U klasičnom dobu Osmanskog Carstva većina gradskoga stanovništva, tj. zanatlije i trgovci koji su živjeli od svoga rada, bili su lično slobodni i nisu imali nikakvih materijalnih obaveza prema državi, jer su vrlo rano bili oslobođeni (mua'f) od tereta u korist države. Usljed toga su bili dužni davati određeni broj vojnika za obranu Bosne i snabdijevati ih opremom i hranom.
Vremenom u Bosni, posebno u Sarajevu i Mostaru, raste broj i utjecaj janičara. Kada se od četrdesetih godina 16. stoljeća janjičarski odžak (korpus) prestao popunjavati i obnavljati devširmom, siromašno bošnjačko stanovništvo počinje se upisivati u janjičarsku organizaciju, tražeći tu sebi i svojoj djeci izvore održavanja i zaštitu. Kako Porta to nije uspjela spriječiti, to je nastala brojčano mnogo veća organizacija od prvobitnoga janjičarskog korpusa, za čije je izdržavanje trebalo daleko više sredstava. To devširmu čini nepotrebnom, ali istovremeno sami janjičari sve češće odbijaju poslušnost, postaju nepouzdani i uzrokom brojnih nemira u Carstvu općenito, pa i u Bosni. U Bosni mnogi seljaci, zanatlije i trgovci pristupaju janjičarskoj organizaciji da bi se zaštitili od prekomjernoga oporezivanja i drugih pritisaka centralne vlasti.
Na prikazanim je osnovama u Bosni tokom vremena nastala i po sadržaju i po obliku jedna muslimanska zajednica (pored pravoslavne, katoličke i jevrejske). Bosanska se muslimanska zajednica oformila kao osoben vid zajednice koju je u jednu cjelinu povezivala opća privrženost osmanskoj islamskoj državi, čijim su posredstvom Bošnjaci primili islam i na taj način tijesno povezali svoju sudbinu s tom državom. Posredstvom islama, koji je predstavljao idejnu polugu Osmanskoga Carstva, Bošnjaci su usvojili jedinstvenu političku ideologiju i ušli u jedinstven kulturni krug.
Za razliku od nebošnjačkoga stanovništva, koje se većinom nalazilo u zavisnom odnosu i potčinjenom političkom položaju, muslimanski je narod bio klasno strukturiran. Činili su ga: spahije, duhovna inteligencija (ulema), gradski slojevi, slobodni i zavisni seljaci (raja). Mada su svi oni u odnosu na nemuslimane imali isti, može se reći povlašteni društveni položaj, ipak nisu svi imali isti pravni i politički položaj, tj. nisu imali iste dužnosti niti istovjetan politički utjecaj i značaj.
Sve spahije, zatim čuvari tvrđava (neferi) i janjičari imali su na prvom mjestu vojnu dužnost. U spahijskoj su organizaciji najveći ugled i utjecaj uživali zaimi (begovi), bez obzira na položaj i dužnost koju su vršili (sandžak-bezi, muteselimi, vojvode i sl.). Među janjičarima to su bili njihove age i serdari, a u tvrđavama dizdari i kapetani. U redovima uleme ugledom i utjecajem na prvom su mjestu bile kadije, muftije, obrazovaniji i učeniji muderisi, hatibi i vaizi. Svi su oni kao odličnici bošnjačkoga društva činili njegov „politički narod“ u feudalnom smislu te riječi. Kao takvi, oni drže gotovo sve položaje vlasti u kadilucima i nahijama, a radi odbrane svojih interesa spremni su pružiti i oružani otpor središnjoj osmanskoj vlasti.
Što se tiče zanatlija i trgovaca po gradovima, a naročito Bošnjaka seljaka, oni su u većoj ili manjoj mjeri obavljali različite lične službe, te ispunjavali svoje materijalne obaveze prema spahijama i kasnije čifluk-sahibijama. Oni su morali učestvovati u odbrani granica Bosne i općenito Osmanskoga Carstva, te davati naročiti porez (taksit) za izdržavanje bosanskoga vezira i drugih državnih činovnika.
Brojčano se stanje Bošnjaka u razdoblju osmanske vladavine mijenjalo. Proces ulaženja bošnjačkoga stanovništva u islam bio je u stalnom usponu, posebno tokom 16. stoljeća, da bi na početku 17. stoljeća dostigao vrhunac. Prema osmanskim defterima, zatim svjedočenjima savremenih putopisaca, papskih, austrijskih i drugih uhoda, može se procijeniti da je broj Bošnjaka, od kojih su većinu činili seljaci, dostizao tada oko 75% cjelokupnoga stanovništva Bosanskog pašaluka.
Takvo se stanje održalo do prve polovine 18. stoljeća, od kada broj Bošnjaka u Bosni stalno opada. Bošnjaci su posebno stradali u brojnim ratovima koje su Osmanlije vodile do kraja 17. i tokom 18. vijeka te uslijed čestoga haranja kuge, gladi i drugih prirodnih nepogoda. Prema jednom zvaničnom osmanskom popisu iz sredine 19. stoljeća, u Bosni je bilo 424.000 Bošnjaka, 486.000 pravoslavnih, 171.000 katolika i izvjestan broj jevreja.
