S početkom reformnog projekta sultana Mahmuta II 1808. neosporno se gospodstvo bosanskih ajana i njihova samovolja po kadilucima više nisu mogli dovesti u sklad sa željama i naporima središnje vlasti da vojno-administrativnim reformama osigura svoj autoritet u svim dijelovima Carstva. Već od početka dvadesetih 19. stoljeća sultan Mahmut II, preko zloglasnog Dželal-paše, počinje obračun s bosanskim ajanima prostom fizičkom likvidacijom nasilnijih među njima. Uporedo teče i pogubljenje odavno neposlušnih i samovoljnih janjičara. Zamišljene i najavljene upravne i vojne reforme činile su izlišnim kako janjičarstvo, tako i ajanluk.
Nakon brojnih pogubljenja janjičara u njihovim najjačim uporištima, Sarajevu i Mostaru, Mahmut II pokušao je privoljeti bosanske ajane da mirnim putem prihvate reforme, nudeći im položaj muteselima, kao prvih modernih državnih činovnika u Carstvu, odnosno Bosanskom pašaluku. Tu su ponudu bosanski ajani odlučno odbili, jer se nikako nisu mogli pomiriti s prisiljavanjem da od neospornih gospodara u kadiluku postanu obični, makar i srazmjerno visoki činovnici. Time je otvoren put izravnom oružanom obračunu između bosanskih ajana i središnje vlasti.
Bosanski vezir Ali Namik-paša pokušao je ponovo početkom 1831. privoljeti ajane na poslušnost, odanost sultanu i prihvatanje reformi. Kapetani i ajani su odbili njegov poziv da dođu u Travnik, pa su se krajem januara 1831. sastali u Tuzli. Tu su se dogovorili da ne prihvate reforme, da se posebno odupru uvođenju nove vojske i novih poreza, te ustupanju podrinjskih nahija Srbiji. Na kraju su, 5. 2. 1831. za svoga vođu izabrali Husein-kapetana Gradaščevića. U prvom većem sukobu s vojskom velikoga vezira 18. 7. 1831. kod Kačanika na Kosovu Husein-kapetan izvojevao je veliku pobjedu, pa su ga ostali ajani potom ustoličili za bosanskoga vezira u Travniku.
Politički program bosanskih ajana nije bio jasno i do kraja uobličen, ali se može reći da se uz već spomenuto odbijanje reformi koje su, po njima, suprotne islamskoj tradiciji, posebno ustrojavalo da se ne dira u njihova imovinska prava, te da se ubuduće na položaj bosanskog vezira postavljaju isključivo domaći ljudi. To bi faktički značilo da bi Bosna, pod političkim vodstvom ajana, dobila autonoman položaj u Osmanskom Carstvu, sličan onom kakav je Srbija dobila Hatišerifom iz 1830. U pogledu položaja ostalih slojeva bošnjačkoga stanovništva i nebošnjaka, program bosanskih ajana nije predviđao nikakve promjene. Središnja vlast, odnosno sultan Mahmut II nije prihvatio zahtjeve ajana niti je priznao legitimnost Husein-kapetana kao bosanskoga vezira.
U konačnom obračunu između sultana i Husein-kapetana u odlučujućem času prešli su na stranu sultana neki hercegovački ajani s Ali-agom Rizvanbegovićem i Smail-agom Čengićem na čelu. Vojska velikog vezira uz njihovu je pomoć nanijela presudan poraz Husein-kapetanu i njegovim pristalicama na Palama kod Sarajeva 31. 5. 1833. Samo četiri dana kasnije, 4. juna, Husein-kapetan se još jedanput pred samim zidinama Sarajeva uzalud okušao u boju s vojskom velikoga vezira, kojem su pomogli Rizvanbegović i Čengić. Tim porazom njegov je pokret propao. Za svoje usluge Ali-aga Rizvanbegović nagrađen je izdvajanjem Hercegovine u poseban pašaluk, koji je njemu lično na arpaluk, kao veziru s titulom paše, povjeren na upravu. Središnja vlast konačno se obračunala s bosanskim ajanima tek i pohodom Omer-paše Latasa 1850. i smaknućem preostalih ajana, uključujući tu i Ali-pašu Rizvanbegovića.
Svojim ratnim pohodom po Bosni i Hercegovini, koji je trajao godinu dana, Latas je praktično dokrajčio i uništio one političke snage koje su stoljećima predstavljale politički narod u historiji Bošnjaka. S povijesne udaljenosti gledano, te su se snage, iako sa svojih ekonomsko-socijalnih pozicija, ustvari borile za svojevrsnu autonomiju Bosne u Osmanskom Carstvu. S obzirom na sve unutrašnje i vanjske okolnosti Osmanskoga Carstva, ideje o toj autonomiji nisu bile realne niti su se mogle ostvariti. Zato je poraz bosanskih ajana kao bošnjačkoga političkog naroda bio neizbježan. Oni nisu pokušali naći drugi most i drugu vezu, osim islama, s ostalim slojevima bošnjačkoga stanovništva. Pogotovo takvu vezu nisu tražili s ostalim bosanskohercegovačkim stanovnicima, pravoslavnim i katolicima, odnosno Srbima i Hrvatima, bez kojih je i tada autonomija Bosne bila neostvariva.
Od konačnog sloma ajana 1850. nastaje u političkom životu Bošnjaka zatišje koje osmanska vlast nastoji iskoristiti za dovršavanje procesa reformi vojske, uprave, poreskog sistema i drugih oblasti društvenoga života. U tom je pogledu posebno bio djelotvoran Osman Šerif Topal-paša, posljednji veliki bosanski namjesnik, koji je za svoje uprave tokom šezdesetih godina prošlog stoljeća prilično odlučno nastojao izvesti Bosnu na put građanskog razvitka, kako u privrednom, tako i administrativno-političkom pogledu.
Na toj je liniji bio i Ustavni zakon Vilajeta Bosanskog iz 1867, prema kojem se Bosanski vilajet sastojao od sedam sandžaka: bihaćkog, banjalučkog, travničkog, zvorničkog, sarajevskog, hercegovačkog i novopazarskog. Za vrijeme Osman Topal- paše pokreću se prve novine, grade putevi i ceste, podižu se značajniji javni objekti u novom evropskom stilu, posebno u Sarajevu. Konzervativni široki muslimanski slojevi, bez pravog političkog vodstva, drže se prema svemu tome uglavnom ravnodušno. Ipak, svim tim Topal-pašinim reformama Bosna i Hercegovina se zapravo pripremala za veliki preokret koji će u životu Bošnjaka nastupiti austrougarskom okupacijom 1878.
