Jugoslavenska muslimanska organizacija (JMO) je do 1927. ostala u opoziciji (osim kratkotrajnoga učešća u Vladi Ljube Davidovića od 27. 7. do 6. 11. 1924), ulazeći u različite opozicione blokove, uglavnom s Demokratskom strankom. U aprilu 1927. JMO, skupa s Demokratskom strankom, ulazi u Vladu V. Vukićevića, u kojoj je Mehmed Spaho preuzeo resor trgovine i snabdijevanja. JMO je ušla u Vladu A. Korošca, osnovanu nakon atentata u skupštini na vođe HSS, u junu 1928. kako bi svojom prisutnošću u Vladi pokušala spriječiti podjelu BiH, pri eventualnoj amputaciji prečanskih krajeva, o čemu se tada dosta govorilo.
JMO nije bila ni u jednoj vladi za Šestojanuarske diktature, niti je njeno vodstvo pružilo bilo kakav oslonac šestojanuarskom režimu. M. Spaho je kao vođa JMO u dva maha otvoreno istupio protiv šestojanuarskog režima. Prvi put poslije oktroiranja ustava, pred novembarske izbore 1931. kada je dao izjavu s vođama četiri druge građanske stranke (A. Stanojevićem, Lj. Davidovićem, J. Jovanovićem i A. Korošcem) da novi ustav ne omogućava izražavanje prave narodne volje na predstojećim izborima, te da njihove partije neće na njih izaći.
U januaru 1933, nakon objavljivanja tzv. Zagrebačkih punktacija i Koroščevih punktacija, Spaho je izašao sa svojim punktacijama u kojima se centralističko državno uređenje oštro napada, te se zahtijeva „uređenje države po ravnopravnim političko-historijskim jedinicama“.
Jedan od osnovnih ciljeva šestojanuarskoga režima u BiH bio je političko odvajanje Bošnjaka od JMO i njihovo vezivanje za novi poredak u Kraljevini Jugoslaviji. Smatralo se da će se to najlakše postići ukidanjem muslimanske vjerske i vakufske autonomije i uvođenjem u Islamsku vjersku zajednicu (IVZ) prorežimskih ljudi. Već 31. I 1930. proglašen je Zakon o IVZ, kojim je stavljen van snage Štatut iz 1909, odnosno ukinuto pravo Bošnjaka na autonomno vođenje vjerskih i vakufsko-mearifskih poslova u BiH.
Nekoliko dana kasnije proglašena je Uredba o privremenoj organizaciji IVZ, po kojoj je ministar pravde postao najviša upravna vlast koja neposredno nadzire rad svih vjerskih i vakufskih organa, u koje su istovremeno uvedeni posebni vladini povjerenici. Tadašnji reisul-ulema Džemaludin Čaušević odmah je odlučno zahtijevao da se ta uredba ukine. Vlasti su to odbile, a Čaušević je početkom juna 1930. umirovljen. Za novog reisul-ulemu odmah je postavljen umirovljeni banjalučki muftija Ibrahim Maglajlić, a sjedište IVZ premješteno iz Sarajeva u Beograd, pod neposrednu kontrolu režima.
Nakon petomajskih izbora 1935. vodstvo JMO napušta Udruženu opoziciju i ulazi u Stojadinovićevu koalicionu vladu, u kojoj je M. Spaho vodio resor saobraćaja. Kao jedan od uvjeta za ulazak u vladu JMO je tražila da se sjedište reisul-uleme vrati iz Beograda u Sarajevo i ukinu šestojanuarski propisi o IVZ. Dotadašnji reisul-ulema Maglajlić je umirovljen, a za novoga poglavara IVZ, sa sjedištem u Sarajevu, izabran je Fehim Spaho. Istovremeno je 24. 10. 1936. donijet novi ustav IVZ kojim su Bošnjaci ponovo dobili autonomiju u vođenju svojih vjerskih i vakufskih poslova, čime je u poslovima Zajednice ojačao utjecaj obrazovanih Bošnjaka, nasuprot službenicima organa IVZ. Ulaskom u Stojadinovićevu vladu, vodstvo JMO je osiguralo za sebe političku prevlast u BiH, što je uvijek bio jedan od glavnih stranačkih ciljeva.
I nakon smjenjivanja Stojadinovića JMO je ostala u novoj vladi D. Cvetkovića. Čim se tokom 1939. doznalo da Cvetković pregovara s V. Mačekom o stvaranju zajedničke vlade i osnivanju Banovine Hrvatske, Spaho je upozorio Cvetkovića da ne čine ustupke na račun BiH. Nakon iznenadne smrti M. Spahe, neposredno prije zaključenja sporazuma Cvetković-Maček, na čelo JMO dolazi Džafer Kulenović. Osnivanjem Banovine Hrvatske veliki dijelovi BiH našli su se u njenom sastavu, čime je Bosna i Hercegovina praktično podijeljena.
U novembru 1939. Dž. Kulenović je u ime JMO dao javnu izjavu kojom traži da se uz hrvatsku, srpsku i slovenačku, Bosna i Hercegovina, u historijskim granicama, prizna kao četvrta, „bosanska banovina“. Izjava je dovela do rascjepa s Cvetkovićem, tj. do istupanja predstavnika JMO iz Vlade. Poslije Kulenovićeve izjave sve muslimanske političke organizacije, kulturno-prosvjetna i druga društva jednodušno su istakli zahtjev za autonomiju BiH.
Njihova djelatnost, koju su Bošnjaci masovno podupirali, organizaciono je uobličena 30. 12. 1939. uspostavljanjem Pokreta za autonomiju BiH. U prvom proglasu Izvršnog odbora Pokreta traži se autonomija za BiH u njenim historijskim granicama, što bi bilo u interesu ne samo Bošnjaka nego i cijeloga stanovništva BiH.
Istovremeno, unutar KPJ potkraj tridesetih godina dozrijeva saznanje o potrebi autonomije BiH kao jedinom historijski mogućem rješenju njenoga nacionalnog pitanja, odnosno osiguranja uvjeta za ravnopravnost i napredak svih njenih naroda, uključujući i muslimane. Već 1. 12. 1939. „napredna studentska omladina“ BiH u svom je „Trećem otvorenom pismu“ zahtijevala autonomiju BiH, tj. pravilno rješenje njenoga nacionalnog pitanja.
Taj je zahtjev veoma jasno izražen i u rezoluciji Pete pokrajinske konferencije KPJ za BiH u julu 1940, a zatim i na Petoj zemaljskoj konferenciji KPJ u Zagrebu u novembru 1940. U svim tim partijskim dokumentima istovremeno je JMO sasvim neutemeljeno optuživana da kao građanska stranka nije bila niti može biti pravi zastupnik interesa širokih narodnih slojeva Bošnjaka, pa prema tome ni stvarni nosilac autonomije BiH.
Mada se vodstvo JMO na razne načine borilo da očuva cjelinu i posebnost Bošnjaka u odnosu na Srbe i Hrvate, ono nikada nije uspjelo tu posebnost podići na razinu nacionalnoga pitanja. Pod pritiskom da se opredijele kao Srbi i Hrvati, vodeći su muslimanski političari logično i mudro izabrali u nacionalnom pogledu neutralno, ali legitimno, jugoslavensko ime kao oznaku svoje stranke. To je u tadašnjim prilikama bio vjerovatno jedini način da se istakne posebni muslimanski narodni identitet.
