U vrijeme komunizma u području nacionalnog pitanja, vjere i kulture - poduzet je čitav niz napadaja protiv bošnjačkoga naroda: neposredno poslije 2. svjetskog rata održano je više namještenih sudskih procesa bošnjačkim književnicima i intelektualcima (A. Nametak, A. Muradbegović i dr.); provedeno je 1947. suđenje članovima nekadašnjega Odbora narodnog spasa; tokom 1949. održano je prvo veliko suđenje "Mladim muslimanima" (drugo je održano 1983. ); kada je 1968. objavljena knjiga „Muslimani srpskohrvatskog jezika“, njezin autor Salim Ćerić napadnut je s namjerom njegovog potpunog političkog onemugućavanja jer je pritom bio jedan od inicijatora priznavanja tada muslimanske nacionalonosti; istu sudbinu doživio je književni kritičar i esejist Midhat Begić usljed spomena muslimanske književnosti na simpoziju koji je organizirala izdavačka kuća "Svjetlost" 1971, kao što je Alija Isaković 1972. bio izložen političkim napadima nakon objavljivanja izbora iz muslimanske književnosti „Biserje“.
U međuvremenu su Atif Purivatra i Kasim Suljević bili žrtve šovinističkih političkih nasrtaja povodom njihova zauzimanja oko popisa stanovništva 1971, odnosno isticanja nacionalnog imena „Musliman“; Meša Selimović je 1973. ispraćen u Beograd uz niz političkih prijetnji; u toku cijeloga ovog razdoblja Islamska zajednica je bila na udaru politike, tako što su mnogi istaknutiji pripadnici uleme jednostavno tretirani kao obični prestupnici; 1982. godine pokrenuta je višegodišnja politička hajka na istraživače historije muslimanske književnosti, što se produžilo besprimjernim političkim klevetanjima istaknutih muslimanskih intelektualaca za navodni panislamizam i fundamentalizam.
No, na prijelomu pedesetih i šezdesetih godina počelo se u naučnim i političkim krugovima probijati i postepeno prihvatati shvatanje da su Bošnjaci posebna etnička, odnosno narodna cjelina. U uvodu druge knjige „Historije naroda Jugoslavije“ (Zagreb-Beograd, 1959-60) sintetički je analiziran uticaj osmanskih osvajanja na etnička kretanja u južnoslavenskim zemljama, uz konstataciju da je proces jačanja etničkoga jedinstva Srba, Hrvata, Crnogoraca i Bošnjaka narušavala njihova podjela na tri vjere i tri države u kojima su ti narodi imali različit položaj. Tako su na feudalnoj osnovi oblikovane razlike između Srba, Hrvata i Bošnjaka, koje tokom XVIII st. jasno dolaze do izražaja.
Početkom šezdesetih godina, u uvjetima samoupravnoga organiziranja, dozrijeva posetepeno unutar dijela Saveza komunista, posebno u BiH, saznanje da je teza o nacionalnom opredjeljivanju Bošnjaka u biti zaostatak nacionalističkog gledanja na ovaj narod, te da nema nikakve naučne osnove. Na neodrživost i besmislenost politike nacionalnoga opredjeljivanja Bošnjaka u dva maha jasno je upozorio i Josip Broz Tito, prvi put na II plenumu CK SKJ, u novembru 1959. a drugi put na VII kongresu Saveza omladine Jugoslavije, u januaru 1963. Što je sve prouzrokovalo insistiranje na nacionalnom opredjeljivanju Bošnjaka, koje su se slabosti i posljedice s tim u vezi javljale u radu Saveza komunista, kritički je analizirano na VI plenumu CK SKBiH u martu 1963. a zatim na IV kongresu SKBiH 1965.
Tom prilikom odbačena su kao naučno neosnovana i politički štetna shvatanja o potrebi nacionalnoga opredjeljivanja Bošnjaka. To je izraženo u Ustavu SR BiH iz 1963. te u saveznom Ustavu odredbom o izmjeni grba SFRJ, kojemu je dodata šesta baklja kao simbol Republike Bosne i Hercegovine i bošnjačkoga naroda kao jednog od šest jugoslavenskih naroda. Sve dileme u pogledu nacionalnosti Bošnjaka odlučno su odbačene na XVII sjednici CK SKBiH u februaru 1968. u čijim se zaključcima izričito kaže da i historija i "današnja socijalistička praksa" potvrđuju da su Bošnjaci (tada Muslimani) "poseban narod".
