Krajem osamdesetih i početkom devedesetih godina 19. vijeka javljaju se prvi organizirani začeci evropeizacije i kulturnoga preporoda u Bošnjaka. Začetnik ovog kulturnog pokreta bio je Mehmed-beg Kapetanović, koji je radi toga 1891. pokrenuo list Bošnjak. Taj muslimanski kulturni preporod polazio je od potrebe da se u narodu razbudi i učvrsti svijest o njegovom slavenskom porijeklu i potrebi približavanja Zapadu, ali uz istovremeno očuvanje islamske kulture kao jedne od bitnih komponenti bošnjačkoga narodnog bića.

Na toj osnovi postepeno se oblikuje moderna muslimanska inteligencija, čiji predstavnici pokreću i dalje vode kulturne pothvate u narodu. Ta struja muslimanske politike u BiH odnosila se uglavnom lojalno prema austrougarskoj vlasti kao nosiocu nove evropske civilizacije koju Bošnjaci i sami treba da prihvate.

Nasuprot tome, devedesetih se godina javlja druga, tradicionalistička struja muslimanske politike, koja je u stanovitoj opoziciji prema režimu. Predstavnici te struje traže, na prvom mjestu, da okupacijska vlast osigura Bošnjacima autonomiju u vakufskim, prosvjetnim i drugim vjerskim poslovima, da zaštiti agrarne interese muslimanskih zemljoposjednika i spriječi nastojanje katoličke crkve da Bošnjake preobrati u kršćanstvo. Jedna grupa Bošnjaka uputila je još 1886. predstavku caru kojom su tražili vakufsku samoupravu. Od 1895. javlja se pokret zemljoposjednika. Mnogim pojedinačnim i kolektivnim žalbama okupacijskoj upravi i sultanu oni nastoje dokazati da su materijalno oštećeni i da time trpi islamska zajednica u cijelosti.

Organizirana borba Bošnjaka za vakufsko-mearifsku i vjersku autonomiju počela je protestnom skupštinom mostarskih građana 5. 5. 1899. zato što su neke časne sestre otele i odvele jednu muslimansku djevojku. Na skupštini je izabran odbor od 12 članova s muftijom Alijem Fehmijem Džabićem na čelu, koji je organima vlasti prenio zabrinutost Bošnjaka uslijed sve češćih prozelitističkih nasrtaja na njih. Protestnoj akciji mostarskih građana uskoro su se pridružili Bošnjaci iz čitave Hercegovine, pa je spomenuti odbor postavio vlastima zahtjev da se na tom području uspostavi vakufska autonomija, izražavajući nepovjerenje prema vakufskim i vjerskim organima koje je imenovala austrougarska uprava. Vlada je odbila taj zahtjev i istovremeno u aprilu 1900. uklonila s položaja muftiju Džabića.

To izaziva nezadovoljstvo među Bošnjacima u čitavoj Bosni, u kojoj Travnik, poput Mostara u Hercegovini, postaje središte opozicije. Proširivanjem bošnjačkoga pokreta za vjersko-prosvjetnu autonomiju na cijelu BiH dolazi do njegovoga povezivanja i političke saradnje s odgovarajućim pokretom srpskoga građanstva, koje je vodilo borbu za crkveno-školsku autonomiju još od 1896.

Vodstvo srpskoga autonomističkog pokreta pružilo je političku podršku bošnjačkim zahtjevima. Vlada je u takvoj situaciji pristala na pregovore o vakufskim i vjerskim pitanjima s vođama bošnjačkoga pokreta za autonomiju. Pregovori su vođeni od 2. 2. do 23. 4. 1901. godine, ali do sporazuma nije došlo. Potkraj januara 1902. otišao je Džabić s grupom od pet ljudi u Istanbul da kod najviših islamskih foruma traži savjet i upute u pogledu vjersko-prosvjetne autonomije. Vlada je to iskoristila i zabranila Džabiću povratak u zemlju, pa je pokret za autonomiju, ostavši bez vodstva, privremeno zamro.

Autonomistički pokret oživljava tokom 1905. odnosno 1906. godine. Vakufsko povjerenstvo, imenovano od vlade, donijelo je u martu 1905. odluku da se za izdržavanje islamskih školskih zavoda raspiše 5% prireza na neposredni porez. U narodu je ova odluka naišla na odbijanje, uz zahtjev da se prije uvođenja prireza riješi pitanje vakufske autonomije. U takvoj situaciji odmah se aktivira begovska grupa u autonomističkom pokretu, koja je uspjela preuzeti od Džabića punomoć za daljnje vođenje pokreta.

Vlada je izjavila da će pregovarati s Bošnjacima čim se oni slože oko svojih zahtjeva i odrede svoje predstavnike. Oba ova zahtjeva muslimanski je autonomistički pokret odmah ispunio osnivanjem svoje stranačke organizacije i isticanjem njenoga programa. Na sastanku u Slavonskom Brodu 3. 12. 1906. osnovana je Muslimanska narodna organizacija (MNO), usvojen njen program i izabran Egzekutivni odbor s Ali-begom Firdusom kao predsjednikom.

Pored vakufa i vjerske organizacije, u programu su značajno mjesto dobili agrarni zahtjevi zemljoposjednika, te neka državnopravna i politička pitanja. U programu se tražila autonomija za BiH, pod suverenitetom sultana, uvođenje građanskih i političkih sloboda, općinskih samouprava i narodnoga predstavništva. Što se tiče agrarnih zahtjeva, na prvom mjestu se tražilo od vlade da se izvršava i poštiva Saferska naredba iz 1859. što je stvarno značilo da se odnosi između zemljoposjednika i kmeta tretiraju kao zakupnički, tj. privatnopravni odnosi. Egzekutivni odbor MNO dobio je u narodu podršku, jer su na početku 1907. u svim gradovima BiH izabrani „miletski odbori“ MNO i prihvaćen njen program. Vlada je morala pristati na pregovore s Egzekutivnim odborom MNO.

Tokom juna i jula 1907. vođeni su pregovori o nacrtu statuta za vakufsku i vjersku autonomiju. Postignut je sporazum u svim spornim pitanjima, osim u pitanju menšure (duhovne investiture) reisul uleme, jer vlada nije pristala na zahtjev da menšuru izdaje sultan, čime bi se neizravno i u praksi, a ne samo formalno, priznao njegov suverenitet nad BiH. U prvoj polovini 1908. vođeni su ponovo pregovori između vlade i Egzekutivnoga odbora o raznim privrednim i političkim pitanjima, ali bez ikakvoga rezultata. Nakon proglašenja aneksije u oktobru 1908.

Vlada je pristala da menšuru izdaje istanbulski šejhul-islam, jer je u novoj situaciji to pitanje izgubilo svoj državnopravni značaj. Štatut za autonomnu upravu islamskih vjerskih i vakufsko-mearifskih poslova u BiH konačno je sankcioniran 15. 4. 1909. čime je završena autonomistička borba vođena punih deset godina.