Tokom četiri i po decenije razvitka u razdoblju nakon Drugoga svjetskog rata Bošnjaci su, zajedno s drugim narodima BiH i Jugoslavije, doživjeli ekonomski, socijalni, politički i kulturni preobražaj. Potpuno je izmijenjena njihova ekonomsko-socijalna i obrazovna struktura. Između ostalog, oblikovana je brojna inteligencija. Ukupan razvoj, koji je u biti značio i znači nacionalnu afirmaciju Bošnjaka kao naroda, nije u prva dva i po poslijeratna desetljeća bio popraćen odgovarajućim političko-teorijskim određenjem i priznavanjem Bošnjaka kao nacije.

Izvjesne nejasnoće u tom pogledu javljale su se još u toku NOR-a, piše prof. dr. Mustafa Imamović u svojim istraživanjima. U dnevnim praktično-političkim dokumentima NOP-a Bošnjaci su uglavnom tretirani kao posebna narodna cjelina, ali u općim, načelnim aktima, kao što su odluke Drugog zasjedanja AVNOJ-a, nisu posebno spominjani, kao što je to bilo u primjeru ostalih pet naroda Jugoslavije, osim u sintagmi „narod Bosne i Hercegovine“. Izuzetak su odluke i akti ZAVNOBiH-a i ZAVNO-a Sandžaka.

Na Drugom zasjedanju ZAVNOBiH-a u ljeto 1944. iznijeta je ideja da se u okviru Narodnooslobodilačkog fronta utemelje određene organizacije i rukovodstva za pojedine nacionalnosti, prije svega za muslimane. U referatu Đure Pucara istaknuto je da je kod Bošnjaka kao narodne cjeline razvijen i učvršćen osjećaj posebnosti. Među njima djeluju političari koji nisu za NOP jer ne vide garancije da će Bošnjacima biti osigurana ravnopravnost s ostalim narodima. Zato se kao nužna nameće potreba, da se u okviru NOP-a BiH konstituira „muslimanski politički odbor“, koji bi po svom sastavu imao autoritet u narodu i tako utjecao na veći priliv Bošnjaka u partizanske redove.

Zamisao o osnivanju posebnoga političkog odbora odbacili su sami Bošnjaci pripadnici KPJ i članovi rukovodstva NOF-a BiH. Tako je Avdo Humo iznio da je NOF po svojoj unutrašnjoj strukturi jedinstvena politička organizacija, a ne koalicija stranaka, odbacivši tako mogućnost osnivanja posebnoga bošnjačkog odbora NOF-a. Bošnjaci su tako dovedeni u situaciju da svoje društveno, političko i kulturno biće i razvoj iskazuju i ostvaruju na principu jedinstvenoga institucionaliziranja, zajedno sa Srbima i Hrvatima. Time se htjela izbjeći parcijalizacija u socijalnim odnosima i „podvojenosti u kulturno-prosvjetnom radu“. Za muslimane je to značio prekid s predratnom institucionalnom polarizacijom, koja je provođena preko prosrpskoga „Gajreta“ i prohrvatske „Narodne uzdanice“.

Neposredno po završetku rata došlo je ipak do izvjesne, mada kratkotrajne obnove političkih i kulturnih ustanova na nacionalnoj osnovi. Već je 22. 5. 1945. osnovan u Sarajevu Glavni odbor muslimana u BiH, kao neka neodređena vrsta političko-predstavničkoga tijela. Ujesen 1945, pored srpske „Prosvjete“, hrvatskoga „Napretka“ i jevrejske „Slobode“, osnovano je jedinstveno bošnjačko kulturno-prosvjetno društvo „Preporod“ i pokrenut list Novo doba kao njegovo glasilo.

U svoje osnovne zadatke i ciljeve „Preporod“ ubraja prekid s praksom „nenarodnoga dijeljenja“ Bošnjaka i uvođenje novoga duha „novog vremena“, njegovanje tekovina NOB-a, „bratstva i jedinstva“, međusobnu koordinaciju i distanciranje od „muslimanske ortodoksije“, „konzervativnosti“ i „reakcije“. Već tokom 1947. raspušten je Glavni odbor muslimana, a 1949. ugašen rad „Preporoda“, što ukazuje da je njihovo osnivanje uvjetovano kratkotrajnim političkim razlozima kratkoročnog političkog oportuniteta. Time je u biti ukinuto nacionalno priznanje Bošnjaka postignuto u NOR-u i svaki pokušaj uspostavljanja njihove kulturne autonomije.

Nepostojanje i nemogućnost institucionalne identifikacije Bošnjaka praćeni su u narednim desetljećima nedostatkom nužnoga minimuma spoznaje, kako Bošnjaka samih o sebi, tako osobito pripadnika drugih naroda o njima. To je znatno usporilo proces nacionalne, a osobito kulturne afirmacije Bošnjaka. Umjesto ravnopravnosti, Bošnjacima je samo data mogućnost da se „mirnim evolutivnim putem nacionalno opredijele“. Protiv politike nacionalnoga opredjeljivanja, koja ponižava Bošnjake, otvoreno je u Ustavotvornoj skupštini FNRJ istupio Husaga Čišić, koji je 18. 1. 1946. podnio o tome pismenu predstavku njenom predsjedniku, uz zahtjev da budući grb FNRJ mjesto pet ima šest buktinja.

Time bi se, pisao je Čišić, udovoljilo pravdi u pogledu ravnopravnoga statusa. Predstavka nije prihvaćena, a službena se politika narednih decenija držala uvjerenja da su Bošnjaci samo jedna vjerska grupa, čiji će se pripadnici, zavisno od svoga kulturno-političkog napretka, nacionalno opredjeljivati kao Srbi, Hrvati, Crnogorci itd. Škola je bila glavno uporište politike nacionalnoga opredjeljivanja. Ta politika je vodila odsustvu svake javne identifikacije Bošnjaka i negiranju njihove povijesti, tradicije, književnosti i svih onih duhovnih vrijednosti čijim se usvajanjem u procesu odgoja i obrazovanja razvija vlastito nacionalno biće i formira svijest o njemu, odnosno svijest o samom sebi.

U prvim poslijeratnim godinama obnovljeni su, na načelima odvojenosti crkve i države i slobode savjesti i vjeroispovijesti, proklamiranim prvim Ustavom FNRJ i ustavima narodnih republika, organizacija i rad Islamske vjerske zajednice (IVZ). Kraj rata i oslobođenje IVZ dočekala je u teškim organizacionim i materijalnim prilikama. Rukovodne strukture IVZ, preostale još iz predratnog doba, ostale su bez dodira s nižim vjerskim službenicima i svojim područnim organima, te se Zajednica u cijelosti teško usmjeravala i snalazila u novim uvjetima.

Jedan je broj vjerskih službenika, bilo dobrovoljno, bilo po sili zakona (npr. vjeroučitelji po osnovnim i srednjim školama), bilo iz straha, usljed drske ateističke propagande, napustio vjersku službu, smatrajući je u poratnim okolnostima bez budućnosti. Pored ostalog, to se događalo usljed oduzimanja vakufske imovine koja je predstavljala materijalnu osnovu IVZ. Početkom pedesetih godina, na osnovi zakona od 28. 9. 1950, provedena je u cijeloj zemlji, kao nastavak djelatnosti muslimanske liberalne inteligencije između dva svjetska rata, široka kampanja za sprečavanje muslimanke u nošenju hidžaba, poznata kao „skidanje zara i feredže“, što je pravdano ateističkim i progresističkim razlozima.

Najveći broj nižih vjerskih, uglavnom seoskih i drugih džematskih imama, ostao je vjeran svom pozivu i svojim dužnostima. Oni su i dalje obavljali vjerske dužnosti po džamijama i mektebima, čiji je rad odobren 1946. odlukom Ministarstva prosvjete BiH. Mektebi su radili sve do 1952.

Vakufska imovina, koja se sastojala uglavnom od nekretnina, brojnih stambenih i poslovnih zgrada i objekata, znatno je oštećena u ratnim razaranjima. Uprkos materijalnim i kadrovskim teškoćama, IVZ je tokom 1947. obnovila svoju organizacionu strukturu i vjersku hijerarhiju. Izvršeni su izbori za lokalne organe IVZ u svim krajevima zemlje gdje žive pripadnici islama i uspostavljeni republički vakufski sabori, odnosno vrhovna islamska starješinstva za BiH, Srbiju, Crnu Goru i Makedoniju, te Vrhovni vakufski sabor za FNRJ.

Organizacija islamske zajednice dovršena je donošenjem Ustava IVZ, izborom Vrhovnoga islamskog starješinstva za FNRJ, te izborom reisul-uleme, kao vrhovnoga vjerskog poglavara, na zasjedanju Vakufskoga sabora 26-27. 8. 1947. u Sarajevu. Od tada IVZ razvija i postepeno razgranava svoju vjersko-prosvjetnu djelatnost, a u posljednjoj deceniji komunizma izdavačku i općenito kulturnu djelatnost.

Početkom novembra 1969. na zasjedanju Vrhovnoga sabora IVZ održanom u Prištini donesen je njen novi ustav, po kojem se IVZ službeno nazivala samo Islamska zajednica pošto se smatralo da riječ islam implicite sadrži pojam vjere. Najzad, u aprilu 1990. tokom ramazana (mjeseca posta) usvojen je najnoviji, tzv. Ramazanski ustav IZ, po kojem je, umjesto dotadašnjega Vrhovnog starješinstva IZ uspostavljen Rijaset, a umjesto ulema-medžlisa Mešihat kao vrhovna duhovna vlast.