Prema podacima kojima raspolaže Muftijstvo Mostarsko na osnovu najstarijeg sačuvanog sidžila mostarskog kadije, grad je 1631. godine bio podijeljen na 24 mahale od kojih su se čak 22 formirale oko džamija i po njihovim osnivačima dobile svoja imena.

Mostar je do kraja 16. stoljeća imao formu urbanog naselja u kojem su dominirali minareti brojnih džamija. Najveći broj tih objekata podignut je u 16. stoljeću, kada je Mostar  imao najintezivniji privredni razvoj.

Ovaj broj će se povećavati i u kasnijim stoljećima, ali ni približno onom dinamikom kao tokom 16. stoljeća. Broj džamija u određenoj mahali zavisio je od njenog stepena razvijenosti. Sve mostarske džamije građene su od kamena, i to pretežno od miljevine zvane tenelija, koja je veoma podesna za izradu i ornamentisanje.

Tri mostarske džamije su podkupolne (Karađoz-begova, Koski Mehmed-pašina i Nesuh-age Vučjakovića), dok su ostale pokrivene četverostrešnim krovom pod pločom.

Rijeke Neretva i Radobolja prirodno su podijelile Mostar na tri dijela, dok se on već odavno dijeli na deset četvrti od kojih su neke u prvim godinama formiranja Mostara predstavljale zasebne i od njega potpuno odvojene teritorijalne jedinice.

Od tih deset četvrti, šest ih se nalazi na lijevoj obali Neretve: Carina, Brankovac, Sinan-pašina mahala, Grad, Brankovac, Bjelušine i Luka. Na desnoj obali su Podhum, Zahum, Cernica i Ričina. 

Prilikom formiranja mahale primjenjivani su određeni arhitektonski principi: usklađenost arhitkture sa prirodnim ambijentom i prilagođavanje arhitekture prema potrebi i mjeri stanovnika.

Svaka stambena cjelina u mahali arhitektonski je oblikovana na način da je imala slobodan pogled na okolicu, a istovremeno je bila zelenom ili zidnom ogradom odvojena od komšija, da bi mogla nesmetano uživati u zelenilu, suncu i svojoj porodičnoj intimi.

Sinan-pašina džamija je jedna od najstarijih džamija koje su izgrađene za vrijeme osmanske vlasti u Bosni i Hercegovini. Na temelju najstarijeg sačuvanog sidžila mostarskog šerijatskog suda saznajemo da je Mostar 1633. godine bio podijeljen na 24 mahale, a te mahale svoje nazive dobijale su po osnivačima džamija u njima.

Po dolasku Turaka prva mahala koja je formirana na području Mostara bila je Sinan-pašina, koja je obuhvatala predio oko Sinan-pašine džamije. U turskim službenim dokumentima pomenutu mahalu kao i džamiju u njoj nazivali su Atik (Stara), a takav naziv davao se najstarijim džamijama i mahalama jednog mjesta. Dolaskom turske uprave nastao je na tom dijelu grada i trg koji se nazivao “Mejdan”, a on se prvi put u izvorima spominje 1478. godine.

Iz Putopisa Evlije Čelebije saznajemo da je Stara džamija sagrađena 878. hidžretske godine ili 1473. godine. Uz taj podatak, on ističe i tarih iznad ove džamije: “Ko za Božiju ljubav podigne džamiju, neka ga vječno prati milost Božija.”

Sinan-pašina džamija bila je sagrađena na Mejdanu, 50 metara od lijeve obale Neretve i oko 300 metara sjeverno od Starog mosta. Nju je podigao hercegovački sandžak-beg Sinan, koji je upravljao Hercegovinom od 1474. do 1475. godine. U prvobitnoj gradnji bila je manjih dimenzija, nije imala munaru, niti ikakvih dekoracija. Poslije je ovu džamiju prepravio i podigao uz nju munaru drugi hercegovački sandžak-beg Sinan-paša Borovinić (1504.-1506.).

Sinan-pašina džamija je predstavljala vrijedan spomenik islamske sakralne arhitekture u Mostaru. Bila je građena od tesanog kamena i prekrivena četverostrešnim krovom pod pločom. Imala je uza se tvrdu i visoku kamenu munaru u koju se ulazilo sa sofa. Slovila je kao najprostranija mostarska džamija. Predanje kaže da je građa za ovu džamiju sječena u Ričini.

Ova džamija doživjela je više adaptacija a posljednju temeljnu imala je 1906. godine, kada je sa nje skinut krov i postavljen novi. Sinan-pašina džamija predstavljala je vrijedan spomenik islamske arhitekture u Mostaru i bila je najprostranija mostarska džamija.

Srušena je u noći 29. decembra 1949. godine.

Prema nekim predanjima oficiri JNA zaduženi za njeno rušenje su prilikom miniranja upotrebljavali male količine dinamita tako da se eksplozije skoro nisu čule po Mostaru.

Na inicijativu Medžlisa Islamske zajednice Mostar stručni tim predvođen prof. dr. Enverom Imamovićem detaljnim arheološkim istraživanjem je krajem januara 2009. godine pronašao temelje Sinan-pašine džamije, što je stvorilo pretpostavku za mogućnost njene obnove.

Tokom iskopavanja pronađeni su prvobitni arhitektonski elementi. Također je ustanovljeno da je džamija bila i spaljena jer je tokom radova pronađen sloj od 10-tak centimetara gareži.

Iskopavanje ostataka Sinan-pašine džamije u Mostaru izvršeno je tokom januara 2009. godine u organizaciji Medžlisa IZ Mostar. Džamija je postojala sve do 1949. godine kada je do temelja srušena, teren je poravnat i na taj način joj je uklonjen svaki trag. Površina gdje se nalazila pretvorena je u smetljište i parkiralište.

Tako je bilo sve do 2009. godine kada je Medžlis IZ Mostar odlučio da se otkopaju njeni temelji u namjeri da se džamija obnovi.

Zahvaljujući sačuvanim fotografijama na kojima se vidi u punom izgledu, kao i njenom opisu koji je donio Hivzija Hasandedić u knjizi Spomenici kulture turskog doba u Mostaru, kao i sjećanju nekih Mostaraca koji je pamte iz vremena prije rušenja, nije bilo teško odrediti gdje se nalazila i tu otpočeti s kopanjem. U deset dana rada u cjelosti je otkopana.

Obnovljena je u maju ove godine.