Bošnjaci su tokom 16. i 17. stoljeća u velikom broju učestvovali u osmanskim osvajačkim pohodima po zapadnom Balkanu i srednjoj Evropi, kolonizirajući istovremeno gradove po Slavoniji i Mađarskoj. Po svjedočenju Evlije Čelebije, Budim je u 17. stoljeću bio obična bošnjačka varoš. Slično je stanje bilo u Požegi, Pečuhu i Stolnom Biogradu, gdje su Bošnjaci činili najveći dio stanovništva. Dio tog stanovništva napušta ove krajeve porazom Osmanlija u Bečkom ratu (1683–1699) i povlači se u Bosnu, dok znatan dio njih biva pogubljen ili pokršten.
Tokom 16 godina ratovanja, te uslijed kuge i gladi, bošnjačko stanovništvo Bosne veoma je stradalo. Najveća stradanja Bošnjaci Bosne, a posebno Sarajeva, pretrpjeli su 1697, prilikom kratkotrajnog prodora austrijskih četa pod komandom Eugena Savojskog. Među ostalim, tom je prilikom zauzeto i opljačkano Sarajevo, tada jedan od najvećih i najbogatijih gradova u evropskom dijelu Osmanskoga Carstva. Pri povlačenju austrijske vojske grad je zapaljen i skoro je do temelja izgorio.
Porazom u ratu krajem 17. stoljeća zaoštrava se početkom 18. stoljeća ekonomska i finansijska kriza Osmanske Države i dovodi u pitanje djelovanje klasičnih osmanskih institucija na čitavom području Carstva. Elementi te krize posebno se ispoljavaju u Bosni, koja sada postaje granična provincija Carstva, izložena stalnim napadima Austrije sa sjevera i zapada, Mletaka iz Dalmacije i Crnogoraca s jugoistoka, uz stalne podsticaje od Rusije i posebno Venecije. Tako već krajem 1714. izbija novi tursko-mletački rat. Mlećanima se u proljeće 1716. pridružila Austrija, čime su Bošnjaci bili neposredno ugroženi. Austrijski su odredi provalili u Bosnu i osvojili Gradišku, a nešto kasnije Dubicu i Kostajnicu. U sjeveroistočnoj Bosni osvojili su Dobor (kod Modriče), Brčko i Bijeljinu, dok su Novi, Bihać na Uni i Zvornik na Drini bez uspjeha opsjedali.
Ova ratovanja okončana su mirom u Požarevcu jula 1718, kojim je Austrija dobila Bijeljinu s uskim pojasom južno od Save do ušća Une. Zahvaljujući nastojanjima Dubrovčana da se osmanskom teritorijom zaštite i odvoje od mletačkih posjeda u Dalmaciji i Boki, Turci su na osnovi ovoga ugovora zadržali u sastavu Bosanskoga pašaluka dva uzana izlaza na more. To su Neum s poluotokom Klekom i dolina rječice Sutorine, koja se ulijeva u Toplanski zaliv na ulazu u Boku kotorsku.
Austrija je zajedno s Rusijom 1736. ponovo zaratila protiv Osmanske Carevine s ciljem da osvoji Bosnu i druge turske posjede na Balkanu. Na vijesti o austrijskim pripremama za rat, na poziv vezira Hećimoglu Ali-paše, krajem maja 1737. u Travniku su se sastali bošnjački prvaci i odlučili da ustanu na oružje, uprkos naređenjima iz Carigrada da ostanu mirni, kako ne bi izazivali Austriju.
Pred upad u Bosnu izdao je car Karlo V juna 1737. proglas bosanskom pučanstvu, kojim poziva sve hrišćansko stanovništvo da se pridruži njegovim četama, a što se Bošnjaka (Turaka) tiče, jamči se lična i imovinska sigurnost onima koji ostanu mirni i dobrovoljno se predaju. U tom slučaju svojinom i imovinom mogu slobodno raspolagati i otići kuda žele. Oni koji bi ostali moraju se pokrstiti, jer im pod Austrijom zakon svoje vjere mjesta imati ne može.
Suočeni s prijetnjom egzistencijalnoga i duhovnog uništenja i protjerivanja sa svoga rodnog tla, Bošnjaci su sami, bez pomoći centralne vlasti, pružili na svim bojištima odlučan otpor, posebno glavnini austrijske vojske koja je opsjedala Banju Luku, ali grad nije uspjela zauzeti. Ubrzo je pristigla glavnina bošnjačke vojske kojom je komandovao Ali-paša Hećimoglu i udarila na Austrijance, te ih je 4. 8. 1737. potpuno razbila. Austrijanci su se morali povući preko Une i Save i ostaviti na miru cijelu zapadnu Bosnu. Dio Bošnjaka potom se prebacio u zapadnu Srbiju, gdje su 12. 10. 1737. kod Valjeva potukli jake austrijske snage, pomažući tako pothvate sultanovih jedinica koje su nadirale s juga, sve do bitke kod Grocke, nedaleko od Beograda, 23. 8. 1739, u kojoj su Austrijanci potpuno poraženi.
Beogradskim mirom 1. 9. 1739. Austrijanci su među ostalim izgubili sve posjede koje su Požarevačkim mirom stekli u Bosni. Beogradskim mirovnim ugovorom granica između Habsburškoga i Osmanskoga Carstva trajno se učvrstila na Savi i Dunavu. Za bosanske muslimane svi su ovi ratovi tokom XVIII st. imali narav jednoga neprekidnog pravog otadžbinskog rata, jer im je Austrija, uz ostale evropske sile, prijetila fizičkim uništenjem, nasilnim kulturnim iskorjenjivanjem i istrebljenjem s rodnoga tla.
