Predstavnici Bošnjačke i Srpske narodne organizacije, koji su se u vrijeme proglašavanja aneksije nalazili u Budimpešti, izdali su 11. oktobra zajedničku poruku narodu Bosne i Hercegovine konstatirajući da se ne odustaje od zahtjeva za autonomijom Bosne i Hercegovine. To je ujedno bio i posljednji zajednički politički akt Bošnjaka i Srba u Aneksionoj krizi.

Kad je riječ o hrvatskoj reakciji na aneksiju, ona je bila dosta drugačija od srpske i bošnjačke. Nikola Mandić, nadbiskup Josip Štadler i Lazar Dimitrijević s oduševljenjem su predvodili delegaciju koja se zaputila prema Beču da bi i zvanično dala svoju podršku odluci Monarhije.

Muslimanska narodna organizacija uputila je svog predsjednika Ali-bega Firdusa u Carigrad da dobije upute šta da rade Bošnjaci, da li da mirno sjede, sele ili pristanu na aneksiju i ostale vladine zahtjeve i ponude. Firdus je od mladoturaka savjetovan da Bošnjaci ostanu mirni, a da će se oni svim silama zauzimati za Bosnu i Hercegovinu na budućoj konferenciji, u šta Firdus nije polagao velike nade. Krajem decembra 1908. godine prvaci MNO održali su sastanak u Morića hanu u Sarajevu i zaključili da Bošnjaci ipak ostanu mirni, te da se više ne ide u zajedničke akcije sa Srbima. Bošnjački prvaci smatrali su da će već narednog proljeće Srbija i Crna Gora zaratiti s Austrijom, što bosanskohercegovački Srbi neće mirno gledati, a da se Bošnjaci u tu avanturu ne smiju upuštati, računajući da bi naposljetku sve bilo plaćeno bošnjačkim glavama.

Kako se Aneksiona kriza bližila raspletu, vlada je nastojala posrednim putem dobiti priznanje aneksije od političkog vodstva Bošnjaka i Srba. U tu svrhu, Zajedničko ministarstvo finansija sazvalo je za početak februara 1909. godine ustavnu anketu. Učešće u njoj trebalo je na izvjestan način označiti prihvatanje novostvorenog stanja. Anketa je trebala raspravljati o budućem ustavu na osnovu nacrta koji je po uputstvu ministra Buriana izradila Zemaljska vlada u Sarajevu. Pozvani su ugledni pojedinci, i to osam Srba, deset Bošnjaka, pet Hrvata i jedan Jevrej. Pet predstavnika Srba, članova Srpske narodne stranke koji su učestvovali u anketi 8. februara 1909. godine, već dan nakon prvog sastanak objavili su da neće sudjelovati u daljnjem radu zato što nisu bili pozvani kao zastupnici naroda nego kao pojedinci.

Od pozvanih Bošnjaka, njih trojica bili su članovi Muslimanske narodne organizacije, dok su ostali bili provladine osobe. Navodeći lične razloge kao izgovor, članovi MNO nisu se uključili u rad ustavne ankete. U izvještaju podnesenom Zajedničkom ministarstvu finansija, baron Benko konstatirao je da se bošnjačka i srpska opozicija zasad želi držati što dalje od ustavne ankete. Time je propao pokušaj vlade da, koristeći se privlačnošću ideje o budućem ustavu, dobije posredno priznanje aneksije od dviju najvećih političkih stranaka u zemlji. MNO je polagala izvjesne nade u osmanski parlament, koji je zasjedao u januaru 1909. godine. Stari vođa autonomnog pokreta muftija Džabić, koji je od 1902. živio u Istanbulu, podnio je krajem januara 1909. godine predstavku osmanskom parlamentu, u kojoj je naglasio da je zaključak osmanske vlade da prizna aneksiju greška, da je to ustvari pomaganje Austriji, što će dovesti do prolijevanja krvi u Evropi.

Sporazum između Beča i Istanbula 26. februara 1909. godine predstavljao je novi veliki udarac za Bošnjake. U njihovom Memorandumu predatom osmanskom parlamentu opširno se iznosilo šta su sve Bošnjaci dali osmanskoj državi i njenoj historijskoj ideji. Izražavala se očajnička nevjerica da će Osmansko carstvo za nekoliko miliona funti učiniti bespravnim robljem 1.400.000 svojih najvjernijih podanika.

Bila je to još jedna potvrda da Bošnjaci ni 1909, jednako kao i 1878. godine, nisu željeli austrougarsku vlast, pa su se koristili svim raspoloživim sredstvima, a jedan od njih bio je i ovaj Memorandum, kao “vapaj” upućen umirućem Osmanskom carstvu.

Negativan stav prema aneksiji oblikovao je bošnjačku politiku od samog njenog proglašenja. Svoje nezadovoljstvo Bošnjaci su iskazali kroz iseljavanja, što se može okarakterizirati kao posljednji znak otpora nezadovoljnog stanovništva. Iako je iseljavanje započelo odmah nakon okupacije 1878. godine, njegov najveći val, po pisanju profesora Edina Radušića, zabilježen je nakon proglašenja aneksije. Ovaj podatak dovoljan je pokazatelj šta su Bošnjaci mislili o novoj vlasti, te da političke odluke dijela bošnjačke elite nisu odražavale stav cjelokupnog društva. Iako su bošnjački političari, uprkos prvobitnom protivljenju, ipak prihvatili aneksiju, većina Bošnjaka bila je protiv.

Aneksija je, u konačnici, dovela do velikih promjena u bosanskohercegovačkom društvu, a osim iseljavanja i posljedica koje je nosilo, sasvim sigurno najveće promjene ogledale su u aktivnijem političkom životu unutar Bosne i Hercegovine.