S obzirom na to da su mnoge prodavnice, samoposluge, granapi u gradu bili zatvoreni, pijace su bile gotovo jedina mjesta na kojima su se građani mogli snabdjeti osnovnim životnim namirnicama, a ujedno i mjesta na kojima su se masovno okupljali razmjenjujući svoja iskustva preživljavanja, ratne recepte te kupujući ne tako jeftine proizvode.
Pijaca Markale, mjesto sa tradicijom trgovanja dugom sto godina i prije 5. februara 1994. je bila meta granatiranja, jer se lahko zapaža iz daljine korištenjem orijentira kao što su crkveni tornjevi. Posmatrači UN-a su nakon masakra posvjedočili da se sjećaju kako je od oktobra 1993. do februara 1994. godine okolina ove pijace bila granatirana u nekoliko navrata, a izbrojali su oko 10-12 minobacačkih granata, pretežno kalibra 120 mm, koje su ispaljene iz pravca sjeverno-sjeveroistočno od Sedrenika.
Iako u izvještaju i kasnijim izjavama posmatrača nije navedeno tačno vrijeme ispaljenja ovih granata, pretpostavljamo da se radilo ili o kasnim večernjim ili o ranim jutarnjim satima, kada je pijaca bila prazna, te se kao krajnji cilj njihova ispaljenja može smatrati ''obilježavanje mete''.
Prema mišljenju vještaka Tužilaštva ICTY-ja, u predmetu Galić, Richarda Higgsa, gađanje pijace jednom inicijalno nanišanjenom granatom je lakše bilo postići ''ukoliko je meta prethodno obilježena, što bi u velikoj mjeri povećavalo vjerovatnoću da granata pronađe svoju metu iz prvog pokušaja.'' Za razliku od ovih prethodnih, ''probnih'' granata, koje su ispaljene u trenucima kada je pijaca bila prazna, u subotu 5. februara 1994, nekoliko minuta poslije podneva, na asfaltnoj podlozi unutar zelene pijace Markale eksplodirala je granata u trenutku kada je na pijaci bilo prisutno nekoliko stotina građana, koji su kupovali odnosno prodavali robu.
S obzirom na činjenicu da se radilo o prostoru koji je okružen zgradama i da je bilo prisutno ''mnoštvo ljudi, efekat eksplozije granate je bio maksimalan.'' Od eksplozivnog i rasprskavajućeg djelovanja granate, prema evidencijama iz Kliničkog centra, Državne bolnice i bolnice Francuskog bataljona, do 19:00 sati evidentirano je 60 ubijenih osoba, od kojih je 55 identifikovano, a 139 civila je ranjeno. Do kraja dana ukupan broj civila koji su ubijeni na licu mjesta ili ''podlegli'' nekoliko sati nakon ranjavanja bio je 67, ali je, od posljedica ranjavanja, na liječenju u Njemačkoj smrt nastupila za još jednog civila. Kod svih žrtava masakra smrt je nastupila uslijed udara gelera granate po raznim dijelovima tijela.
Uslijed nedostatka kreveta u bolnicama, mnogi pacijenti su ležali na nosilima, stolovima i podu, a tokom cijelog popodneva i večeri samo na Kliničkom centru Koševo radilo je 12 operacionih sala i isto toliko hirurških timova. Pomoć u zbrinjavanju ranjenih pružili su članovi MKCK-a, pripadnici UNPROFOR-a kao i brojne međunarodne humanitarne organizacije. Tokom 6. i 7. februara evakuisano je više od 100 ranjenika, sa kojima su otputovali i članovi njihovih porodica. Osim u Frankfurt i Ankonu, neki ranjenici su bili smješteni u vojnu bazu UN-a u Zagrebu, gdje su obavili ljekarski pregled, nakon čega su, u zavisnosti od vrste povrede, bili otpremljeni u odgovarajuće evropske klinike.
Mnoge zemlje su pristale prihvatiti ranjenike bez pasoša i nekih drugih dokumenata. U uviđaju obavljenom od pripadnika MUP-a, na čelu sa istražnim sudijom Višeg suda u Sarajevu Asimom Kanlićem, neposredno nakon masakra, ustanovljeno je da je riječ o minobacačkom projektilu kalibra 120 mm koji je ispaljen iz pravca sjever-sjeveroistok, gdje se nalaze ''agresorski položaji Mrkovići''.
Istovremeno su i pripadnici UNPROFOR-a obavili tri analize kratera granate, koje su potvrdile da je granata ispaljena iz pravca sjeveroistoka, ali su u saopćenju za javnost konstatovali da ne mogu odrediti tačno mjesto odakle je granata ispaljena, ''s obzirom da i bosanske i srpske snage imaju pozicije jedna blizu druge, u sjeveroistočnom dijelu grada''. Narednog dana, 6. februara, naredbom Višeg suda u Sarajevu, formirana je Komisija vještaka koja je imala za cilj iscrpno analizirati ''okolnosti i uslove pod kojima je došlo do masakra velikog broja građana Sarajeva''.
Dan nakon formiranja i obavljenog uviđaja, 7. februara 1994. godine, Komisija je izradila iscrpan elaborat, gdje je objavila rezultate istrage, u kojoj je, pored ostalog, ustanovila da se isključuje mogućnost eksplozije izazvane statičnom eksplozivnom napravom, da je djelovanje projektila na cilju bilo trenutno na asfaltnoj podlozi, čime se osporava teorija o mogućnosti aktiviranja projektila prije dodira sa asfaltom.
Članovi Komisije su još utvrdili da je projektil mogao biti ispaljen sa šest rejona, da se mogući dometi minobacačke granate,u zavisnosti od dopunskih punjenja, kreću u rasponu od 1640 do 6546 metara, prema kojem, kao moguće izvore vatre, navode široko područje od Sedrenika, koje je od pijace udaljeno 1640-2000 metara do Mrkovića, udaljeno oko 4000 metara od Markala.
Međutim, u kasnijim detaljnim analizama vještak balističke struke, prof. dr. Berko Zečević, isključio je mogućnost gađanja sa 1, 2 ili 3 dopunska punjenja, uz napomenu da ''minobacačka granata od 120 mm mora biti ispaljena s najmanje 4 dopunska punjenja da bi pri udaru imala potrebnu brzinu od 200 i više metara u sekundi'', te konstatovao da je mjesto ispaljenja granate udaljeno između 4900 i 6000 metara od pijace Markale, tj. duboko na teritoriji pod kontrolom ''Sarajevsko-romanijskog korpusa'' (SRK) Vojske RS.
Na dan masakra načelnik Generalštaba 'VRS Manojlo Milovanović upućuje dopis generalu Roseu u kojem zahtjeva da se ''odmah'' formira ''mešovita ekspertna komisija od predstavnika UNPROFOR-a, VRS i Armije BiH, koja će najkasnije u 8.00 časova dana 6. 2. 1994. godine, pod zaštitom UNPROFOR-a, otpočeti sa uviđajem balističkih i svih drugih okolnosti pod kojim je došlo do nesreće i pronaći stranu koja je izvršila zločin.''
U istom dopisu, ucjenjivačkim tonom, izrečena je prijetnja da će, ukoliko se ne prihvati navedeni zahtjev, GŠ''VRS'' prekinuti svaku saradnju sa UNPROFOR-om i humanitarnim organizacijama, te će istovremeno blokirati sve pokrete humanitarnih organizacija i svih stranih državljana preko teritorije koja je bila pod kontrolom ''VRS'' koji su najavljeni i planirani od 7. februara 1994. godine pa na dalje.
S obzirom da do 18 sati nije dobio povratnu informaciju, kako je tražio u zahtjevu, Milovanović je telefonom kontaktirao komandanta UNPROFOR-a, nakon čega je u saopćenju za štampu kao razlog za neprihvatanje njegovog zahtjeva dao dvije kontradiktorne informacije, od kojih jedna krivi ''muslimansku stranu'', a druga Komandu UNPROFOR-a za neformiranje navedene komisije.
Predstavnici samoproglašene Republike Srpske su i dalje ostali istrajni u ovim zahtjevima, te su se, posredstvom Stoltenberga, uspjeli izboriti za formiranje UN-ove komisije u kojoj će i srpski predstavnik moći dostaviti eventualne dokaze o zločinu počinjenom na Markalama
Printani mediji u Republici Srpskoj i tadašnjoj SR Jugoslaviji su bili preplavljeni naslovima koji su imali za cilj svojoj čitalačkoj publici objasniti kako su za zločin krivi ili muslimani ili Hrvati. Na naslovnoj stranici banjalučkog Glasa Srpske, prva i udarna vijest bila je izjava Radovana Karadžića, sa velikim naslovom ''Muslimanska podmetanja'', u kojoj tvrdi da su muslimani sami sebe ubijali.''Radovan Karadžić je, u izjavama za medije, navodio nekoliko argumenata, koji su za cilj imali potkrijepiti njegovu tezu da se u ''Sarajevu desila velika i uz to nevešta prevara'', te da je masakr ''hladnokrvno ubistvo od strane muslimanskog rukovodstva.''
Za razliku od generala Momčila Perišića, načelnika Generalštaba Vojske Jugoslavije, koji ne dovodi u pitanje broj žrtava, smatrajući da je u tako malom prostoru, zatvorenom sa svih strana zgradama kao što je pijaca Markale, gdje je koncentracija ljudi izuzetno velika, ''efekat još veći'', Karadžić smatra da se ''desila eksplozija'' koja je ''ubila i ranila nekoliko ljudi''. Prema procjenama onoga što je vidio sa TV-snimka, Karadžić vrlo samouvjereno tvrdi da ''je na pijaci bilo vrlo malo robe, i to na svega nekoliko stolova'', te da se ''manipuliše sa leševima starim nekoliko sati'', među kojima je bilo ''čak i tekstilnih i plastičnih lutaka'', da je ''mina bačena sa obližnje zgrade'', te da su ''svedoci, pa i muslimanski, na muslimanskim medijima izjavili da je to neka čudna mina, jer se pre eksplozije nije čulo karakteristično zviždanje.''
Za razliku od banjalučkih i beogradskih medija, stranice sarajevskog Oslobođenjasu bile ispunjene dirljivim prizorima nakon masakra, kao što su, primjera radi, dvije kćerke tražile majku Fatimu, porodice se raspituju za svoje najmilije, traži se žena koja je prodavala cvijeće, čovjek koji je prodavao mrkvu, žena u crvenom kaputu koja je prodavala kahvu...