca i Venecije. U periodu od 1469. do 1526. godine trupe Bosanskog sandžaka su upadale u slovenske zemlje oko 45 puta. Do 1508. godine su one prodirale u Kranjsku 27 puta. Svaki put su pored plijena sa sobom odvodili i veći broj zarobljenika, koji su ponekad brojali i po više hiljada ljudi. Među ovima je bio sigurno veći broj onih koji su prelazili na islam. U tom slučaju bili bi puštani na slobodu, dobivali sva prava kao i drugi muslimani, a mogli su se naseljavati gdje su željeli.
Zarobljena vlastela je stjecala slobodu i uz određene novčane otkupe. Bosanski sandžak-begovi su ponekad, kao što je to bio slučaj prilikom napada i na druge zemlje na Balkanu u prvoj polovini XV vijeka, vršili upade sa vojskom i radi miješanja u unutrašnje razmirice između feudalaca. Osmanska vojska upada ponekad čak i na poziv nekih nezadovoljnih feudalaca (npr. 1475). godine), a kao vodiči im služe neki otpadnici svećenici, koji su nacrtali karte pokrajina i gradova kroz koje su prolazili. Među seljacima je već 1470. godine preovlađivalo mišljenje da jedna grupa feudalaca stoji u vezi s Turcima, a s druge strane, pokrajinski staleži se više puta tuže da seljaci govore kako se pod Turcima bolje živi, jer vlada mir, a porez je manji. Zbog silnih nameta i poreza koje su pokrajinske habsburške staleške skupštine stalno povećavali u vezi sa odbranom od osmanskih upada seljaci Štajerske su u to vrijeme staležima na sastanku u Mariboru zaprijetili “da će otkazati poslušnost gospodi, udružiti se sa Turcima ili iseliti u Italiju, u Ugarsku, ili koju drugu zemlju”.
Osnovni pravci nastupanja osmanske i bosanske vojske vodili su iz Bosne preko Korduna do Metlike, a onda u Belu krajinu i Dolenjsku; drugi pravac išao je preko Kočevja i Ribnice ka Ljubljani; treći pravac, iz Like, vodio je preko Gorskog kotara i pored Rijeke na Tršćanski kras, u Gorišku i Vipavsku; u Štajersku su bosanske i osmanske trupe najčešće upadali preko Hrvatskog Zagorja i Međimurja, a u Korušku su upadali preko Karavanki (Ljubelja i Jezerskog) i dolinom Ziljice.
I čitav XVI vijek bio je karakterističan po čestim upadima vojski pograničnih osmanskih sandžaka u slovenske i ugarske zemlje a sve u cilju pripreme terena za širenje Osmanskog carstva ka srednjem Podunavlju i srednjoj Evropi. Nakon Mohačke bitke (1526), u kojoj je teško poražena ugarska vojska, Osmanlijama je bio otvoren put za osvajanje Mađarske, Hrvatske i Habsburške monarhije. U tu svrhu sultan Sulejman Veličanstveni (Zakonodavac) je poduzeo i dva velika pohoda na Beč (1529. i 1532) u kojima su u velikom broju učestvovali i Bošnjaci sa već do tada proslavljenim Gazi Husrev-begom na čelu. Ovaj je u više navrata upadao u Belu krajinu i Notranjsko, a osvojio je i priključio Carstvu veći dio Dalmacije, Like i Slavonije. U tim pohodima na Beč osmanske snage su opustošile i Štajersku.
U drugoj polovini XVI vijeka novoosnovani sandžaci, koji su činili Bosanski pašaluk, često su i samoinicijativno poduzimali upade u slovenske zemlje. Ponekad, u toku jedne godine - i do pet puta. U njima su i dalje učestvovali, uz akindžije, i pogranične trupe-čiji sastav su najvećim dijelom i dalje činili kršćani Vlasi (Ćići, “antiqui Romani”) i Srbi. Za pograničnu službu i učešće u osvajačkim pohodima oni su, uz dobijanje dijela plijena, bili oslobođeni i niza feudalnih obaveza. Međutim, u to doba oni u znatnim grupama prelaze na habsburšku teritoriju za čiji račun obavljaju iste zadatke kao i oni koji su ostajali da služe Osmanlijama. U historijskim izvorima pominju se kao: pribezi, uskoci, Turci, Srbi ili Rašani, Vlasi, Ćići.
Širenje Osmanskog carstva u srednjoj Evropi i srednjem Podunavlju, a time i upadi njegovih trupa u slovenske zemlje, nakon dva stoljeća završeno je tokom 14-togodišnjeg habsburško-turskog rata (1593-1606). Sklapanjem mira na ušću Žitve (1606) zaustavljeno je osmansko prodiranje ka Zapadu uopće. Ovim mirovnim ugovorom Osmansko carstvo je prvi put priznalo jednu kršćansku silu ravnopravnim partnerom. Ono je ovim ugovorom oslobodilo Habsburgovce plaćanja danka sultanu, koje je trajalo još od 1547. godine. U naredna dva stoljeća Slovenci su dolazili u dodir sa muslimanima i Bošnjacima samo prilikom vođenja habsburško-osmanskih ratova (1663- 1664; 1683-1699; 1716-1718; 1737-1739. i 1788-1791) kada su oni učestvovali kao dobrovoljci-plaćenici ili bili regrutirani za razne habsburške vojne formacije i ratovali za račun Habsburgovaca na tlu južnoslavenskih zemalja (Osmanskog carstva), među kojima i na tlu Bosne.
Vojnici iz Slovenije (oko 20 000 ljudi) učestvovali su i prilikom austrougarske invazije na Bosnu i Hercegovinu 1878. godine. Slovenci su prilikom te okupacije Bosne i Hercegovine učestvovali u sastavu 7., 17,22. i 47. pješadijskog puka i 7., 19. i 33. poljsko-lovačkog bataljona. U vrijeme zasjedanja Berlinskog kongresa i donošenja odluke da se Bosna i Hercegovine dodijeli na upravu Austro-Ugarskoj slovensko javno mnijenje i štampa su pozdravile tu odluku i povele žestoku kampanju protiv bosanskih muslimana, izjašnjavajući se čak, kako piše Vasilij Melik u svom napisu Odmev dogodkov ob okupaciji Bosne i Hercegovine 1878. na slovenskem, i za njihovo fizičko uništenje. U tome je osobito prednjačio list Slovenski narod. Ovaj list je 23. augusta, kako navodi Melik, “... posebej pozdravit slavni dan zasedbe Sarajeva, ćeš veseliti se moramo posebno mi Slovenci”.
Ulaskom Bosne i Hercegovine u sastav Austro-Ugarske Slovenci i Bošnjaci - dva stara južnoslavenska naroda - prvi put u čitavoj njihovoj prošlosti našli su se u jednoj zajedničkoj državi. Uz okupatorske vojnike Slovenci su u okupaciji Bosne i Hercegovine dijelom učestvovali kao službenici i kao stručnjaci određenih zanimanja, a osobito u razvoju drvne industrije, šumarstva i rudarstva.
Oni su dali značajan prilog i u izgradnji drumskog i željezničkog saobraćaja. Njih Austrija nije, poput Nijemaca, Talijana, Galicijana, Slovaka, kolonizirala u Bosni i Hercegovini. Vremenom, kako su se Slovenci i Bošnjaci, Srbi i Hrvati bolje upoznali nestalo je i međusobnog antagonizma. Stjecajem okolnosti Bošnjaci su u Prvom svjetskom ratu zajedno sa Slovencima ratovali na strani Austro-Ugarske. U toku toga rata na slovenskoj zemlji, najviše na Sočanskom frontu, poginulo je i tu sahranjeno više hiljada Bošnjaka, a također i veliki broj bosanskih Hrvata i Srba.
Prije propasti Austro-Ugarske monarhije (1918), Slovenija, Hrvatska i Bosna i Hercegovina su formirale zajedničku Državu Srba, Hrvata i Slovenaca. Glavni odbor Narodnog vijeća Srba, Hrvata i Slovenaca (SHS) za BiH konstituiran je 24-26. oktobra 1918. godine. Bosna i Hercegovina je kao sastavni dio Države SHS ušla u sastav Kraljevine Srba, Hrvata i Slovenaca (1. decembra 1918). U ovoj novoj državnoj tvorevini Bošnjacima nije priznata posebna nacionalna individualnost, a svoj bosanski jezik, kako su ga vijekovima nazivali, morali su nazvati srpsko-hrvatskim.
Po završetku Drugog svjetskog rata Bošnjaci i Slovenci, odnosno njihove republike Slovenija i Bosna i Hercegovina, našle su se ponovno u sastavu jedne države - ovog puta u sastavu Socijalističke Federativne Republike Jugoslavije (1945-1991). SFR Jugoslavija se raspala 1991. godine. U ljeto te godine Slovenija i Hrvatska su proglasile samostalnoist i nezavisnost: To je učinila i Bosna i Hercegovina u proljeće naredne godine.
Čim su zemlje Evropske zajednice, SAD i mnoge druge države svijeta priznale nezavisnost Republici BiH (6. i 7. aprila 1992.), to je, među prvima, učinila i Republika Slovenija.
