U februaru 1798. godine, ubrzo nakon povratka iz svoje kampanje u Italiji, Napoleon je poslan u sjeverozapadnu Francusku da pregleda trupe i brodove koji su se okupljali u lukama La Manchea. Kada je stigao tamo, vlada mu je povjerila da vodi te snage protiv Engleske, jedine zemlje koja je još bila u ratu protiv Francuske. Budući car pažljivo je proučio situaciju i primijetio da su većina njegovih ljudi novi regruti i da im zapovijedaju neiskusni oficiri, pa je odbio pomisao na invaziju Britanije. "Previše rizično. "Ne želim riskirati prekrasnu Francusku na kocki", rekao je svojoj sekretarici, Fauvelet de Bourrienne.

Napoleon se odlučio na drugo osvajanje, s kojim bi svom velikom neprijatelju zadao udarac gotovo jednako jak kao iskrcavanje na obalu Sussexa. "Da bismo potpuno uništili Englesku, moramo zauzeti Egipat", napisao je u svom dnevniku. "Često se tvrdilo da je ova ekspedicija bila nepromišljena fantazija pustolova, san budućeg Aleksandra Velikog. Ne može biti dalje od istine. Bila je to manje opasna operacija od invazije na Englesku, koju je Napoleon upravo izabrao jer je bilo manje opasno", rekao je Vicent Cronin u knjizi 'Napoleon Bonaparte: intimna biografija'.

Četiri mjeseca kasnije, Napoleon je isplovio s više od pedeset hiljada vojnika, četiri stotine brodova, dvije hiljade oficira, tri stotine žena uključujući supruge i prostitutke i malu armiju inženjera, naučnika, arhitekata, matematičara i umjetnika. U zalazak sunca 1. jula 1798. ova velika ratna flota stupila je na egipatske plaže Aleksandrije, Rosette i Damiette. U samo dvadesetak dana zavladao je deltom Nila i spustio se prema Kairu. Ugledavši impresivne piramide u Gizi, zadrhtali su. Zatim su svrgnuli labavo organizirane mamelučke horde, okončavši tri stoljeća otomanske vladavine Egiptom u manje od dva sata.

"Vojnici, s vrha ovih piramida, četrdeset stoljeća vas promatra", upozorio je Napoleon svoje vojnike. Postigao je prvi od svoja tri cilja: pretvorio je zemlju u koloniju. Drugi je bio zadati udarac Indiji, najbogatijem posjedu Engleske. I treći, važniji od druga dva s kulturološke točke gledišta, bio je poučavati i naučiti sve što su mogli o Egiptu.

Kako je Napoleon vidio stvari, Francuzi su morali podučavati Egipćane jer su bili zaostali. Shvatio je da Francuska ima civilizacijsku misiju. U uputama čelnika vlade Direktorija – koje je napisao sam Bonaparte – uvjeravao je da će "upotrijebiti sva sredstva koja su mu na raspolaganju da poboljša sudbinu domorodaca". Odnosno, stavio bi im na raspolaganje najsavremenije medicinske, naučne i tehnološke spoznaje, kako bi zaslužio njihovu naklonost i prijateljstvo, unatoč tome što ih je osvojio.

Kad je stigao u Kairo, ubrzo je otkrio da je to siromašan grad. Osim tri prekrasne džamije i mamelučkih palača, glavni grad je bio golema zbirka koliba i tržnica koje su imale malo toga za prodati osim bundeva i hurmi koje su pojele muhe, devinog sira i neukusnog kruha. Ali bilo je to savršeno okruženje za podučavanje i pridobijanje domorodaca, umjesto da ih se uznemirava. Postavio je svoje sjedište u bivšoj palači mameluka i prepustio upravljanje glavnim gradom u ruke jednom od devet arapskih šeika koje je savjetovao jedan Francuz.

Nekoliko dana kasnije primio je pismo kao lošu vijest: 14 od 17 brodova koje je ostavio u zaljevu Abu Qir, na sjeveru, potopio je Horacio Nelson, pa su on i njegovi ljudi bili izolirani, bez mogućnosti za primanje opskrbe ili pojačanja. Napoleon je mirno reagirao na vijest i otišao na doručak sa svojim oficirima, a čim je vidio priliku, obavijestio ih je: «Čini se da im se sviđa ova zemlja. Sva sreća da tako razmišljaju, jer sada nemamo flotu koja bi nas vratila u Evropu. Nema veze, imamo sve što nam treba.“ Bonaparte je također shvatio da je kao zapovjednik okupacije odgovoran za vladu Egipta te je počeo izdavati naredbe i objavljivati dekrete.

Stvorio je tijelo od 189 istaknutih Egipćana u savjetodavne svrhe. Kako je objasnio, ovom mjerom bi se "plemići navikli da koriste ideje skupštine i vlade". U svakoj od četrnaest pokrajina, osim toga, stvorio je vladu od do devet članova, sve Egipćani, iako ih je također savjetovao francuski civil. Ove su organizacije pružale policijske usluge, opskrbu hranom i zdravstvene usluge. Pokrenuo je prvi redoviti poštanski sistem u Egiptu i diližansu između Kaira i Aleksandrije.

Otvorio je kovnicu za pretvaranje mamelučkog zlata u francuske eskude. Gradio je vjetrenjače, crtao karte i postavljao prve svjetiljke glavnog grada. Sagradio je bolnicu s tri stotine kreveta, organizirao četiri karantenska centra za kontrolu bolesti i štampao prve knjige na arapskom. To nije bio katehizam, nego priručnik o liječenju epidemija.

Najinteligentnije mjere bile su, međutim, vjerske. Tokom svog putovanja u Egipat Napoleon je već čitao Kur'an i opisao ga kao "uzvišenog". Svjestan koliko je ovo područje važno, u svom prvom proglasu je objavio: «Kadije, šejhovi, imami, recite narodu da smo mi pravi muslimani. Nismo li mi ljudi koji su uništili papu, koji je propovijedao vječni rat protiv muslimana?“ Toliko se upleo u tu ulogu da je uspjehe Francuske pripisao Allahu i s uvjerenjem izjavio da je on čovjek kojeg je Svevišnji poslao da protjera Turke i njihove mamelučke pristaše.

Napoleon je stoga od početka pokušavao pridobiti podršku vjerskih vođa. S muftijama je razgovarao o teologiji i rekao im da se divi Poslaniku Muhamedu a.s.. U čast Poslanikovog rođendana, organizirao je parade i naredio vatromet i salve iz vatrenog oružja. Jednog dana kada je bio u euforiji, čak je obećao da će izgraditi džamiju oko tri kilometra unaokolo u kojoj će se njegova vojska moliti. I na kraju je upitao muftije: jeste li spremni tražiti od Egipćana da se zakunu na vjernost Galima? Odgovorili su da se za to moraju podvrgnuti obrezivanju i odreći vina. Bonaparte je smatrao da je to previše integracije i postigao je dogovor. On će nastaviti štititi islam, a oni će tvrditi da je on Božji poslanik.

«Zahvaljujući toj vjerskoj toleranciji, Napoleon je uspio mirno okupirati i vladati zemljom koja je imala dvostruko veću površinu od Francuske. Suočio se s ozbiljnom pobunom u kojoj su najfanatičniji religiozni ljudi ubijali ljude iz njegova garnizona. Jean-Lambert Tallien, predstavnik vlade, pozvao ga je da zapali sve džamije i pogubi sve svećenike, ali Napoleon je to, naravno, odbio. Vođe je osudio na smrt i pustio da se pobuna sama ugasi. Nije se ponovilo”, naglašava Cronin.

Sada je već bilo jasno da se Napoleonu sviđa Egipat. Ne muhe, prljavština, bolest ili siromaštvo, već način života, historija i arhitektonsko bogatstvo. Zavolio je pustinju i uživao je prelaziti glatku, prostranu površinu pijeska na leđima deve, kao da je tamo rođen. Čak je nosio turban, ogrtač do gležnja i nosio zakrivljeni bodež. Najviše mu se, međutim, svidjelo ime kojim su ga Egipćani nazvali: Sultan El Kebir, nešto više od vrhovnog zapovjednika, čime je potvrdio da ga prihvaćaju kao glavnog vladara umjesto sultana iz Turske.

Bonaparte je uspio natjerati Egipćane da ga vide kao energičnog čovjeka, pedantnih navika, koji radi dvanaest sati dnevno za narod, unatoč zagušljivoj vrućini i uvijek u uniformi zakopčanoj do grla. Za njih je on bio veliki general koji je, unatoč zabrani korištenja biča, uspio održati disciplinu među svojim ljudima. Jednog dana grupa francuskih vojnika ukrala je hurme iz privatnog voćnjaka i nakon hapšenja ih je nekoliko sedmica tjerao da dva puta dnevno šetaju logorom unatrag, noseći ukradeno voće i natpis na kojem je pisalo: "Pljačkaši".

Drugom prilikom, korzikanski general je saznao da su, tokom sastanka sa šeicima, neki Arapi iz susjednih plemena ubili jednog seljaka i oteli mu ovce. Bonaparte je pozvao časnika Glavnog štaba i naredio mu da okupi 300 konjanika i 200 deva za progon i kažnjavanje pljačkaša. Egipćani su imali osjećaj da je među njima neko kome je napokon stalo do pravde.