Početkom devedesetih je u Ujedinjenim narodima odlučeno da na čelo te svjetske organizacije po prvi put dođe osoba iz Afrike.
Vijeće sigurnosti UN-a Egipćanina Boutrosa Boutros-Ghalija već u novembru 1991. predložilo je za funkciju generalnog sekretara UN-a, da bi 3. dcembra 1991. godine ta odluka službeno bila i potvrđena. Ovaj "pravnik i diplomat jedan je od arhitekata Sporazuma iz Camp Davida iz 1978. između Izraela i Egipta. 1990. je bio aktivan u procesu puštanja iz zatvora Nelsona Mandele u Južnoafričkoj Republici. Taj koptski kršćanin, oženjen s jednom židovkom, pored arapskog, govorio je tečno engleski i francuski."
Njegovo imenovanje za generalnog sekretara UN-a - formalno - uslijedilo je jednoglasno, ali su Sjedinjene Američke Države bile suzdržane te su ga "tolerirale, ali nisu stajale iza njega". Razlog tomu je što je George Bush imao svoje favorite, među kojima, međutim, nije bilo nijednog Afrikanca.
"Na dužnost je stupio 1. februara 1992. godine. Istog mjeseca ga je Vijeće sigurnosti UN-a ovlastilo da izradi preporuke o tome kako bi Ujedinjeni narodi mogli diljem svijeta unaprijediti mir. Nakon nekoliko mjeseci je Boutros-Ghali predstavio svoju 'Agendu za mir' i u njoj istaknuo vrijednost 'preventivne diplomacije'. Priliku da se to neposredno iskuša je pružio raspad Jugoslavije. Dok u to vrijeme već traje rat u Bosni i Hercegovini, u jesen 1992. dolazi do napetosti i u Makedoniji. Kako bi se spriječilo širenje konflikta na jug, na granici s Makedonijom i ostatkom Jugoslavije se stacionira jedan pješadijski bataljon s 35 UN-ovih vojnika. Rezultat: konflikt se nije proširio na Makedoniju. 'Ta operacija je bila prvi primjer u povijesti UN-a za uspješnu 'preventivnu akciju'', napisao je poslije Boutros-Ghali i dodao kako ga je 'ispunilo radošću' što je realiziran koncept 'Agende za mir'. No za vrijeme njegovog mandata se dogodilo nekoliko velikih kriza u kojima se Ujedinjene narode okrivljuje da su zakazali. Za neslavnu ulogu UN-a mnogi smatraju odgovornim generalnog sekretara, iako on ne vrši političku funkciju, već tek kao jedna vrsta šefa uprave mora provoditi odluke Vijeća sigurnosti."
Jedna od tih kriza je, kako podsjeća WDR, genocid u Ruandi, koji je 1993. bio u punom jeku, ali za SAD nije dolazio u obzir vojni angažman u toj afričkoj zemlji: "Vijeće sigurnosti mjesecima nije bilo sposobno da donese odluku u slučaju Ruande. Jasno da je taktikom odugovlačenja od strane SAD-a došlo do tog genocida. Ali ni na Balkanu se NATO, Vijeće sigurnosti UN-a i SAD ne mogu dogovoriti o usklađenom djelovanju. Rat u Bosni i Hercegovini svoj vrhunac doživljava 1995. godine, genocidom u Srebrenici. Srbi ubijaju 8.000 bošnjačkih muškaraca - pred očima nizozemskih plavih kaciga."
Generalnog sekretara UN-a uobičajeno se nakon njegovog prvog mandata ponovno bira na pet godina, ali da je u slučaju Boutros-Ghalija odnos sa Sjedinjenim Američkim Državama bio toliko narušen da su Amerikanci vetom spriječili njegov reizbor. Kofi Annan je 1996. postao njegov nasljednik.
Što se tiče agresije na Bosnu i Hercegovinu od 1992. do 1995. Godine, na svojevrstan način obilježile su je i Ujedinjene nacije i generalni sekretar Boutros Boutros-Ghali.
Mnogi su saglasni da je upravo za vrijeme mandata Boutros-Ghalija kao generalnog sekretara UN-a prikazana nesposobnost te organizacije zbog pasivnosti i nespriječavanja agresije na BiH.
Građani u BiH Boutros-Ghaliju vjerovatno nikada neće zaboraviti to što je on odigrao veliku ulogu u uvođenju embarga na uvoz oružja, čime je tadašnja Armija RBiH dovedena u težak položaj.
Veliki broj zločina tokom rata u BiH, pa i genocid u Srebrenici dogodili su se kao posljedica neodgovornosti UN-a, s obzirom da je Srebrenica bila zaštićena zona. Odgovornost UN-a pa time i Boutros-Ghalija potvrdio je bivši ambasador Venecuele pri UN Diego Aria, koji je svjedočio na sudu u Hagu i tom prilikom kazao kako nije bilo nikakve dileme šta će se dogoditi, te da je to i sam vidio boraveći u Srebrenici, dvije godine prije genocida 1995. godine.
Aria je istakao da Boutros-Ghali snosi punu odgovornost jer Vijeće sigurnosti UN-a nije upozorio na to šta se spremalo u Srebrenici.
Boutros Ghali nije imao podršku SAD-a, zbog njegove sporne izjave kako se UN previše bavi ratom na području bivše Jugoslavije. Zbog toga su SAD i uložili veto na njegov ponovni izbor za generalnog sekretara UN-a.
Boutros-Ghali preminuo je u 94. godini života u Kairu, 16. februara 2016. godine.