Smrt sultana Melikšaha 486/1092. označila je početak raspada Seldžučke države, jer je tada nastupio sukob između njegovih sinova. Država se tokom narednih pet godina raspala na pet suparničkih kraljevina: Perzijski sultanat, na čijem čelu se nalazio Barkijaruk, koji je zavladao Bagdadom; Kraljevina Horasana i Transoksanije, kojom je vladao Sendžer; Kraljevina Halep, na čijem čelu se nalazio Ridvan Ibn Teteš; Kraljevina Damask, kojom je upravljao Dekkak ibn Teteš i Sultanat anadolskih Seldžuka kojim je vladao Kilič, sin Arslanov. Godine 1104. i Perzijski sultanat se podijelio na dva dijela.

Istovremeno, na području Šama došlo je do drugačije podjele i pojavile su se političke jedinice - atabegluci, kao što je bio atabegluk Damask i atabegluk Mosul. Neki su bili jako mali, nisu prelazili zidove jednog grada ili jedne tvrđave.

Odnosi između ovih državica bili su zasnovani na sumnji, nepovjerenju i pretenziji. Stalno su vodili ratove i sukobe tako da gotovo nijedna godina nije bila bez njih. Ovi sukobi reflektirali su se na obični svijet koji je bio podanik ovih država, pa su bili izloženi uznemiravanju, pljački, ekonomskoj i društvenoj dezintegraciji. Često su se neprijatelji izvana koristili ovim sukobima među vođama muslimanskih državica i napadali gradove i ubijali njihove stanovnike. Ovo su uradili križari
509. god. po H. Seid Abdulfettah Ašur, El-Hareke es-salibijje, X, 110.

Unutar svake ove državice vladale su političke podjele. Zapovjednici vojske i njeni komandanti predvodili su državne udare i revolucije i prodavali svoju lojalnost sultanima za plate i poklone. Takva je bila i vojska, jer je služenje u vojsci kod njih bilo sredstvo zarade i iskorištavanje nemirnih prilika za pljačku, plijen i darove. Sve su ovo samo neke pojave o kojima opširno govore historijska djela iz tog perioda, npr. djela Ibn el-Dževzija, Ibn el-Esira, Ibn Kesira i drugih.

Također, beduinsko pleme Benu Mezid, koje se nalazilo na desnoj obali Eufrata, iskoristilo je ovu podijeljenost i rasparčanost, pa je pod vođstvom svog šejha Sadeke ibn Mensura ibn Dubejsa ibn Mezida el Esedija 1101. uzelo grad El-Hille (centralni Irak) za svoje sjedište i uspostavilo svoj emirat. Bili su poznati po prepadima i pljačkama tokom perioda nemira i smutnji. Njihovi emiri se kasnije nisu sustezali od sklapanja saveza s križarima.

Zla koja su dolazila od ovog emirata povećala su se za vrijeme emira Dubejsa, koji je umro 529. god. po H. Pokretao je brojne ratove protiv abasijskog halife u Bagdadu, kao i u pokrajinama pored Iraka i Šama. Ibn Tagribirdi za njega kaže: „Bio je najgori iz svoje loze, radio je velike grijehe i činio ogavne radnje. Halifa i muslimani su od njega doživjeli mnogo zla. Ukinuo je hadž i dozvolio polne odnose u ramazanu. Živio je 67 godina, sve dok ga nije ubio seldžučki sultan Mesud, u zu-l-hidžetu 529. god. po H.“

S druge strane, stanovnici Hidžaza su nekad su bili na strani Abasija, a nekad Fatimija. Ubijali su hadžije i uzimali njihove imetke, naročito emir Mekke Muhammed ibn Ebi Hašim. Pored unutrašnje dezintegracije, ove državice su ušle u žestoki sukob s fatimijskom državom, koji je iscrpio njihove materijalne i ljudske resurse. Fatimijska država je uspjela već od četvrtog stoljeća po Hidžri proširiti svoj uticaj na Egipat i južni dio Arapskog poluostrva. Nastavila je sa svojom politikom koja je imala za cilj rušenje abasijskog hilafeta i iskorjenjivanje islamsko-sunnijske misli i njena zamjena šiijskom.

Na putu ostvarenja tog cilja njeni misionari su kružili širom islamskog svijeta i pozivali rušenju sunnijske države, te obećavali pravdu i blagostanje koji će doći nakon što se većina muslimana pokori fatimijskom halifi. Ovi misionari su ostavili traga u redovima običnog svijeta i vojske, te su pokrenuli nemire. Čak su uspjeli izvesti vojni udar u samom Bagdadu 450, a predvodio ga je Besasiri, koji je obznanio svrgavanje abasijskog halife i pozvao na pokornost fatimijskom halifi. Ubijao je sunijske vođe i učenjake godinu dana. Imaduddin el-Isfahani opisuje tragove Besasirijevog udara: „U ovom periodu desila se pobuna pod vođstvom Besasirija. Ušao je u Bagdad 6. zu-l-ka’dea 450, a napustio ga je 16. zu-l-ka’dea 451. Bila je to teška godina u kojoj se svjetlo Allahove vjere gotovo ugasilo, jer je uporno pozivao na prihvatanje vlasti uzurpatora. Halifa nije mogao sigurno boraviti u svom sjedištu u Dar el-Emane... El-Besasiri je razapeo halifinog izaslanika Ebu Muhammeda ibn el-Me’muna... Pristalice Kurejša ibn Bedrana su ubile Abdurrezzaka Ebu Nasra Ahmeda ibn Alija... Islamski poredak je bio urušen i islamska država oboljela. Odsustvo vođe je potrajalo i nedaće ljudi su bile zastrašujuće.“

El-Besasiri je nastavio vladati Bagdadom u ime Fatimija, sve dok nisu došli Seldžuci i prekinuli njegovu vlast, spasivši tako abasijski hilafet i sunijsko vjerovanje. Onda se fatimijska država okrenula novoj strategiji, sklapajući savez s batinijsko-ismailijskim pokretom. Dvije stranke su počele huškati mase, poticati nerede i izvršavati atentate.

Pristalice batinija su iskoristile razdor među Seldžucima kako bi učvrstili svoj uticaj i proširili svoje ideje, pa su 488/1094. ovladali utvrđenjem Šahdaz u blizini Isfahana, koje je bilo jedno od jačih i važnijih utvrđenja na seldžučkom položaju, što je povećalo moć batinija. Ovo utvrđenje je kasnije postalo centar iz kojeg su planirana uklanjanja svakoga ko se suprotstavljao njihovim idejama ili im stajao na putu.

Mnoge istaknute vođe seldžučke države postale su žrtve batinijskih atentata, poput vezira Nizama el-Mulka i njegovog sina. Seldžuci nisu uspijevali ukloniti ovu sektu koja je neprestano izazivala nemire i širila strah u istočnim krajevima islamskog svijeta, sve dok ih nisu dokrajčili Mongoli 654/1256.

Na zapadnoj strani, u predjelima Šama, pristalice batinija nastavili su širiti strah i pripremati atentate. Kada su križari osvojili Palestinu i sirijsku obalu, batinije i Fatimije su tražili pomoć od križarskih vođa i s njima sklapali saveze protiv sunija. Kasnije su dva puta pokušali ubiti sultana Salahuddina el-Ejjubija, koji se samim čudom spasio od drugog pokušaja. Ebu Šame prenosi detalje ovog zlobnog pokušaja atentata i spominje da su pristalice batinija poslali jednu grupu svojih ljudi maskiranih u vojnike. Uvukli su se u Salahuddinovu vojsku dok je on opsjedao tvrđavu Azaz na sjeveru Sirije. Pristupili su borbi i pokazali veliko umijeće. Dok je sultan vodio bitku iz svog komandnog mjesta, na njega je skočio jedan batinija i zamahnuo nožem prema njegovoj glavi. Nož je pogodio kacigu i skliznuo do njegovog obraza i posjekao ga. Kada je batinija vidio da nije uspio u svom napadu, nasrnuo je na sultana, oborio ga na zemlju i sjeo na njegovu glavu da ga zakolje. Tada je pritrčao jedan od pratilaca sultana Sejfuddina Bazekudža, udario batiniju sabljom i ubio ga. Na sultana je nasrnuo drugi batinija, ali mu se ispriječio emir Davud ibn Menkelan el-Kurdi i usmrtio ga sabljom. Batinija je prije toga nanio emiru Davudu udarac u čelo od kojeg je umro nakon nekoliko dana. Tada je na sultana krenuo treći batinija kojem se ispriječio emir Ali ibn Ebi el-Fevaris sa skupinom vojnika i ubio ga.

Četvrti batinija se tada dao u bijeg, ali su ga stigli i ubili. Sultana su odnijeli u njegov šator, dok mu je krv lila sa obraza. Bitka je stala tog dana i ljudi su strahovali jedni od drugih. Vojnici su se uznemirili i nisu vjerovali da je sultan živ. Stoga su tražili da ga vide, pa su ga njegovi pomoćnici pokazali i vojnici su se smirili.