Nakon završetka Prvog svjetskog rata i ulaska Bosne i Hercegovine u sastav Kraljevine Srba, Hrvata i Slovenaca, za obrazovanje Bošnjaka nastupile su raznovrsne neprilike i nevolje u tolikoj mjeri kao nikada do tada. Osiromašenje bošnjačkog stanovništva u Bosni i Hercegovini pogađalo je i šire slojeve naroda, vjerske službenike i muallime u mektebima, koji su došli u bezizlazan položaj.
Razlozi za to bili su brojni, ali je više od svega neimaština bošnjačkog stanovništva uzrokovana tzv. agrarnom reformom, koja se u neku ruku svodila na preraspodjelu zemljišnih dobara na štetu bošnjačkog stanovništva. Za mnoge Bošnjake to je značilo ostajanje bez osnovnih sredstava za život i golu egzistenciju. Ta događanja nisu u svemu mimoišla ni vakufska dobra, pa su prihodi i po toj osnovi utanjili, ako ne i presahli, što je dovodilo u nezavidan položaj sve zaposlene u obrazovanju.
Na čelu vakufskih uprava našlo se tada nesposobno rukovodstvo, koje je donosilo neprimjerene pa i sasvim pogrešne odluke, a bošnjačka konzervativna ulema je svojim držanjem kočila osavremenjavanje i koliko-toliko uspješniji razvoj obrazovanja. Više novootvorenih škola savremenog tipa iz prethodnog razdoblja koje je izdržavao vakuf prestalo je s radom u prvoj polovini dvadesetih godina.
Iako usporenim ritmom, i u ovom razdoblju nastavlja se obrazovanje Bošnjaka tokovima kakvi su započeli u prethodnom razdoblju, i to uključivanjem u sistem obrazovanja koji je izgrađivala nova vlast, u državne osnovne i srednje škole, upisom u posebne preuređene bošnjačke škole tzv. kombiniranog tipa, u čijim su nastavnim programima, uz konfesionalno-orijentalne predmete, bili zastupljeni i predmeti općeg svjetovnog obrazovanja te nastavljanjem višestoljetnog orijentalno-konfesionalnog smjera obrazovanja, koje se i u ovom razdoblju ostvaruje svojim klasičnim vidovima edukacije.
Pored još dugo prisutnog zaziranja od škola zapadnog smjera obrazovanja, u prvom redu usljed bojazni od odnarođivanja, Bošnjaci su se ipak, mada ne u potrebnom broju, postupno uključivali u državne osnovne i srednje škole. Istina, stanje opće razvijenosti zemlje bilo je takvo da je i školstvo bilo na veoma niskoj razini, o čemu svjedoči podatak da je, prema desetak evropskih statističkih institucija, obrazovanjem u Jugoslaviji 1940. bilo obuhvaćeno samo 10,9 posto stanovništva, upola manje nego u većini evropskih zemalja.
Bošnjaci su u pogledu obrazovanja osjetno zaostajali u odnosu na ostale narode, što pokazuje i broj nepismenih, kojih je u Bosni i Hercegovini krajem 1918. bilo 87,84 posto, od toga 77,45 posto Hrvata, 89,42 posto Srba i 94,65 posto Bošnjaka. Po broju nepismenih prednjačili su: cazinski, ključki, kotorvaroški, kladanjski i maglajski kotar, naseljeni pretežno bošnjačkim stanovništvom.
Bošnjaci su tretirani na donjoj ljestvici pismenosti, iako se to stanovništvo u znatnom procentu služilo arebicom podešenom za bosanski jezik. Govoreći o tome 1928, reisul-ulema Džemaludin Čaušević uzroke zaostajanja sažeto je označio u sljedećem: U većini bošnjačkih sela nije bilo škola jer ih ni sami Bošnjaci nisu tražili, a ukoliko su i otvarane, oni ih nisu pohađali i, drugo, jednostranost u službenoj školskoj politici, neobjektivno tumačenje pojedinih historijskih događaja, djelovali su odbojno na bošnjačku djecu i njihove roditelje, tim više što su i neke svečanosti (Sv. Sava, Vidovdan) bile obojene pravoslavnom vjerskom tradicijom.
Nažalost, ove riječi u protoku od stotinu godina dijelom opisuju i današnje stanje segregacije i obrazovne asimilacije bošnjačkih učenika u manjem entitetu te na prostorima Federacije BiH gdje hrvatski narod čini političku vlast.
