Od svih južnoslavenskih naroda i zemalja Makedonija je prva potpala pod osmansku vlast. Kad su kralj Vukašin i despot Uglješa Mrnjavčević poraženi u bici na Marici 1371. godine, Vukašinov sin Marko (Kraljević) i braća Dejanovići postali su osmanski vazali. Makedonija je uključena, zajedno sa Trakijom, u pokrajinu pod imenom Rumelija, koja je na istoku graničila Crnim morem i Bosforom, na jugu Mramornim morem i Egejom, a onda brdskim lancem Olimpa, na zapad brdskim lancima Pinda, Bama i Šar-planine. U njoj su živjeli, pored Turaka, Slaveni: Bugari, Makedonci i Srbi, zatim, Grci, Tatari, Albanci, Armenci, Cincari, Jevreji i Romi. Sjedište beglerbega bilo je u Plovdivu, a od 1385. godine, u Sofiji.
Od 1836. godine sjedište je u Manastiru (Bitolju). Rumelija je bila podijeljena na pašaluke. Pored Makedonije (pašaluci u Skoplju i Tetovu), u sastavu ove pokrajine bili su pašaluci Skadar, Prizren, Peć i ajanluci Podgorica, Bar i Ulcinj. Nakon Berlinskog kongresa (1878) i stvaranjem nezavisne Srbije i Bugarske nastale su Istočna Rumelija i Zapadna Rumelija (sa tri vilajeta provincije Jedrene, Solun i Bitolj). Poslije balkanskih ratova (1912- 1913) Vardarska Makedonija (sa Bitoljem) uključena je u sastav Srbije, Solun je pripao Grčkoj, dok je Jedrene ostalo u Turskoj.
Zahvaljujući svom centralnom geografskom položaju na Balkanu Makedonija je krajem XIV i u XV vijeku bila osmansko vojno krajište, čije je sjedište od 1392. godine bilo Skoplje. Da bi osigurali strateške puteve i tvrđave u Makedoniji Osmanlije su rano počeli naseljavati ovu zemlju svojim narodom, posebno turkmenskim plemenima koje su dovodili na opustošenu zemlju i u novopodignute gradove, naročito oko makedonskog primorja i duž puteva koji su vodili za Strumicu, Štip i Skoplje, kao i od Soluna za Skoplje. Posebno je bio jak priliv Juruka koji su dobili odlična pasišta za svoja stada u Solunskoj niziji i po plodnim kotlinama Nevrokopa, Strumice, Ketana, Ovčeg polja, sve do Kumanova. Krajem XV vijeka Osmanlije su naselili veći broj Jevreja u Makedoniju. Njih su tada protjerali katolički kraljevi iz Španije.
Najviše ih je naseljeno u Solunu, Bitolju, Skoplju i Strumici. Krajem XVII vijeka Solun je bio pretežno jevrejski grad. Osmanska vlast je rado prihvatala Jevreje, dopustila im slobodno ispovijedanje vjere, mogli su da osnivaju škole, biblioteke i štamparije. Bili su veoma korisni za osmansku privredu i razvoj zanatstva i naoružanja.
Dolaskom Osmanlija naselile su se u Makedoniju i veće grupe Roma. Padom Makedonije pod osmansku vrhovnu vlast Ohridska arhiepiskopija ne samo što nije ukinuta, kako piše akademik Ljuben Lape, nego je to bila jedina srednjovjekovna feudalna ustanova u Makedoniji koja je sačuvala svoju organizaciju. Istovremeno, bila je to i prva i najranija crkvena organizacija koja je u cjelini ušla u sastav osmanske države, pa je počela čak da širi svoju crkvenu vlast i utjecaj i van svojih nekadašnjih granica. Širila se na račun drugih pravoslavnih crkava, a od dvadesetih godina XVI vijeka do 1557. godine Pećka patrijaršija je njoj bila potčinjena. Od pada pod osmansku vlast pa sve do druge polovine XVIII vijeka u crkvenom pogledu gotovo sva teritorija Makedonije ostala je pod jurisdikcijom Ohridske arhiepiskopije, a u pogledu upravljanja i izbora svojih velikodostojanstvenika arhiepiskopija je imala autonoman položaj u Osmanskoj imperiji.
Još nije dovoljno istraženo kako je tekao proces islamizacije u ovoj zemlji. Svi izvori se slažu da ni u Makedoniji, izuzev ekscesnih slučajeva, nije vršena nasilna islamizacija stanovništva. To se dokazuje i činjenicom da je u ovoj zemlji u vrijeme Osmanskog carstva uvijek bilo više kršćanskog nego muslimanskog stanovništva, a i samim položajem Makedonske pravoslavne crkve za čitavo vrijeme vladavine Osmanlija.
Ima podataka da je nekih islamskih sljedbi bilo u Makedoniji, posebno u dolini Vardara, još u vizantijsko doba. Ipak, masovno širenje islama vezano je za prodor Osmanlija u ovu zemlju. Tokom vremena islamizacija slovenskog stanovništva zahvatila je ne samo plemiće nego i znatan dio seljaka. U prvom vijeku osmanska vlast je vodila smišljenu politiku prema manjim feudalcima. Krupnije je uklanjala, a sitnima ostavljala i položaje i posjede u obliku timara (feudalni posjed, leno, spahiluk). Vremenom je većina ovih kršćana - spahija i vojnika (lahki konjanici sa kopljem i štitom, korišćeni kao izviđači i čuvari granica), kao i povlašćenih slojeva, derbendžijz (čuvari klisura i planinskih puteva), sokolara i drugih, da bi zadržali svoje posjede, postepeno prelazila na islam. U isto vrijeme su u pojedinim krajevima Makedonije na islam prelazila i mnoga sela, naročito na prostoru od Ohridskog jezera do Prizrena, u slivu rijeka Drima i Radike.
Za čitavo vrijeme osmanske vladavine ljubomorno su čuvali svoj makedonski jezik i mnoge običaje, čime su se oduvijek razlikovali od doseljenih Turaka i Albanaca. U etničkim granicama Makedonije ovakvih muslimana bilo je, prije balkanskih ratova, oko 150.000. U Zapadnoj Rumeliji, u Makedoniji, a posebno u Skoplju, Štipu, Tetovu, Prilepu i Bitolju, također, u Prizrenu i Prištini, vijekovima su postojala jaka žarišta islamskog duhovnog pa i naučnog života. Iz tih gradova, naročito iz Skoplja, potječe veći broj istaknutih književnika, historičara, hroničara, pjesnika, filozofa. Gotovo svi su južnoslavenskog porijekla.
Skoplje je bio jedan od najljepših i najbogatijih gradova na Balkanu, a spalio ga je, nakon dogovora sa nadbiskupom Petrom Bogdanijem i patrijarhom Arsenijem III Crnojevićem, 26. i 27. oktobra 1689. godine austrijski feldmaršal Pikolomini (Giovanni Norberto Piccolomini). U paljenju grada, pored habsburških vojnika, učestvovalo je i oko 14.000 makedonskih, srpskih i oko 6.000 albanskih katoličkih dobrovoljaca. Pikolomini je ušao u grad bez borbe, pošto ga je prethodno bio napustio Mahmud-paša. Grad je tada imao 60.000 stanovnika i bio jedan od značajnih centara islamske kulture, a i jedan od najvećih trgovačkih centara na Balkanu. Skoplje tada, prema izvještaju Pikolominija, nije bio “od Praga manji, a bogatstvom možda i veći”.
Ovaj osvajač i piroman je u svom izvještaju Beču, ističući svoju navodnu žalost zbog paljenja grada, izrazio i divljenje prema arhitekturi “... i palatama kakvih u ovom ratu još nisam vidio, džamije od najfinijeg mermera i profila sa hiljadama svjetiljki i pozlaćenih citatima iz Kur’ana a ukrašenih tako da bi im i čovjek iz Rima poklonio pažnju. Te lijepe kuće, vrtove i zabavišta, velike zalihe životnih namirnica, i sve to morao sam predati plamenu...”
Tad je srušen i Daut-pašin hamam iz XVI vijeka (kasnije obnovljen, sada se u njemu nalazi Umjetnička galerija), čuvena Mustafa-pašina džamija i stotine drugih, stara čaršija sa brojnim bazarima i bezistanima, mnoge medrese, biblioteke i tekije. Kako je grad bila zahvatila kuga, Pikolomini se nakon uništenja grada i obavljene pljačke, ubrzo morao (6. novembra) povući na Kosovo. Zaražen i sam kugom, u svojoj 40-toj godini života ubrzo umire. Habsburška monarhija je u ovom ratu izgubila sve osvojene teritorije.
Muslimane iz Makedonije su u vrijeme oslobodilačkih buna i ustanaka redovno pozivali u zajedničku borbu protiv Osmanlija. Oni su se na ove pozive znali odazivati i učestvovati na razne načine. Posebno je to učešće zabilježeno u ustanku 1878. godine, u historiji poznatijem pod imenom Kresnenski ustanak, zatim u Ilindenskom ustanku 1903. godine. No, tokom balkanskih ratova i između dva svjetska, muslimani Makedonije masovno iseljavaju u Tursku. To se nastavilo i poslije oslobođenja zemlje, naročito u periodu od 1953. do 1962. godine. Prema istraživanjima dr. Nijaza Limanoskog “u raznim pogromima i asimilacijama nestalo je na desetine hiljada muslimana, a više od 100 000 zauvijek je napustilo svoju domovinu”.
U narodnooslobodilačkom ratu u vrijeme Drugog svjetskog rata (1941-1945) iz muslimanskih redova potječe i žena narodni heroj Jugoslavije Ibe Šerifova Palikuća, rođena u Debru 1927. godine. Premda je bila domaćica, rano je pristupila u Titov narodnooslobodilački pokret. Poginula je 22. novembra 1944. godine kod sela Šutova u općini Kičevo.
Premda su muslimani u Makedoniji znali kroz vijekove da očuvaju svoj slavenski jezik, tradiciju i običaje, nikada polije oslobođenja i nestanka osmanske vlasti nisu ravnopravno prihvaćeni od svojih sunarodnika kršćana.
U Makedoniji živi i oko osamdeset hiljada ljudi koji su se doselili u ovu zemlju iz Bosne i Hercegovine, Sandžaka i Crne Gore. Doselili su se poslije Berlinskog kongresa (1878), a zatim u doba aneksije Bosne i Hercegovine od Austro-Ugarske (1908), kao i u periodu od 1950. do 1964. godine. Veliki dio, odnosno onaj neasimilirani, se nacionalno osjeća i izjašnjava kao Bošnjaci, a po religijskoj pripadnosti su islamske vjere.
Prema podacima profesora dr. Jovana Trifunovskog, poslijeratni doseljenici su naselili 26 sela u okolini Skoplja, Titovog Velesa i Prilepa. Samo u ovim selima 1981. godine bilo je 1 500 ovakvih domaćinstava. Muslimana Bošnjaka u znatnom broju živi još u i oko Tetova, Gostivara, Struge, Ohrida.
Zanimljivost je da u Makedoniji živi i nekoliko hiljada Egipćana. Njihovo se porijeklo i vrijeme dolaska u Makedoniju tačno ne zna. Sami smatraju da vode porijeklo od starih Egipćana. Najviše ih je u gradu i okolini Ohrida. Svi su pripadnici islamske vjere.
Naravno, uz veliki broj Albanaca islamske vjere, treba istaknuti da je Turaka u Republici Makedoniji, prema popisu iz 1991. godine, bilo je 97 416 ili 4,79% od ukupnog broja stanovništva. Najviše ih je bilo u Skoplju (22978) i Kumanovu (2314). Prije balkanskih i Prvog svjetskog rata u Makedoniji je živjelo više stotina hiljada Turaka. Najviše ih se iselilo u Republiku Tursku nakon Prvog i Drugog svjetskog rata.
