Sedamnaesto stoljeće se s pravom može nazvati stoljećem rata između Osmanskog carstva i Mletačke republike. Zapravo, između Osmanskog carstva i manje-više cijele kršćanske Evrope. U tom stoljeću vođena su dva mletačko-osmanska rata, i ne ulazeću u dublje razloge i povode tih ratova – Kandijski rat i Peloponeski rat – obilježila su ih dva ključna događaja – najduža opsada u povijesti ratovanja i razaranje Partenona u Atini.
Naime, dana 27. septembra 1669. godine završila je najduža opsada u povijesti ratovanja kad su Mlečani konačno predali Osmanlijama svoje posljednje uporište na otoku Kreti. Ta posljednja utvrda bila je znamenita Kandija, danas poznata pod nazivom Heraklion. To je i dan-danas najveći grad na Kreti, a služi i kao upravno središte tog grčkog otoka. Mlečani su po tom gradu i cijeli otok Kretu nazivali Kandija. Opsada grada Kandije trajala je više od 21 godine, a započela je 1. maja 1648. Rat između Mletačke republike i Osmanskog carstva koji je tada trajao, naziva se Kandijski rat. Slavni pjesnik lord Byron usporedio je opsadu Kandije s grčkom opsadom Troje u mitskim vremenima.
Otok Kreta svojedobno je bio najbogatiji i najvažniji mletački posjed u Sredozemlju. Turci su ga napali 1644. godine i do 1648. uspjeli su osvojiti veći dio otoka i doći do glavnog grada, spomenute Kandije. Na kraju je na otok došao sam turski veliki vezir Fazil Ahmed-paša Ćuprilić. Veliki vezir imao je u Osmanskom Carstvu ulogu sličnu premijeru. Fazil je bio sin znamenitog velikog vezira Mehmed-paše Ćuprilića. Osmanlije su te završne napadačke operacije koštale života čak 70.000 Osmanlija te još 38.000 lokalnih Krećana i robova koji su morali kopati rovove i tunele ispod gradskih zidina.
Kandijski rat bjesnio je i u Dalmaciji. Osmanlije su čak zaprijetili Zadru i Splitu, te opsjedali Šibenik. Međutim, na kraju su na dalmatinskom ratištu Mlečani imali više sreće nego na Kreti. Uspjeli su odbiti Osmanlije, osvojiti Klis, Knin i većinu dalmatinskog zaleđa. Na kraju je mirovnim ugovorom 1669. Venecija u zaleđu dobila toliko teritorija da je njen dalmatinski posjed utrostručen. Time je na neki način nadoknadila gubitak Krete.
Značajnu ulogu u tom ratu imali su Bošnjaci, kao veliki veziri iz porodice Ćuprilić, kao vojnici, a i kao žrtve ratnih okolnosti. Naime, poznati istraživač migracionih kretanja entograf i historičar Stjepan Pavičić utvrdio je da su muslimani za vrijeme osmanske vladavine većim dijeliom današnje Hrvatske bili u većini i u Slavoniji, Lici, a bio ih je značajan broj i u Dalmaciji, gdje su se, uglavnom, doselili bosanski muslimani, ali je bilo i starosjedilaca koji su primili islam.
U Dalmaciji je, prema Pavičiću, također, bilo više jakih muslimanskih naselja. Tako je u Vrgorcu, Imotskom i u njihovoj okolini bilo nekoliko hiljada muslimanskih domova. Muslimanska naselja su bila i Zadvaije, Čačvina, Radobolja, Kamen, Solin, Klis, Sinj, Vrlika i Drniš. Već u XVI vijeku bilo je više muslimanskih naselja u Zakrču i Pozrmanju prema mletačkoj granici, zatim u Kninu i njegovoj okolini bilo je do 5.000 muslimanskih kuća. Prema Pavičiću većinu muslimanskog stanovništva činili su bosanski muslimani, ali je bilo i dosta starosjedilaca koji su tada primili islam. I ova naselja su imala tipičan muslimansko-orijentalni izgled.
Gubitkom teritorija u Slavoniji, Lici i Dalmaciji nestaje muslimanskog stanovništva. Najvećim dijelom, još dok su se vodile borbe, povuklo se u Bosnu i tu trajno naselilo. Dio muslimana koji nije u tome uspio bio je prisiljen da, po tadašnjoj vladajućoj teritoriji i praksi katoličkih sila “čija teritorija onoga i religija”, prihvati katoličku vjeru. Ubrzo, već i u toku rata, svi su gradovi sa orijentalno-islamskim obilježjima - džamijama, mektebima (dječijim školama), hamamima i drugim građevinama porušeni, a mezarja (greblja) zaorana. Gradovi i veća naselja su ubrzano dobijali austrougarski, a u Mlecima starodalmatinski i katolički karakter i izgled.
U tom 17. stoljeću, tokom mletačko-osmanskih ratova, desila se jedna od najvećih devastacija kulturnog blaga u povijesti. Naime, 26. septembra 1687. godine mletačka topovska paljba pogodila je najznamenitiji antički grčki hram – Partenon u Atini. Budući da su Osmanlije koristili Partenon kao skladište baruta, topovski je hitac pokrenuo eksploziju koja je razrušila veći dio hrama. Uništeno je neprocjenjivo bogatstvo kipova i frizova, koje je bilo staro više od 2.000 godina.
Bilo je to u doba tzv. Peloponeskog rata (poznat i kao Morejski rat jer su Mlečani Peloponez zvali Morea) koji je trajao 1684.–1699. godine. Osmanlije su vladali najvećim grčkim poluotokom Peloponezom, a Mlečani su im ga pokušali oduzeti kako bi nadoknadili gubitak Krete koju su im nekoliko godina ranije oteli Osmanlije. Mlečani su pokrenuli rat želeći iskoristiti činjenicu da je Osmansko carstvo bilo oslabljeno i da je upravo u to vrijeme napadano i od strane Habsburške monarhije. Naime, Habsburgovci su 1683. pokrenuli Veliki rat protiv Osmanlija i uspjeli su do 1687. osloboditi praktički čitavu Ugarsku i doći otprilike do današnje Rumunije.
Mletačku ofanzivu u Grčkoj vodio je vojskovođa Francesco Morosini, pripadnik jedne od najuglednijih porodica u Veneciji. On je uspio osvojiti Peloponez, pa je dobio od Mletačke Republike pobjednički naziv Peloponnesiacus i podignut mu je kip u dvorani Velikog vijeća, što do tada još nijedan Mlečanin nije bio doživio.
Francesco Morosini je nakon osvajanja Peloponeza nastavio i dalje prodirati u Grčku pa je opsjeo i sam grad Atinu. Osmanlije su se utvrdili na Akropoli. Srušili su hram božice Nike, da bi postavili topove. Barut su uskladištili u Partenon smatrajući da se Morosini neće usuditi gađati to remek-djelo umjetnosti, koje je uspjelo preživjeti 2.000 godina u gotovo neoštećenom stanju. Ipak, mletački topovski projektil pogodio je Partenon. Barut je eksplodirao uništivši veći dio građevine. Urušio se krov, a veći dio prekrasnih mramornih reljefa raspršen je u komadiće. Pri rušenju hrama poginulo je 200 do 300 ljudi. Morosini je zauzeo Atinu. Kao da razaranje Partenona nije bilo dovoljno, Mlečani su počeli pljačkati antičke kipove. Pri pokušaju da ih skinu s originalnih mjesta znatan broj kipova je razmrskan u komadiće.
Cijela Morosinijeva ekspedicija pokazala se uzaludnom. Osmanlije su već sljedeće godine uspjeli povratiti Atinu, a do 1715. godine i cijeli Peleponez. Postoje navodi da su Mlečani prije povlačenja razmišljali čak i o tome da sravne Partenon sa zemljom, kako se Osmanlije sljedeći put ne bi u njemu mogli utvrditi. Da su to učinili, ne bi nam danas ostalo ni ovo što imamo od Partenona.
Usprkos tim kulturnim razaranjima, Mlečani su nagradili Morosinija, imenovavši ga sljedeće godine duždem. Ostao je na toj poziciji sve do smrti.
