Etničko porijeklo Bošnjaka spada u ona historijska pitanja koja, sve do savremenog doba, nisu posebno zanimala Bošnjake. Bošnjačku nezainteresiranost za to pitanje možda je najbolje izrazio Mehmed Handžić, koji 40-tih godina 20. vijeka piše da Bošnjaci "nemaju ni malo interesa za istinom o svom predislamskom porijeklu i da je za njih glavno da ostanu osvjedočeni muslimani pa makar u prošlosti bili ne znam šta“. Na ovaj način Bošnjaci su svoju najstariju povijest velikodušno prepustili Srbima i Hrvatima, koji su je tumačili uglavnom pseudoznanstveno, po mjeri velikosrpskih i velikohrvatskih državnih interesa.
Etnik Bošnjak mlađa je varijanta srednjovjekovnog etnika Bošnjanin, a i jedan i drugi izvedeni su iz imena zemlje Bosne, koje zasigurno nije slavensko. Ime Bosna tračkoga je porijekla.
Od 15. do 19. vijeka preko 15 historičara zastupalo je navedenu hipotezu, a ona je odbačena sredinom 19. vijeka, kada su nastali politički motivirani velikodržavni projekti Srbije i Hrvatske. Hipoteza je odbačena prešutno; o tome nije napisan niti jedan naučno utemeljen rad koji bi je argumentirano osporio.
Jovan Cvijić utemeljitelj je srpske etnološke misli. U svojim radovima on Bošnjake tretira kao "muhamedanske Srbe". Informira da nastanjuju prostor "од Саве кроз Босну, Херцеговину и негдашни новопазарски санцак до Митровице на Косову", te da su "најчешће потомци босанско-херцеговачког племства и богумила и патарена, који су примили ислам по турском освојенју Босне и Херцеговине." Pritom, s aspekta narodnosne starosti, Cvijić piše da "cnaдajy уопште у најстариіје српско становништво ових области."
Cvijićeva definicija o Bošnjacima „muhamedanskim Srbima“ u historiji Bošnjaka definitivno je odbačena, stoga što Bošnjaci nisu "muhamedanski Srbi". Pritom, definicija ne pravi distinkciju između srednjovjekovnih Bošnjana, koji su masovno prelazili na islam, i etničkih Srbijanaca koji su rijetko prelazili na islam. Srednjovjekovna Bosna i Srbija dvije su različite zemlje s različitim stanovništvom – Bošnjanima i Srbima, a etnički različito stanovništvo ne može se obuhvatiti zajedničkom definicijom i isključivo jednim etnikom. Međutim, Cvijićevi navodi u kojima kaže da su Bošnjaci "најчешђе потомци босанско-херцеговачког племства и богумила и патарена, који су примили ислам по турском освојенју Босне и Херцеговине", te da spadaju u najstarije stanovništvo jugozapadnog Balkana, naučno su utemeljeni i prihvatjivi.
Hipotezu o "muhamedanskim Srbima", sa zanemarivim brojem učenih Bošnjaka koji su je iz karijerističkih razloga prihvatili, bošnjačke narodne mase, svjesne svog drugoga i drugačijeg etničkoga porijekla od Srbijanaca i Srba, nikad joj nisu pridavale veći značaj. Razumije se, definicija je u službi denacionalizacije i srbizacije Bošnjaka. Istu sudbinu doživjela je još jedna neutemeljena velikodržavna hipoteza, o Bošnjacima "najhrvatskijim Hrvatima" i "cvijeću hrvatskog naroda".
Uporedo sa hipotezama o "muhamedanskim Srbima" i "najhrvatskijim Hrvatima" nastala je i treća, također politički motivirana hipoteza – o turskom porijeklu Bošnjaka. Hipotezom se nastojalo dokazati da su bosanski muslimani stran etnički element azijatskih korijena, koji nema prava na Bosnu i Hercegovinu, te da je Bosna i Hercegovina srpska zemlja.
Muhamed Hadžijahić jedan je od poznatijih bošnjačkih historičara koji se bavio bošnjačkom etnogenezom. U studiji "Porijeklo bosanskih Muslimana" podvrgao je naučnoj kritici pseudoznanstvene konstrukcije nekih srpskih autora koji su "dokazivali" da su Bošnjaci po svom porijeklu Turci. Medu njima, posebno se isticao bivši prota Milan Karanović, koji je od Bosanske Krajine napravio "aglomeraciju turskih etničkih baza."
U nastojanju da dokaže da su Bošnjaci etnički Turci Karanović je tvrdio da muslimani u Cazinu "imaju mnogo mongoloidnog u izgledu"; kao i u Bužimu gdje su gotovo svi "mongoloidnog izgleda: velikih jabucčca (lijenih kosti), kao preplanula lica i nešto razrokih očiju. Ponajviše ih je ćosavih, čekinjave i retke brade, krupnih konjastih zuba (njihov izraz u međusobnom zadirkivanju.)" Svojim pseudoznanstvenim "metodom" Karanović je "našao u Pounju 430 rodova Anadolaca (21,5% od svih Muslimana) sa 4894 kuće (43,3% od svih muslimana). "Osmanski defteri koji se odnose na Bosansku krajinu, kao i na cjelokupnu teritoriju Bosne i Hercegovine, u potpunosti demantiraju Karanovića. Osmanist Milan Vasić, u radu koji se odnosi na etnička kretanja u Bosanskoj Krajini, pokazao je da je islamizacija zahvatila "uglavnom starosjedilačko stanovništvo u Uskoplju, oko Jajca, Glamoča, Livna i u dolini Sane", te da se u popisima "vrlo često susreću hrišćanska imena očeva i braće: muslimana, kao npr. Mahmud sin Jovanov, Ilijas sin Juraja, Husein sin Radosava i slično." Kao što se u ovoj studiji na brojnim mezarjima širom Bosne i Hercegovine otkriva, novim muslimanima Mahmudu, Ilijasu, Huseinu itd. iznad njihovih grobova podizani su nišani, u mezarjima koja su nastala neposredno uz nekropole stećaka, gdje su sahranjeni njihovi preci.
Karanović je metodom "priča se" izmišljao "narodno predanje" o azijatskom porijeklu nekih bošnjačkih muslimanskih porodica, što su očigledni falsifikati, ne samo Karanovićevi.
Istim metodom "priča se" služio se srpski etnolog Milenko Filipović. Na Glasincu, istočno od Sarajeva, "dokazivao" je azijatsko porijeklo pojedinih bošnjačkih autohtonih starinačkih rodova, čija starina je, u najmanjem, utemeljena u rani srednji vijek.
Onomastika je nauka o imenima. Bilo koje ime, ako mu se na pravilan način utvrdi nastanak i porijeklo, historijski je izvor. Historičar Vladislav Skarić, premda nije bio onomastičar, zaključio je da su stara imena bosanskohercegovačkih naselja u neposrednoj vezi sa starim ličnim imenima. Smatrao je da je "stara imena naselja mogao sačuvati samo kontinuitet većih masa stanovništva, koje ako se vremenom i mijenjalo, nije se mijenjalo naprasno, nego sporim tempom i to baš kod Muslimana."
Pritom, Skariću je ostalo nepoznato da su neka "stara imena naselja" u Bosni i Hercegovini, u kojima se na zajedničkom prostoru nalaze stećci i nišani, gotskog ili tračkoga porijekla. Ta imena, stara oko 15 stoljeća, očuvao je povijesni i etnički kontinuitet bosanskohercegovačkog stanovništva, posebno kod Bošnjaka.
(Ibrahim Pašić, Od stećka do nišana u BiH, BZK Preporod, Sarajevo, 2017)