Ali-paša Hećimoglu je krenuo na Austrijance koji su pretendirali osvojiti Bosnu, te ih je 4. VIII 1737. potpuno razbio u zapadnom djelu Bosne, a kasnije i kod Valjeva, ali svi ti ratni napori Bošnjaka praćeni su njihovim povećanim oporezivanjem i obavezom rada na izgradnji tvrđava po Bosni u cilju djelotvornije odbrane zemlje i njene obnove od pustošenja pretrpljenih u ratovima posljednjih 50 godina. Povećano oporezivanje praćeno je pojavom različitih zloupotreba od lokalnih organa vlasti, što izaziva otpor nižih slojeva bošnjačkoga stanovništva, koji se izražava u vidu pismenih predstavki (mahzara) sadašnjoj vlasti, te u otvorenim demonstracijama i bunama.
Nekoliko takvih buna lokalnog značaja izbilo je već u 17. i na početku 18. stoljeća. Najveća muslimanska seljačka buna u Bosni izbila je sredinom 18. stoljeća i trajala je deset godina (1747–1756). Glavna žarišta bune bila su u Tešnju, Tuzli, Sarajevu, u jugozapadnoj Bosni (Hlivno, Duvno, Glamoč), zatim u sjeveroistočnoj Hercegovini i Mostaru. Pored seljaka, u buni su učestvovali i sitne spahije, neki slojevi gradskoga stanovništva i dio uleme. Najistaknutiji vođa bune bio je bivši sarajevski kadija Abdurahman Muharemija. Njega su 1753. ubili kod Zvornika neki potplaćeni članovi njegove pratnje.
Ustanici su napadali predstavnike vlasti i njihove pristalice iz viših slojeva bošnjačkoga društva, rušili njihove čardake i opsjedali utvrđene gradove i kule. Buna se u nekim mjestima pretvarala u nered koji su izazivali i nosili razni zločinački elementi iz reda janjičarske organizacije, koji su često zlostavljali i pljačkali nedužno stanovništvo. Tokom bune došlo je u Sarajevu do pokušaja osnivanja muslimanske seljačko-gradske milicije, kako bi se pokazalo da je vanredno oporezivanje u korist vezira i za vojne svrhe nepotrebno, jer je odbrana granica Bosne i zaštita unutrašnjega poretka dužnost svih Bošnjaka. Osnivanju ove domaće bošnjačke vojske najviše su se usprotivili tadašnji kapetani, posebno oni u Krajini, videći u tome opasnost za svoje političke i ekonomsko-socijalne položaje i interese. Ovu veliku seljačku bunu konačno je 1756. uspio ugušiti tadašnji bosanski namjesnik, Bošnjak Mehmed-paša Kukavica.
Početkom 1788. zaratile su Austrija i Rusija s Osmanskom Carevinom, s već ranije utvrđenim ciljem konačnog osvajanja i podjele njenih evropskih posjeda. Bosna se ponovo prva našla na udaru, a Bošnjaci opet neposredno ugroženi. Doduše, u proglasu cara Josipa II, na osnovi njegova Patenta o toleranciji iz 1781, Bošnjacima se, ukoliko ostanu mirni, garantira lična i imovinska sigurnost i potpuna ravnopravnost islama s drugim vjeroispovijestima, pa čak i plaćanje vjerskih službenika iz državne blagajne. Bez obzira na ova obećanja, Bošnjaci su na sjeverozapadnim granicama Bosne pružili odlučan i snažan otpor austrijskoj vojsci.
Zauzeta na drugim stranama, Porta se ograničila na slanje ratne opreme i novca, a teret odbrane Bosne ponovo je pao na domaće bošnjačko stanovništvo. Glavne borbe su se vodile oko Dubice, pa je ovaj rat u historiji Bošnjaka i Bosne poznat kao Dubički rat. Za dvije godine ratovanja brojno i po opremljenosti nadmoćna austrijska vojska zauzela je, poslije snažnoga otpora nižih slojeva bošnjačkoga stanovništva, jedino gradove na granici: Dubicu, Novi, Gradišku i Cetin. Mirom u Svištovu 1791. Austrija je zadržala Cetin, a ostale gradove vratila Osmanlijama. Značajno je da su u Dubičkom ratu viši muslimanski slojevi pokazali prve znake kolebanja u pogledu otpora Austriji. Ta će kolebljivost doći do punoga izražaja, odnosno prijeći u malodušnost, devedeset godina kasnije, prilikom okupacije Bosne 1878.
Od kraja 18. i početka 19. stoljeća dolazi do izvjesnoga ublažavanja i otupljivanja oštrice ekonomsko-socijalnih sukoba i borbi među Bošnjacima muslimanima, jer nacionalno-oslobodilački pokreti i ustanci hrišćanskoga stanovništva, koji tada izbijaju u Osmanskom Carstvu, ne dovode u pitanje samo tursku vlast nego istovremeno na svim područjima ugrožavaju fizički opstanak bošnjačkoga stanovništva.
Budući da je Prvi srpski ustanak posve poistovjetio borbu protiv osmanske države i islama, ustanici su na najokrutniji način ubijali i progonili bošnjačko stanovništvo u Srbiji, a potpuno zatjerali muslimanske gradove i sela, Bošnjaci su u tome ustanku vidjeli opasnost usmjerenu protiv samog njihovog opstanka. Zato odredi bošnjačke vojske, pod zapovjedništvom turskih paša, brojno učestvuju u osmanskim vojnim pohodima protiv ustanika. U boju na Mišaru 1806. ustanici su porazili bošnjačku vojsku, koja je kasnije, prilikom pohoda Sulejman-paše Skopljaka, nanijela teške poraze srpskim ustanicima.
Početkom 19. stoljeća javljaju se među Bošnjacima pobune i otpori, ali na drugačijoj socijalnoj osnovi od onih u 18. stoljeću. Sada su protiv središnje vlasti janjičari u gradovima, te ajani i kapetani, kao feudalni veleposjednici i glavni nosioci vlasti u mjesnoj upravi.
Već u prvoj polovini 18. stoljeća učvrstila se u Bosni ustanova ajanluka kao novoga oblika vršenja funkcija lokalne uprave u osmanskoj državi. Ova je funkcija pružila velike mogućnosti njenim nosiocima za lično bogaćenje putem raznih zloupotreba vlasti. Odatle pojedinci iz gornjih slojeva bošnjačkoga stanovništva vode prave male ratove da bi se domogli položaja ajana. Vremenom ajani, porijeklom uglavnom iz najuglednijih begovskih porodica, postaju nosioci cjelokupne vlasti na području jednoga kadiluka. U većini kadiluka gdje su postojale kapetanije funkciju ajana preuzeli su kapetani. Tako je došlo do spoja ajanske i vojne kapetanske funkcije u jednoj ličnosti, odnosno nasljednim putem u jednoj porodici.
Ova činjenica dovodi do naglašenog jačanja ekonomske i političke moći svih bosanskih kapetana, kojih je početkom 19. stoljeća bilo ukupno 39. Svoj položaj održavali su, bez obzira na povremene sukobe, međusobnom ravnotežom i staleškom solidarnošću, posebno u odnosu na središnju vlast. Tadašnji su strani posmatrači u Bosni, uglavnom konzuli velikih sila, primijetili da su bosanski ajani, kao neosporni gospodari u kadilucima, učinili od Bosanskoga pašaluka jednu svoju osobenu konfederaciju. Ajanski su se interesi dugo vremena podudarali s politikom i ciljevima tadašnjih osmanskih vlasti. Zajednički im je interes bio, prije svega, odbrana granica osmanske države, odnosno Bosne, čime su ajani jednovremeno branili, kako vlastitu domovinu tako i svoj povlašteni socijalno-ekonomski i politički položaj. Ta su se međusobna sloga i razumijevanje institucionalno izražavali u tzv. ajanskom vijeću, odnosno povremenim savjetovanjima vezira s bosanskim ajanima.
