Prve vijesti o mogućnosti austrougarske okupacije stižu u BiH u proljeće 1878. Takva mogućnost izaziva među Bošnjacima uznemirenost, pa je već 5. 6. 1878. formiran u Sarajevu Narodni odbor, koji je pripremio otpor okupaciji. Odbor je bosanskom valiji predao pismenu predstavku s potpisima velikoga broja Bošnjaka i sa zahtjevom da se zemlja brani, te da se u Bosni uspostavi narodno predstavništvo koje će nadzirati organe vlasti.
Pošto se u Sarajevu saznalo za odluku Berlinskoga kongresa da se BiH preda na upravu Austro-Ugarskoj, Narodni odbor je 7. 7. 1878. iznudio ostavku Veli-paše, vojnoga komandanta Bosne, što je značilo da će, suprotno naređenjima Porte, pružiti otpor austrougarskoj vojsci. Potom su 27. 7. 1878. iz zemlje protjerani posljednji bosanski namjesnik Mazhar-paša i ostali visoki osmanski činovnici. Narednoga dana, 28. 7. 1878. austrougarske trupe počele su prelaziti granicu BiH. Narodna vlada je, oslanjajući se uglavnom na narodne hodže i imame i niže slojeve bošnjačkoga stanovništva, organizirala i pružila snažan otpor austrougarskoj vojsci.
Glavni dio tog otpora, koji je u mnogim dijelovima zemlje imao spontani karakter, savladan je kada je poslije više teških bojeva austrougarska vojska zauzela Sarajevo 19. 8. 1878. Posljednja žarišta otpora likvidirana su tek padom V. Kladuše 20. 10. 1878. Prema bečkom ratnom arhivu, austrougarske trupe su vodile s ustanicima oko 60 većih i manjih bitaka. U tim je bitkama poginulo i ranjeno oko 6.000 austrougarskih vojnika i oficira. Prvobitni okupacioni korpus od 82.000 narastao je tokom borbi na oko 200.000 vojnika. Prema austrougarskim procjenama, ustanička vojska je imala oko 93.000 boraca. Ova bošnjačka ustanička vojska dala je više hrabrih i sposobnih boraca komandanata, među kojima su se posebno isticali Muhamed Hadžijamaković i čuveni pljevaljski muftija Mehmed Vehbi Šemsekadić. Austrougarska vojska se putem posebnoga prijekog suda nemilosrdno obračunavala s istaknutim ustanicima, a oko 600 zarobljenika otpremljeno je u logor u Olomuc, gdje su ostali do decembra 1879.
Okupacija 1878. nije za Bošnjake muslimane predstavljala samo prostu smjenu vlasti, nego jedan izuzetno složen povijesni izazov. Došlo je do političkoga i državnopravnog razdvajanja Bošnjaka u BiH od onih koji su ostali pod osmanskom vlašću (Sandžak, Plav, Gusinje, Mitrovica itd.). To je dovelo do njihovoga različitog ekonomskog, društvenog i političkog razvitka tokom narednih decenija. Za Bošnjake muslimane u BiH okupacija je značila nagli civilizacijski preokret od islamske kulture ka evropskom načinu života, što nije bilo nimalo jednostavno.
Prilagođavanje novoj civilizaciji i usvajanje njenih kulturnih obrazaca tekli su bolno i sporo. Prvu deceniju-dvije nakon okupacije među Bošnjacima govoto da nema nekih vidljivih društveno-političkih kretanja. Neke političke akcije pokreće austrougarska uprava, koja nastoji od vodećih muslimanskih građana iznuditi izjave lojalnosti i vjerski i kulturno odvojiti muslimane od Istanbula. U tom sklopu diplomatskim i unutarpolitičkim akcijama i naporima nove uprave uspostavljena je 1882. islamska vjerska hijerarhija s reisul-ulemom i ulema-medžlisom na čelu. Izvršena je upravna i finansijska reforma vakufa, čija je uprava povjerena Zemaljskoj vakufskoj komisiji, pod kontrolom posebnoga vladinog komesara. Istovremeno su uspostavljeni državni šerijatski sudovi, nadležni za bračne, nasljednopravne i vakufske poslove Bošnjaka.
U samom bošnjačkom narodu toga doba ekonomsko-socijalna kretanja uglavnom se očituju u pokretu iseljavanja u Tursku. Osnovni je uzrok iseljavanja nagli prelazak s naturalne na novčanu privredu, što je mnoge kategorije bošnjačkoga stanovništva dovelo u težak ekonomski položaj. Računa se da se tokom 40 godina austrougarske uprave iselilo iz Bosne oko 150.000 - 200.000 Bošnjaka. Usljed velikoga iseljavanja, udio Bošnjaka u stanovništvu Bosne stalno se smanjivao.
Prema prvom austrougarskom popisu iz 1879, živjelo je u BiH 448.613 Bošnjaka, tj. 38,73 % njenoga stanovništva. Taj je postotak do 1910. spao na 32,25 %, odnosno tada je u BiH živjelo 612.137 Bošnjaka. Od tog ukupnog broja Bošnjaka, 76,93 % ili 470.912 živjelo je na selu, a ostali su činili bošnjačko gradsko stanovništvo. Svoje nezadovoljstvo austrougarskom upravom Bošnjaci su izražavali i na druge načine (npr. učešćem zajedno sa Srbima u hercegovačkom ustanku 1882. protiv uvođenja vojne obaveze).
