Drugi svjetski rat na području današnje Slovenije gotovo se nije razlikovao od ostatka Jugoslavije. Zapravo, bio je vjerovatno još komplikovaniji. Nakon kratkotrajnog aprilskog rata 1941, teritoriju Slovenije okupiraju nacistička Njemačka i fašistička Italija i svaka u svojoj okupacionoj zoni uvodi strahovladu u kojoj su Slovencima oduzeta sva prava. Sprovodi se prisilna germanizacija i italijanizacija stanovništva, škole se zatvaraju, knjige na slovenačkom jeziku se spaljuju, a spomenici uništavaju. Najdrastičniji izraz ovog plana bio je projekat „Lebensborn“, nacistička operacija u kojoj su slovenačka djeca oduzimana roditeljima i odvođena u Njemačku. 

Tokom četiri ratne godine u vojnim operacijama, a još više u masovnim strijeljanjima talaca, ubijeno je 97.500 Slovenaca, po podacima slovenačkog Instituta za noviju istoriju. To je preko šest odsto predratnog stanovništva Slovenije, a u pojedinim oblastima, prije svega u Ljubljanskoj provinciji, ta brojka je išla i do deset odsto.

U Sloveniji je izvršeno i etničko čišćenje, koje je najavio lično Adolf Hitler tokom posjete Mariboru 1941, što je inače bilo jedino područje Jugoslavije u kome je Hitler ikada boravio. U govoru u Mariboru, rekao je: „Pretvorite ovu zemlju ponovo u njemačku.“ Gotovo trećina Slovenije direktno je pripojena Trećem rajhu, a sa ove teritorije je protjerano preko 80.000 Slovenaca.

Ljubljana je okružena prstenom od bodljikave žice, bunkerima i stražarskim kućama i tako odvojena od ostatka zemlje. U takvoj situaciji stvaraju se različiti pokreti. S jedne strane stoje domobrani koji imaju veliku podršku dijelova rimokatoličke crkve. Na njihovom čelu nalazi se general Leon Rupnik, izraziti antisemita i klerikalac. Domobrani, u prvo vrijeme poznati kao Bela garda, militantni su desničari i antikomunisti koji direktno rade za italijanske okupatore.

S druge strane obrazuje se Osvobodilna fronta Slovenije, iz koje će izrasti Narodnooslobodilačka vojska Slovenije pod direktnom komandom Josipa Broza Tita.

Da sve bude još komplikovanije, tu je i Jugoslovenska vojska u otadžbini, upamćena u Sloveniji kao Plava garda, pod komandom Dragoljuba Mihailovića. U toku 1942. dijelovi Plave i Bele garde se ujedinjuju i stvaraju Legiju smrti. Ideološka suprotstavljenost ovih pokreta, ali i niz drugih faktora, dovešće do međusobnih borbi. Tako će ratne godine u Sloveniji, pored represalija okupatora, obilježiti i sukobi ovih snaga, koje su se nerijetko borile do potpunog istrebljenja.

Priču o krvavom i konfuznom ratu možda najbolje ilustruje biografija Jake Avšiča, čovjeka čiji je životni put išao od Solunskog fronta do štaba Dragoljuba Mihailovića na Ravnoj gori i preuzimanja komande nad slovenačkim četnicima, da bi potom Avšič prišao partizanima, postao partizanski general, vijećnik na zasjedanju AVNOJ-a u Jajcu, a nakon rata ambasador u Beču i gradonačelnik Ljubljane.

Jakob Avšič – kako mu glasilo puno ime, iako će ostati upamćen po nadimku Jaka – rođen je 24. aprila 1896. u naselju Kleče, koje je tada bilo u neposrednoj blizini Ljubljane, a danas je dio grada. Tokom školovanja postaje blizak sa revolucionarnom grupom Preporodovci, okupljenom oko časopisa Preporod. U njemu svoje radove objavljuju slovenački književnici i intelektualci koji se protive germanskoj hegemoniji. Među njima su i Ivan Cankar i Oton Župančič. Pridružuje im se niz simpatizera, najviše gimnazijalaca i studenata. Održavali su kontakte sa pobunjeničkim grupama u Austrougarskoj, naročito s Mladom Bosnom.

Austrougarska vlast će se kasnije obračunati sa pokretom tako što će njihove članove zatvarati, kao Cankara 1914., a neke mobilisati i poslati na front. Avšič će 1915. godine biti mobilisan i poslat na Istočni front. Koristi prvu priliku za bijeg i početkom 1916. predaje se Rusima. Postaje dio dobrovoljačkih snaga koje se bore na savezničkoj strani.

Iz Rusije 25. januara 1917. polazi na Solunski front. Put od nekoliko hiljada kilometara bio je skopčan sa brojnim opasnostima: vojnici su najpre prebacivani željeznicom preko Sibira na istok zemlje, potom su ukrcavani na brodove koji su obilazeći Kinu i Indiju došli do Sueckog kanala, odatle željeznicom transportovani do Aleksandrije, gdje ih je čekao brod za Solun. Avšič učestvuje u bitkama i proboju Solunskog fronta i iz rata izlazi sa činom potporučnika.

Nakon 1918. i formiranja Kraljevine Srba, Hrvata i Slovenaca nastanjuje se u Zagrebu. Završava Vojnu akademiju u Beogradu i zatim služi u kasarnama u brojnim jugoslovenskim gradovima. Aprilski rat će dočekati u Subotici na mjestu komandanta tamošnjeg konjičkog puka.

Tokom aprilskog rata Avšičev puk će se pred snažnim nemačkim napadom iz pravca Mađarske povlačiti ka unutrašnjosti Srbije. U poslijeratnim sjećanjima pričaće da su išli najprije kroz Mačvu do Drine, i tu već kreću izdaje: kapetan artiljerijskog odjeljenja ostavlja potpuno nekorištene topove u raskvašenoj mačvanskoj zemlji i bježi u Hrvatsku. Isto čini i dobar dio vojnika.

Avšič sa ostatkom snaga juri ka Ljuboviji, računajući da će u Bosni biti organizovana gerilska borba protiv okupatora. U tome će se prevariti. Na drugoj strani rijeke Nijemci opkoljavaju Avšičev odred i zarobljavaju ga. Ipak, on će izbjeći odlazak u zarobljeništvo. Tokom transporta ka Mađarskoj, uspijeva da iskoči iz voza i pobjegne. Pješice polazi put Ljubljane. Skriva se više od mjesec dana u Zagrebu kod prijatelja i napokon u Sloveniju stiže u junu 1941.

Odmah se povezuje sa oficirima koji su izbjegli zarobljavanje, među kojima je i njegov predratni poznanik general Leon Rupnik, koji poziva na lojalnost okupatorskoj vlasti. Avšič to odbija i okreće se ustanicima okupljenim oko Osvobodilne fronte. U dogovoru sa Borisom Kidričem Avšič počinje da prikuplja slovenačke oficire voljne da stupe u borbu protiv okupatora. U oktobru 1941. određeno je da zajedno sa majorom Karlom Novakom krene u glavni štab Dragoljuba Mihailovića na Ravnoj gori. Novak i Avšič sa falsifikovanim dokumentima putuju preko Zagreba do Beograda, odakle će biti sprovedeni do Ravne gore. Dragoljub Mihailović ih u prvom trenutku ne prima. Sa Avšičem komunicira major Ivan Fregl, četnički oficir slovenačkog porijekla, jedan od najbližih Mihailovićevih ljudi. U štabu na Ravnoj gori Avšič će upoznati i majora Hadsona, predstavnika vojne misije Velike Britanije, kome će prenijeti informacije o ustanku u Sloveniji.

Avšič je Mihailoviću ukazao na neophodnost borbe protiv Nijemaca i Italijana zajedno sa drugim antifašističkim snagama. Istog dana održana je sjednica na kojoj Mihailović postavlja Avšiča za četničkog komandanta Slovenije, a Novaka za načelnika štaba. Avšič se vraća u Sloveniju i kreće da pravi vojnu organizaciju, pozivajući jugoslovenske oficire da mu se pridruže. Kako jugoslovenska vlada u egzilu četničke snage smatra za svoju zvaničnu vojsku, tako i Avšič postaje glavnokomandujući vojnih snaga Kraljevine Jugoslavije u Sloveniji. Tokom novembra okuplja više od 80 oficira spremnih za borbu. Ipak, oni neće ratovati na četničkoj strani.

Nakon nepuna tri mjeseca komande nad slovenačkim četnicima, Avšič menja stranu. Razlog za to je najvećim dijelom ležao u promjeni odnosa snaga u Srbiji. Poslije krvavog pada Užičke republike, u Sloveniju dolaze vijesti o izmijenjenoj situaciji: četnički i partizanski pokret direktno se sukobljavaju. Avšič staje na partizansku stranu. U poslijeratnim zapisima reći će da ga je na to najviše nagnala informacija o saradnji Mihailovićevih snaga sa Nemcima. Kao zvanični komandant vojske Kraljevine Jugoslavije u Sloveniji, u januaru 1942. Avšič potpisuje prelazak ove vojske na slovenačkoj teritoriji u okrilje Osvobodilne fronte. Krajem decembra 1941. postao je član Komunističke partije.

Mihailović ga smjenjuje i postavlja majora Karla Novaka na njegovo mjesto. Novak se odmah povezuje sa Belom gardom, grupacijom profašističkih Slovenaca. Vlada u Londonu Avšiča ražaluje i proglašava ga za pobunjenika, a Novak ga osuđuje na smrt. U maju 1942. Avšič je primljen u Glavnu komandu slovenačkih partizanskih trupa, a u oktobru 1942. biće postavljen za zamjenika komandanta Glavnog štaba. Naredne tri godine koristi konspirativno ime Branko Hrast. O Avšičevom preokretu najbolje svedoči pismo koje je Edvard Kardelj uputio Josipu Brozu Titu 14. decembra 1942, u kome se, između ostalog, kaže:

„Možda će sad biti malo bolje sa našim pukovnikom Jakom Avšičem. Do ofanzive smo ga gledali ispod oka jer mu nismo verovali. Prethodno je, kao što sam možda već rekao, bio glavnokomandujući Draže Mihailovića za Sloveniju. Međutim, prije i poslije ofanzive pokazao se kao veoma dobar i iskren simpatizer, pa smo mu dali veću odgovornost i mjesto zamjenika komandanta. Sada je najbitniji vojnik u Glavnom štabu.“

Ofanziva koju Kardelj u pismu pominje pokušaj je italijanskih snaga da u proljeće 1942. unište ustaničke partizanske jedinice. U tu svrhu angažovano je nekoliko hiljada italijanskih vojnika. Partizani nakon žestokih borbi i uz velike žrtve, uspijevaju da se izvuku iz zamke. Jednu od najvećih zasluga za to nosi Jaka Avšič, koji uspešno strategijski komanduje partizanskim odredima. Posebno velike žrtve partizani su podnijeli u borbama na Kočevskom rogu.

Kako Italijani ne uspijevaju da unište partizanske odrede, u znak osvete vrše masovne represalije nad civilnim stanovništvom. Strijeljano je preko 2.000 Slovenaca, 20.000 internirano, a brojna sela su uništena.

U maju 1943. od strane Vrhovnog štaba Narodnooslobodilačke vojske i partizanskih odreda Jugoslavije dobija čin general-potpukovnika. Bio je drugi oficir koji je u Narodnooslobodilačkoj vojsci dobio ovaj čin. Jaka Avšič 1943. upravlja pohodom dve slovenačke brigade do italijanske pokrajine Veneto. Ova operacija je bila jedna od najvećih u toku Drugog svjetskog rata u Sloveniji. Osnovna zamisao je bila ujedinjenje partizanskih jedinica na primorju sa dvije jedinice iz unutrašnjosti zemlje, kako bi one većom snagom mogle da napadnu Nijemce i Italijane. Prelazak ovih snaga nije bio nimalo jednostavan, ali na kraju je zadatak uspješno izvršen.

Nakon kapitulacije Italije septembra 1943, situacija se drastično mijenja. Nijemci sprovode okupaciju čitave Slovenije, ali višemjesečni haos partizanske jedinice koriste da se konsoliduju i opreme naoružanjem. U septembru 1943. Osvobodilna fronta na oslobođenoj teritoriji organizuje izbore. Izabrani delegati, njih 120, na zboru u Kočevju stvaraju Slovenački narodnooslobodilački odbor koji postaje vrhovno predstavničko i zakonodavno tijelo partizanskog pokreta u Sloveniji. Njegov član je i Jaka Avšič. Kao istaknuti borac poslat je kao slovenački većnik na Drugo zasjedanje AVNOJ-a u Jajcu 29. novembra 1943. U toku zasjedanja Avšič je u govoru rekao: „Slovenci žele u Jugoslaviji slobodu, ali ne samo nacionalnu, već i socijalnu i moralnu.“

Na sastanku slovenačke delegacije sa Titom u Jajcu, Avšič je pokrenuo pitanje buduće upotrebe slovenačkog jezika, pogotovo u vojsci. Tito je na ovo pozitivno reagovao, iako njegovo obećanje kasnije neće biti ispunjeno. U JNA je sve do raspada Jugoslavije jedini zvanični jezik bio srpskohrvatski. Avšičevo zalaganje za samosvojnost Slovenije, kakvi su bili i stavovi ostalih članova delegacije, dobrim dijelom su rezultirali krajnjim zaključcima i donesenim odlukama AVNOJ-a. Za razliku od prijašnjeg centralističkog uređenja, Jugoslavija se okreće federalizmu, kao državna zajednica ravnopravnih naroda. Avšič je tokom zasjedanja izabran za člana Predsjedništva AVNOJ-a.

Po povratku u Sloveniju Avšiča čeka mnogo teži zadatak. Građanski rat u Sloveniji, koji se razbuktao početkom 1942, odnosi sve veće žrtve. Antikomunističke snage, prije svega Bela garda, djeluju protiv Osvobodilne fronte, nerijetko denuncirajući njene članove okupatorskim snagama. Još u aprilu 1942. Miha Krek, slovenački političar u emigrantskoj vladi u Londonu, proglasio je sve snage koje nisu pod komandom Dragoljuba Mihailovića za izdajnike prema kojima ne smije biti milosti. Kreće međusobni obračun u kome će biti pobijene hiljade ljudi. Nijedna strana ne preza od fizičkih likvidacija protivnika. 

Vrhunac su akcije Bele garde koja je pod komandom Ernesta Peterlina. U racijama belogardejci hvataju više od 500 simpatizera Osvobodilne fronte i predaju ih Italijanima, kako govore poslijeratni jugoslovenski izvori. Tokom godine i slovenački četnički odredi u Štajerskoj, koji su dotad bili pod kontrolom Dragoljuba Mihailovića, stupaju u Legiju smrti koja se bori protiv partizanskih ustanika. Njihovo bezobzirno ophođenje prema civilnom stanovništvu građanski rat dovodi do usijanja.

Vrhunac međusobnog razračunavanja bila je bitka kod slovenačkog mjesta Grčarice u septembru 1943. Do nje je došlo nakon obračuna četničkih jedinica sa partizanima u mjestu Sveti Gregor. Četnici se nakon napada povlače u Grčarice, gde se nalazi glavnina njihovih snaga. Četrnaesta slovenačka divizija pod komandom Jake Avšiča napada Grčarice, dok četničkim snagama preko radio-veze komanduje Karl Novak, koji se u tom trenutku nalazio u Ljubljani. Bitka je trajala tri dana i završila se partizanskom pobjedom.

Predalo se preko 700 četnika. Nedugo zatim oni su izvedeni na suđenje koje je ostalo poznato kao Kočevski proces. To je bio prvi sudski proces kolaboracionistima u okupiranoj Evropi. Zbog izdaje je na smrt osuđeno 16 četničkih vojnika, po zvaničnim partizanskim podacima. U docnijoj revizionističkoj literaturi navodi se da su ostali zarobljenici likvidirani bez suđenja.

Slična situacija se ponavlja istog mjeseca u opsadi dvorca Turjak. U njemu se nalaze pripadnici Bele garde, Legije smrti i dijelovi preostalih četničkih jedinica. Nakon četvorodnevne opsade partizani osvajaju Turjak. Zarobljeno je više od 1.200 vojnika, a po partizanskim podacima njih 115 je kasnije osuđeno na smrt.ž Snage Bele i Plave garde su desetkovane. Četnički komandant Slovenije Karl Novak beži u Italiju, a na njegovo mjesto dolazi Ivan Prezelj. Ipak, četnički pokret u Sloveniji je gotovo u potpunosti uništen.

Karl Novak će za Dragoljuba Mihailovića u Italiji biti zadužen za održavanje veza sa savezničkim snagama. Nakon rata odlazi u Atinu, gdje živi do smrti 1975. Pojedini izvori govore da je radio za američku obaveštajnu organizaciju CIA, a Britanci ga označavaju kao ratnog zločinca.  Domobrani će nakon poraza ujediniti svoje snage u formaciju Slovensko domobranstvo pod komandom generala Leona Rupnika, koja u aprilu 1944. postaje dio njemačkih vojnih snaga, i to kao dio SS-a a podršku im pruža ljubljanski biskup Gregorij Rožman.

Ovi odredi su vršili masovne zločine protiv civila koji su podržavali partizane, a odgovorni su za hapšenje preko 6.000 Slovenaca koji su najvećim dijelom završili u nacističkim koncentracionim logorima, kao i za pronalaženje preostalih slovenačkih Jevreja i njihove deportacije u logore smrti.

Na kraju rata slovenački domobrani zajedno s Nijemcima bježe u Austriju, ali ih britanske snage vraćaju u Jugoslaviju. Njihova poslijeratna sudbina predmet je velikih sporova. Po procjenama Instituta za noviju istoriju Slovenije u poslijeratnim likvidacijama je ubijeno više od 11.000 slovenačkih zarobljenika. Ove brojke dio historičara i javnosti smatra lažnima, govoreći da su likvidarani samo ratni zločinci. Leon Rupnik, Ervin Rozener i njihovi najbliži saradnici isporučeni su vlastima Jugoslavije 1946. i osuđeni su na smrt zbog izdaje i ratnih zločina.

Krajem 1944. Jaka Avšič dobija prekomandu: prebačen je u Vrhovni štab NOV Jugoslavije u oslobođenom Beogradu. Obavljao je dužnost komandanta pozadine u Ministarstvu narodne odbrane privremene vlade Demokratske Federativne Jugoslavije. Po završetku rata poslat je u Berlin, gde je obavljao dužnost vojnog atašea a u decembru 1947. Avšič postaje ambasador Jugoslavije u Beču. U zemlju se vraća 1951. Bio je narodni poslanik u slovenačkom parlamentu u Ljubljani i u Saveznom parlamentu u Beogradu, a 1952. postaje gradonačelnik Ljubljane i ministar šumarstva u slovenačkoj vladi. Svoj kratkotrajni mandat na mjestu gradonačelnika Ljubljane koristi za poslijeratnu obnovu grada. Penzioniše se 1953. Sve do smrti 1978. godine živi povučeno u braku sa Tatjanom Sernec Avšič, profesorkom biologije na Univerzitetu u Ljubljani. Napisao je niz memoarskih zapisa i vojnoteorijskih studija.