Rođenje farmacije i medicine je, bez sumnje, bilo istovremeno, a njihova evolucija kroz stoljeća išla je ruku pod ruku do danas. S vremenom su se ove dvije prakse razdvojile, ali u mnogim slučajevima i kroz stoljeća, medicina i farmacija su bili ista stvar.
Već u staro doba vrijedi istaći napore koje su tadašnji zdravstveni radnici činili unutar civilizacija poput one koja je nastala u Indiji, koja je razvila tradicionalnu medicinu koja ima za cilj sjediniti tijelo, um i duh, tvrdeći kako su bolest i zdravlje rezultat spajanja tri glavna aspekta postojanja. Za liječenje bolesti koristili su materijale poput kolocinta ili kanabisa. Jedna od najvažnijih rasprava ove prakse bila je "Sushruta Samhita", koja je razvila korištenje hirurgije u medicinskim praksama. Tekst se ističe opisima instrumenata i naprednih hirurških tehnika kao i kompilacijom od 1120 bolesti, 700 ljekovitih biljaka, 57 pripravaka životinjskog i 64 pripravka mineralnog porijekla.
U starom Egiptu imali su svog boga Anubisa. Prema njezinoj mitologiji, božica Izida uzgajala je ljekovito bilje i prenosila svojoj djeci, bogovima Horusu i Anubisu, svoje brige i znanje, a oboje su postali dobavljači lijekova. Njegov rad nadzirao je Thot, bog mudrosti, pisanja, muzike i tvorac medicine, također nazvan "Pha-ar-maki". U "kućama života" svećenici su podučavali medicinu i farmaciju. Tu su svećenici pripremali i pohranjivali lijekove.
U Grčkoj su puno ozbiljnije shvatili područje farmacije, barem kada je riječ o mitologiji. Jer iako je grčka nauka crpila iz egipatske i babilonske, ona je također oblikovala svoja vlastita uvjerenja. Za Hipokrata, na primjer, bolesti su bile uzrokovane neravnotežom između četiri tjelesna soka (žuč, atrabilis ili crna žuč, krv i sluz) i lijekovi su morali vratiti tu ravnotežu. U to se vrijeme pojavilo osoblje specijalizirano za pripremu lijekova, među kojima su bili farmakopoli, koji su trgovali ljekovitim biljkama, riztomi koji su ih sakupljali, i asklepidi koji su bili zaduženi za opskrbu tim lijekovima liječnicima hramova. S druge strane, u teretanama je lijekove pripremao i izdavao gimnastičar, što je bila preteča prvih apoteka.
U srednjem vijeku kult božanskog kao lijeka nastavio se s kršćanstvom. Svetaca za molitvu bilo je gotovo onoliko koliko je bilo i bolesti, a samo najprivilegiraniji mogli su se dočepati relikvije jednog od njih, "nepogrešivog" lijeka za ozdravljenje. Uporišta ovakve prakse bili su samostani a mnogi vjerski redovi imali su prostorije u kojima su redovnici pripremali lijekove i uzgajali ljekovito bilje.
Jedini koji su bili spašeni od kulturne depresije uzrokovane padom Rimskog Carstva bili su muslimani koji su se naselili na jugu evropskog kontinenta od 711. godine. Razvili su i poboljšali naučne teorije antike, bez obzira na njihovo porijeklo, dosegnuvši visine znanja koje nisu viđene u Evropi do renesanse.
Neki historičari smatraju da su Arapi bili ti koji su napravili podjelu između medicine i farmacije, iako je ovo razdvajanje profesija u Evropi postalo službeno tek 1240. godine, na temelju dokumenta koji je potpisao njemački Fridrik II. To je Magna Carta struke i označavala je norme kojih se farmaceuti moraju pridržavati, regulirala je pripremu lijekova i njihove cijene.
U renesansi dolazi do eksplozije ljudskog znanja gdje se sve, osim religije, počelo dovoditi u pitanje u svijetu nauke. Jasan primjer nalazmo u Švicarcu Paracelsusu, koji je doveo u pitanje teorije Galena, jednog od drevnih medicinskih istraživača čije je razmišljanje dominiralo evropskom medicinom više od hiljadu godina u područjima kao što su anatomija, fiziologija, patologija, farmakologija i neurologija.
Paracelsus je usadio koncept "iatrochemistry", koji brani hemiju kao iscjeljujuću terapiju što je koncept koji je revolucionirao farmaciju koja se do tada gotovo u potpunosti temeljila na prirodnim lijekovima.
Kako su godine prolazile, medicina se razvijala, a paralelno s tim i apoteka. Lijekove se počelo obogaćivati novim sirovinama donesenim iz Amerike. Ipak, tek 1899. počela je prodaja prvog lijeka u obliku tableta, Aspirina, osnove za moderne farmaceutske proizvode.
Iako se radi o 1221. godini kada postoje dokazi o prvoj apoteci u Evropi koju su otvorili dominikanci u samostanu Santa Maria Novella u Firenci, one će javnosti postati dostupne tek četiri stoljeća kasnije. Godine 1658., nakon uspjeha parfema Aqua di Santa Maria Novella, koji je naručila Caterina de Medici 1533. da ga nosi na svom vjenčanju, otvoren je objekat u obliku sličnom današnjem.
