Posebna vjerska organizacija bosanskih muslimana nastala je tek krajem 19. stoljeća, nakon što je završena era osmanske vlasti na ovom području. Odlukom tadašnjih velikih sila donesenom na Berlinskom kongresu 1878. godine pravo upravljanja Bosnom i Hercegovinom dato je Austro-Ugarskoj monarhiji, čime počinje novo razdoblje u historiji naše domovine.
Austrougarska okupacija Bosne i Hercegovine predstavljala je za bosanske muslimane jednu od najvećih prekretnica u njihovoj historiji. Zatekle sui h potpuno nove društvene i političke (ne)prilike u kojima su se teško snalazili.
Iako im je, prema sporazumu između Austro-Ugarske monarhije i Osmanskoga carstva bilo zagarantirano pravo da čuvaju duhovnu vezu sa halifom u Istanbulu, kao vjerskim poglavarom svih muslimana Carstva, bosanski su muslimani nakon okupacije suštinski ipak bili odsječeni od ostatka islamskoga svijeta. Nametnula se potreba za osnivanjem nekog tijela ili organizacije koja će voditi brigu o vjerskim pitanjima.
Godine 1882. osnovan je Ulema-medžlis, kao vrhovno tijelo za vjerska pitanja, i imenovana četverica članova tog medžlisa, što se uzima kao nukleus i godina osnivanja Rijaseta Islamske zajednice u BiH. Uvažavajući zahtjeve muslimanskih prvaka, austrijski car Franc Josef je 17. oktobra iste godine odobrio imenovanje reisu-l-uleme i članova Ulema medžlisa. Kao prvi reisu-l-ulema imenovan je Mustafa Hilmi efendija Hadžiomerović.
Svečano ustoličenje prvog reisu-l-uleme obavljeno je 15. decembra 1882. godine u Sarajevu, čime su zvanično prestale sve ingerencije koje je do tada istanbulski šejhul-islam imao nad islamskim životom u Bosni. Tako su bosanski muslimani dobili svoju islamsku organizaciju, koju njeguju i razvijaju već više od 140 godina. Islamska zajednica u Bosni i Hercegovini za to je vrijeme prošla kroz vrlo teška i turbulentna vremena, koja joj najčešće nisu bila naklonjena.
Hilmi efendija Hadžiomerović povukao se s pozicije vrhovnog poglavara bosanskih muslimana 1893. godine, a naslijedio ga je Mehmed Teufik Azabagić, koji je ovu dužnost vršio do 1909. godine. Treći po redu reisu-l-ulema Islamske zajednice bio je hafiz Sulejman efendija Šarac. Od 1913. do 1930. u vrlo teškim prilikama za vrijeme Kraljevine Jugoslavije poglavar bosanskih muslimana bio je čuveni Mehmed Džemaludin efendija Čaušević, a naslijedio ga je hafiz Ibrahim efendija Maglajlić. Od 1938. do 1942. godine dužnost reisu-l-uleme obavljao je Fehim efendija Spaho, a vršilac dužnosti nakon njegove smrti bio je Salih Safvet Bašić. Od 1947. do 1957. godine, kao poglavar muslimana Jugoslavije, imenovan je Ibrahim efendija Fejić, a nakon njega je reisu-l-ulema, sve do 1975, bio Sulejman efendija Kemura. Od 1975. do 1987. vrhovni vjerski poglavar muslimana u Jugoslaviji bio je hafiz Naim efendija Hadžiabdić, a nakon njega Husejin efendija Mujić, do 1989. godine. Od 1991. do 1993. godine reisu-l-ulema bio je Jakub efendija Selimoski. U toku oružane agresije na Bosnu i Hercegovinu za poglavara Islamske zajednice, prvo u svojstvu naibu reisa, a kasnije i sa menšurom reisu-l-uleme izabran je Mustafa efendija Cerić, koji je ovu dužnost obavljao 19 godina. Aktuelni reisu-l-ulema je Husein efendija Kavazović, prvi put izabran na ovu dužnost 2012. godine.
