Za počinjene ratne zločine u mnogim općinama širom Bosne i Hercegovine, pa tako i u općini Kalinovik, kao kreatori politike zločina, najveću odgovornost imao je politički i vojni vrh RS-a, koji je, uglavnom, izveden pred Haški tribunal i osuđen na visoke ili doživotne kazne zatvora. Kada je riječ o općini Kalinovik, Sud u Hagu je oglasio krivima potpredsjednicu RS Biljanu Plavšić (11 godina), predsjednika Narodne skupštine Momčila Krajišnika (20 godina) i komandanta VRS-a Ratka Mladića (na doživotni zatvor).
U lancu udruženog zločinačkog poduhvata koji se preko Kalinovika grana prema istočnoj Hercegovini, jedna od prvih karika bio je Krsto Savić, koji je pred Sudom BiH osuđen na 17 godina. Same njegove ondašnje funkcije govore o moći koju je držao u svojim rukama, a bio je načelnik CSB Trebinje, ministar unutrašnjih djela SAO Hercegovina te član Štaba MUP-a Srpske Republike BiH za rukovođenje i komandovanje ukupnim snagama MUP-a.
Presuda Krsti Saviću, pravosnažna od 11. aprila 2011, kaže: “Kao učesnik udruženog zločinačkog poduhvata, koji su činili i Mićo Stanišić – ministar unutrašnjih poslova Srpske Republike BiH, Radovan Grubač – komandant Hercegovačkog korpusa, Novica Gušić – komandant Nevesinjske brigade, Vojin Popović – načelnik SJB Gacko, Gojko Stajić – načelnik SJB Nevesinje, Boško Govedarica – načelnik SJB Kalinovik, Goran Vujović – načelnik SJB Bileća i drugi istaknuti članovi rukovodstava ovih općina, postupao je s diskriminatorskim namjerama realizacije zajedničkog cilja da se provođenjem državne politike, koja je planirana Strateškim ciljevima srpskog naroda usvojenim 12. maja 1992. na Skupštini Srpske Republike BiH, izvrši progon bošnjačkog i hrvatskog stanovništva pa je to i učinio u opštinama Nevesinje, Bileća, Kalinovik i Gacko, tako što je izdavao naređenja načelnicima SJB u ovim opštinama o hapšenju i zatvaranju, o čemu je redovno izvještavan na sastancima načelnika SJB, a on prosljeđivao izvještaje Mići Stanišiću, dok je lično rukovodio napadima pripadnika SJB Nevesinje na civilno stanovništvo hrvatske i bošnjačke nacionalnosti.”
Konkretno za općinu Kalinovik u Savićevoj presudi stoji: “Krajem juna 1992. u opštini Kalinovik organizovano je hapšenje svih muškaraca bošnjačke nacionalnosti, te njihovo zatvaranje u OŠ 'Miladin Radojević', koji su poslije prebačeni u 'Barutni magacin', vojni objekat ograđen bodljikavom žicom, sa minama i vojnom stražom. Početkom jula 1992. pripadnici SJB Kalinovik su uhvatili preko 200 civila koji su bježali iz opština Nevesinje i Gacko i zatočili ih u OŠ 'Miladin Radojević'. Dana 1. augusta 1992. pripadnici SJB Kalinovik napali su selo Jelašac, u kojem su ostali starci, žene i djeca, i pohapšene zatvorili u OŠ 'Miladin Radojević', a ostali su napustili opštinu Kalinovik.” Sa Savićem je na optužnici bio i Milko Mučibabić, koji je prvostepenom presudom bio osuđen na pet godina i 3 mjeseca, ali ta je presuda ukinuta u junu 2010. i naloženo ponavljanje postupka. Nakon toga postupak protiv njega je izdvojen zbog bolesti, da bi 27. januara 2011. bio obustavljen zbog smrti.
Šira slika dešavanja u općini Kalinovik ipak se najbolje iščitava iz presude Momčilu Krajišniku. Tačka 661 presude Krajišniku kaže da su “20. aprila 1992, po naređenju Momčila Mandića, otpušteni svi policajci muslimani, skupa sa načelnikom policije. U maju 1992. predsjednik Skupštine opštine i predsjednik opštinskog Kriznog štaba SDS-a Grujo Lalović uputio je muslimanskom stanovništvu zahtjev za predaju oružja. Osim toga, Srbi su išli od sela do sela i od Muslimana tražili da predaju oružje. Muslimansko stanovništvo je učinilo sve što se od njega tražilo”.
Sljedeća tačka kaže: “Dana 17. maja 1992. Krizni štab SDS-a izdao je naređenje kojim se svim vojno sposobnim muškarcima Muslimanima naređuje da se dva puta sedmično javljaju u policiju i u opštinski sekretarijat za narodnu odbranu. Takođe, u maju 1992. Muslimani su morali imati dozvolu Kriznog štaba da bi se mogli slobodno kretati...”
Nakon prvih diskriminatornih odluka Kriznog štaba SDS-a, situacija u Kalinoviku se naglo zaoštrava. O tome najbolje govori tačka 663 haške presude Krajišniku: “Dana 25. juna 1992. sekretar opštinskog sekretarijata za narodnu odbranu Neđo Banjanin izdao je naređenje kojim se muškarci Muslimani pozivaju da dođu u zgradu Skupštine opštine radi preuzimanja radnih zadataka za preduzeće Drvna industrija i šumarstvo 'Zelengora'. Odazvalo se šezdesetak Muslimana, koji su uhapšeni i odvedeni u osnovnu školu u Kalinoviku. Oni koji se nisu odazvali pozivu uhapšeni su kasnije i dovedeni u istu školu. Dana 6. jula 1992. zatočenici su prebačeni u barutni magacin u Jelašačkom polju, gdje je do početka augusta bilo zatočeno oko 85 Muslimana i gdje su mnogi zatočenici žestoko premlaćivani.
U skladištu nije bilo sanitarnih čvorova, zatočenici su morali spavati na betonskom podu i nisu dobivali dovoljno hrane i vode. Dana 5. augusta 1992. srpski vojnici su prozvali oko 25 Muslimana i, uz policijsku pratnju, odvezli ih u selo Rataje pored Jeleča, opština Foča. Ti zatočenici su podvrgnuti teškom zlostavljanju, ruke su im vezane žicom, a vrijedni predmeti su im oduzeti. Kod jedne štale u Rataju konvoj se zaustavio i dvadesetak Muslimana je ustrijeljeno. Četvorica su pošteđena i naređeno im je da mrtva tijela odnesu u štalu. Kasnije su i oni strijeljani. Vojnici su po tijelima posuli benzin, zapalili štalu i otišli. Samo jedan čovjek je preživio.”
Tačka 664 presude Krajišniku: “Krajem jula i početkom augusta 1992. VRS je granatirao, zauzeo i spalio sela, među kojima i Ljutu, Jelašcu, Jezero, Mjehovinu i Daganj. U tim napadima su poginuli mnogi seljani, među njima starci i žene. Tokom rata su razorene kalinovičke džamije, i to u Ulogu, Hotovlju, Kutini i Jelašci.”
Tačka 665: “U periodu od 1. do 5. augusta 1992. Srbi su uhapsili, pokupili, razdvojili i zatočili sve preostale Muslimane i Muslimanke iz Kalinovika, kao i približno 190 žena, djece i staraca iz Gacka. Svi zatočeni su poslije odvedeni u osnovnu školu u Kalinoviku. Neki zatočenici su pretučeni i ubijeni, a žene su silovane. Jedini razlog za takvo postupanje prema civilima jeste taj što su po nacionalnosti bili Muslimani.”
Tačka 666: “Osim u gore pomenutim objektima, srpske vlasti su 1992. u toj opštini civile pretežno muslimanske i hrvatske nacionalnosti držali u četiri zatočenička centra: u SJB Kalinovik, u OŠ 'Miladin Radojević', u barutnom magacinu i na poljoprivrednom dobru Pavlovac.”
Za zločine na području Kalinovika u četiri presude osuđena su petorica direktnih izvršilaca na 57 godina zatvora. Svima je suđeno pred Sudom BiH. Ratko Bundalo i Neđo Zeljaja osuđeni su na 22, odnosno 15 godina. Ratko Bundalo, kao komandant Taktičke grupe Kalinovik, i Neđo Zeljaja, kao komandir milicije u Kalinoviku, proglašeni su krivima za zarobljavanje oko 500 civila bošnjačke nacionalnosti na području Jeleča u općini Foča i općini Gacko, koji su neko vrijeme bili zatvoreni u OŠ “Miladin Radojević” u Kalinoviku i jer su nekoliko zatvorenika koristili kao vozače za otklanjanje mina. Osuđeni su i za paljenje sela u okolini Kalinovika i za razmjenu žena iz OŠ “Miladin Radojević” za poginule srpske vojnike na rejonu Jakomišlja.
Razmjenu su organizirali tako što su žene prvo morale na prvoj borbenoj liniji izvući poginule vojnike i dovući ih na mjesto razmjene. Zeljaja je oglašen krivim i da je od juna do septembra 1992. učestvovao u organiziranju i funkcioniranju zatvora u OŠ “Miladin Radojević”, gdje je bilo zatvoreno oko 300 civila bošnjačke nacionalnosti izloženih maltretiranju, premlaćivanju, silovanju i ubistvima. Bundalo je od juna do augusta 1992. aktivno učestvovao u formiranju logora u “Barutnom magacinu”, gdje su bili zatvoreni muškarci civili bošnjačke nacionalnosti. Muškarci su iz tog logora 5. augusta odvedeni na različite lokacije i pogubljeni. Presuda je pravosnažna od 18. marta 2011. S njima je na optuženičkoj klupi bio i Đorđislav Aškraba, pa je Apelaciono vijeće odvojilo njegov postupak od ovog i naložilo ponovno suđenje.
Nakon ponovljenog suđenja, presudom pravosnažnom od 18. juna 2013. Đorđislav Aškraba je osuđen na 7 godina. Kao pripadnik VRS-a, neposredno podređen komandi TG Kalinovik na čelu s Ratkom Bundalom, vršeći dužnost komandira straže u logoru za civile “Barutni magacin”, te obavljajući i poslove upravljanja logorom, od 5. do 7. augusta 1992. davao je civile pripadnicima VRS-a da ih vode na prisilan rad, a poslije i na strijeljanje. Tako je 5. augusta, po odobrenju komande TG Kalinovik i načelnika SJB Kalinovik, Peri Elezu, koji će kasnije poginuti, i drugim vojnicima bez ikakve dokumentacije o primopredaji predao 12 zatočenih civila, a u Knjigu izlazaka upisao da su upućeni u KPD Foča, i to: Salku Biču, Ismeta Hatića, Fikreta Karamana, Mirsada Karamana, Salku Kurtovića, Safeta Suljića, Hasana Suljića, Mustafu Mušanovića, Vehbiju Dudu, Šabana Ploču, Mešu Sačića i Edina Hadžića. Civili su natovareni na kamion FAP i odvezeni na Mehka brda, odakle su ostali zatočenici logora čuli pucnjavu, a kasnije i vidjeli kako se prazan kamion vratio; nakon rata ekshumirana su svi osim Hasana Suljića i Mustafe Mušanovića. Istog dana, na isti način i istim vojnicima predao je i Nedžiba Pervana, Ziju Pervana i Muzafera Sačića, koji su odvezeni u pravcu Kalinovika i nikada nisu pronađeni. Istog dana poslijepodne istim vojnicima predao je i sve ostale zatočenike. Vezali su ih žicom, potovarili u tri kamiona i odvezli u pravcu Miljevine kod Foče.
U mjestu Rataje iz posljednjeg kamiona izvedena su 24 civila: Enes Hadžić, Esad Hadžić, Hasan Hadžić, Selim Hadžić, Mehmed Ahmethodžić, Avdija Škoro, Salko Vranović, doktor Abdurahman Filipović, Almir Čusto, Husnija Rogoj, Refik Rogoj, Elvir Suljić, Ramiz Suljić, Emir Suljić, Mirso Suljić, Damir Suljić, Edin Suljić, Suad Suljić, Sado Suljić, Ramo Kurtović, Ismet Smječanin, Sabahudin Juković i Adil Mulaomerović. Postrojili su ih iznad štale Mustafe Tuzlaka i strijeljali, a tijela su ubacili u gornji dio štale, gdje se nalazilo sijeno i zapalili. Jedino je Fejzija Hadžić, ranjen u nogu, uspio preživjeti i pobjeći. A oni su nastavili put prema Miljevini. Na lokalitetu Tuneli pobili su i ostale zatočenike logora “Barutni magacin”. Ekshumirani i identifikovani su: Adem (Hasima) Hatić, Adem Mustajbegović, Ramiz Kešo, Asim Pervan, Veiz Hadžić, Bećir Pervan, Hamdo Pervan, Hasan Mušanović, Hilmo Suljić, Kasim Suljić, Fehim Suljić, Ibrahim Bajrić, Bajro Pervan, Avdo Kešo, Safet Mušanović, Vejsil Kečo, Nasuf Hadžić, Munib Velić, Ramo Suljić, Fehim Srnja, Jusuf Hadžić, Muharem Bičo, Edhem Hadžić, Vahid Hadžić, Adem (Bećira) Hatić, Ibro Pervan, Salko Suljić, Rašid Redžović, Hilmo Jašarević, Adem Suljić, Smajil Hadžić, Esad Hadžimuratović i Ahmet Hadžić.
A kao nestali, još se vode: Hilmo Rogoj, Muhamed Čusto, Džafer Kešo, Sevdo Suljić, Smajo Ćemo i Alija Šemić. I u ovom slučaju je u Knjigu izlazaka Aškraba upisao da su upućeni u KPD Foča, bez imena vojnika koji su ih odvezli.
Novica Tripković je osuđen na 8 godina. On je, kao pripadnik VRS-a, 1. augusta 1992. s još jednim vojnikom, naoružan automatskom puškom, vodeći sa sobom i maloljetno dijete, došao u OŠ “Miladin Radojević”. Ušli su u fiskulturnu salu u prizemlju i izdvojili zatočenog civila Suada Hasanbegovića. Premlatili su ga u svlačionici, a onda ga odveli na sprat u jednu od učionica. Tu su iz druge učionice doveli civile Edina Biču i Sejdu Kešu i tako ih krvnički izmlatili da je te noći Sejdo Kešo preminuo. Ujutro su se Tripković i onaj vojnik vratili, ušli u učionicu u kojoj su izdvojili zatočenike i mlatili ih, a onda zapucali i tako ubili i Suada Hasanbegovića i Edina Biču. Kada su otišli, pripadnici policije SJB Kalinovik i pripadnici VRS-a su u dekama iznijeli tijela ubijenih i odvezli ih u Gajselsko polje, gdje su 2009. iskopana i identifikovana tijela sve trojice. Presuda Tripkoviću je pravosnažna od 28. decembra 2016. Optužnicom je bio obuhvaćen i Zoran Bjelica i njegov otac Marinko Bjelica; Zoran je oslobođen, a slučaj Marinka Bjelice je izdvojen i miruje zbog bolesti optuženog.
Slavko Lalović je osuđena na 5 godina. Kao rezervni milicioner u SJB Kalinovik, radeći na obezbjeđenju u OŠ “Miladin Radojević”, u augustu 1992. u večernjim satima pustio je dva vojnika u školu i oni su na spratu silovali svjedokinju S4 uz prijetnje da će joj pobiti djecu kaže li kome. U istom mjesecu zakucao je daske na vrata WC-a govoreći zatočenicima da “sada pišaju u ruke”, nadnosio pištolj nad djecu i prijetio da će ih pobiti ako ostali ne daju sav novac koji su navodno sakrili. Presuda je pravosnažna od 1. februara 2012.
Jedan od dvojice pripadnika VRS-a koje je Lalović pustio među zatočenike u OŠ “Miladin Radojević” mogao bi biti Dalibor Krstović, rođen 1972. u Sarajevu, nastanjen u Beogradu, s dvojnim državljanstvom. Krstović je prvostepenom presudom Višeg suda u Beogradu od 13. maja 2021. osuđen na 9 godina, ali je Apelacioni sud krajem januara 2022. ukinuo ovu presudu i naložio novo suđenje. Sudi mu se na osnovu optužnice Tužilaštva BiH, koju je Sud BiH potvrdio 22. novembra 2017, te je preuzelo Tužilaštvo za ratne zločine Republike Srbije. Suđenje je počelo 13. januara 2020.
Sud BiH je donio i jednu oslobađajuću presudu. Milan Perić, Spasoje Doder, Predrag Terzić i Aleksandar Cerovina oslobođeni su optužbe da su, kao pripadnici SJB Kalinovik, 25. juna 1992. grupu od više od 40 civila, koji su se iskupili pred Sekretarijatom za narodnu odbranu, odakle su ih pozvali radi navodnog angažovanja u radnu obavezu, potovarili u kamion, opljačkali i otjerali u logor u školi “Milan Radojević”, iz kojeg se živ vratio samo Fejzija Hadžić, te da su istog dana učestvovali u napadu na sela Jelašce i Vihovići, odakle su grupu od desetak civila dotjerali u isti logor; da su Predrag Terzić i Aleksandar Cerovina 31. jula 1992. učestvovali u nezakonitom hapšenju u selu Vihovići kada su u logor “Barutni magazin” dovedeni civili: Salko Suljić, Damir Suljić, Hilmo Suljić, Fehim Suljić, Kasim Suljić, Adem Suljić, Salko Kurtović, Hasan Mušanović, Mustafa Mušanović i imam Fehim Srnja, gdje su likvidirani 5. augusta 1992. Milan Perić i Aleksandar Cerovina su oslobođeni optužbe da su učestvovali u napadu na civilno stanovništvo sela Jelašca, u kojem su bili samo djeca, žene i starci, kada je ubijena Delveta Pervan, a ranjena njena petogodišnja unuka Mirveta Pervan i kada su zapaljene mnoge kuće, a veliki broj civila odvedeno u logor u OŠ “Miladin Radojević”; te noći svi preostali civili, osim staraca, pobjegli su iz Vihovića, Mjehovina i drugih sela, a u logoru su od odvedenih iz Jelašca pogubljeni Edin Bičo, Sejdo Kešo, Hašim Hatić, Azemina Pervan i Fatima Pervan, a ostali su razmijenjeni krajem augusta 1992. Predrag Terzić i Aleksandar Cerovina su oslobođeni optužbe da su 2. augusta 1992. Hasniju Ahatović odveli iz stana u logor OŠ “Milutin Radojević”, gdje je ostala 22 dana, kada je razmijenjena.
Predrag Terzić je oslobođen optužbe da je 31. jula 1992. u selu Mjehovina uhapsio doktora Abdurahmana Filipovića iz Kalinovika i sproveo ga u “Barutni magacin”, gdje je likvidiran 5. augusta 1992. Aleksandar Cerovina je oslobođen optužbe da je 25. juna 1992. zaštićenog svjedoka R izveo iz njegovog stana u Kalinoviku i odveo ga u SJB, gdje su mu uzeti lični podaci, a onda je odveden u OŠ “Miladin Radojević”, odakle je uspio pobjeći 18. jula 1992. Presuda je pravosnažna od 12. novembra 2013.