Nova i vrlo teška i složena situacija nastupila je za sve Bošnjake slomom i raspadom Kraljevine Jugoslavije u aprilskom ratu 1941, njemačko-italijanskom okupacijom i proglašenjem Nezavisne Države Hrvatske (NDH). Ustašku je državu odmah po njenom proglašenju 10. IV 1941. podržala manja grupa muslimanskih građana, političkih protivnika JMO i braće Spaho, koje je predvodio Hakija Hadžić. Da bi oponirao JMO, Hadžić je na skupštinske izbore decembra 1938. izašao s vlastitom listom tzv. Muslimanske organizacije HSS, koja je pretrpjela potpun izborni poraz. Nakon toga, vodstvo HSS, posebno J. Šutej, odbacuju ga, pa se Hadžić politički približava frankovcima.
Hadžić je sa svojim istomišljenicima, posebno jednim brojem vjerskih službenika, nastojao na prvom mjestu djelovati kod A. Pavelića ukidanje ustava IVZ iz 1936. i donošenje novoga zakona o Islamskoj zajednici koji bi odgovarao njegovim pristalicama, posebno onima iz reda uleme. Pavelić je 14. VIII 1941. primio predstavnika bivše JMO s Dž. Kulenovićem na čelu, čime je dio vodstva ove stranke pristao uz ustašku NDH i stavio se u njenu službu. Kako je Kulenović nakon toga ušao u Vladu NDH, to je kao politički jači i utjecajniji uspio spriječiti usvajanje Hadžićevog projekta zakona o IVZ.
Većina je unutar same IVZ bila protiv promjene ustava dok traje rat jer, kako se isticalo, u tim teškim prilikama narod ima prečega posla nego da „vodi računa o vjerskom ustavu i hodžama“. Jedan dio bivšega vodstva JMO stajao je od samoga početka rata i proglašenja NDH u izvjesnoj opoziciji prema ustaškoj državi. Ovaj dio bošnjačkoga građanskog političkog vodstva je priželjkivao, i u tom smislu preduzimao i konkretne korake kod Nijemaca, izdvajanje Bosne iz NDH i njenu autonomiju pod njemačkim protektoratom.
U ustašku propagandu o bošnjačkom stanovništvu kao navodno rasno najčistijem dijelu hrvatskoga naroda lijepili su se uglavnom razni otpadnički elementi među Bošnjacima. Najveći se dio bošnjačkoga građanstva već krajem ljeta i u jesen 1941. otvoreno ogradio od ustaške politike masovnoga progona i istrebljenja srpskoga i jevrejskog stanovništva. Prvi takav protest protiv ustaških zločina došao je sa skupštine Udruženja ilmije (vjerskih službenika) „El-Hidaje“ održane u Sarajevu 14.VIII 1941.
Nakon toga, u razdoblju septembar-decembar 1941. donesene su i objavljene u Prijedoru, Sarajevu, Mostaru, Banjoj Luci, Bijeljini i Tuzli rezolucije s potpisima velikoga broja muslimanskih građana, u kojima se osuđuju ustaški zločini, odlučno se ograđuje od onih pojedinaca Bošnjaka koji su sudjelovali u vršenju tih zločina, te se iznose podaci o progonima i stradanjima samih Bošnjaka. Rezolucije su u datim okolnostima nesumnjivo predstavljale čin određene građanske hrabrosti, ali je njihova intonacija iz opreza neujednačena. U njima se osuđuju ustaški zločini, ali se okupacija zemlje i kvislinški režim NDH kao takvi ne dovode izravno u pitanje.
Bošnjačko je građanstvo u više mjesta BiH također odlučno ustalo u zaštitu Roma od progona i deportacije. Poseban odbor koji je u tu svrhu osnovan u Sarajevu izradio je opsežnu predstavku, u kojoj se dokazivalo da je napad na tzv. „bijele Cigane“ (Avliji) ujedno i napad na muslimane. Predstavka je istovremeno predana ustaškim i njemačkim vlastima, pa je ustaško ministarstvo unutrašnjih poslova, plašeći se daljih protesta Bošnjaka, naredbom od 30.VIII 1941. obustavilo progon i deportiranje „bijelih Cigana“ iz BiH. „El-Hidaje“ se također javno ogradila od djelovanja Akifa Handžića, „ustaškog muftije“ u činu pukovnika, mada je istovremeno jedan broj njenih članova djelovao u svojstvu tabor-imama u oružanim formacijama NDH.
Nasuprot njima, veći broj pripadnika ilmije se opredijelio za antifašističku borbu. Među vijećnicima AVNOJ-a, odnosno ZAVNOBiH-a, bili su i četverica džematskih imama (hadži Mehmed Mujkić iz Kotor-Varoši, hafiz Halil Sarajlić iz Lišnje kod Prnjavora, Omer Maksumić iz Doljana kod Konjica i Sulejman Topić iz V. Kladuše). Istaknuti saradnici i učesnici antifašističke borbe bili su također Ibrahim Begić, džematski imam iz Koraja kod Brčkog, hadžija Hasić, imam iz Aladinića (Stolac), Husein Mujić, imam iz Zeljine kod Gradačca (kasniji reisul-ulema, 1987–1989) i dr.
Zbog saradnje s NOP-om, Nijemci su ubili više pripadnika ilmije koji su sudjelovali u organiziranoj antifašističkoj borbi, a među njima i Smaila Buljubašića, imama iz Vrnograča (Cazin), Mehmeda Sabljakovića iz Pećigrada i dr. Od viših službenika IVZ aktivni saradnik Narodnooslobodilačkog pokreta (NOP-a) bio je penzionirani šerijatski sudija iz Banje Luke Muhamed Maglajlić; njegova kćerka Vahida jedina je Bošnjakinja koja je proglašena za narodnog heroja. Krajiška ilmija 1944. izdala je rezoluciju s potpisima 34 imama koji pozivaju sve Bošnjake muslimane da se pridruže NOP-u.
Tokom ljeta i jeseni 1941. brojno bošnjačko stanovništvo, posebno seljaštvo, osobito u istočnoj Bosni, istočnoj Hercegovini i Bosanskoj krajini, bilo je izloženo pljački i masovnim ubistvima od šovinistički orijentisanih ustanika, naročito od četnika Draže Mihajlovića. Posebno su od četnika stradali Bošnjaci na području srezova istočne Bosne (Foča, Čajniče, Goražde, Višegrad, Vlasenica, Srebrenica i Rogatica). Pobijeno je više desetina hiljada muškaraca, žena i djece, a preživjeli su tražili spas u napuštanju svojih domova, pa je veliki broj prognanika (muhadžira) preplavio Sarajevo, Visoko, Mostar, Banju Luku, Bosansku Gradišku, Tuzlu, Brčko, Gradačac i druga mjesta u srednjoj i sjeveroistočnoj Bosni.
Sve je to široke slojeve bošnjačkoga naroda stavilo pred nova teška iskušenja. Prema rezultatima novijih istraživanja, navodi prof. dr. Mustafa Imamović, u toku rata od 1941. do 1945. pobijeno je, uglavnom na genocidnoj osnovi, 103.000 Bošnjaka, što čini 8,1 % od očekivanoga prirodnog prirasta bošnjačkog stanovništva. Preko Udruženja ilmije „El-Hidaje“ organizirano je prikupljanje dokumentacionoga materijala o četničkim i ustaškim pokoljima i zlodjelima. Istovremeno je osnovan Odbor narodnog spasa s istim ciljevima: naoružavanje Bošnjaka za odbranu njihovih sela i obavještavanje savezničke javnosti o četničkim, ustaškim i njemačkim zločinima nad bošnjačkim stanovništvom. O tome je izrađen poseban izvještaj i tajno upućen u Kairo egipatskom premijeru Nahas-paši. Tim je povodom Nahas-paša protestirao kod Britanaca protiv četnika, a preko Crvenog polumjeseca povedena je akcija za pomoć bošnjačkom stanovništvu u BiH i Sandžaku.
Onaj dio bošnjačkoga građanstva koji nije prihvatio NDH i njenu politiku, težeći izdvajanju Bosne i Hercegovine iz njenoga sastava, smatrao je da se u svim ugroženim područjima Bošnjaci moraju naoružati i sami braniti. Tako je u mnogim krajevima, posebno na selu, došlo do osnivanja i naoružavanja muslimanske milicije, koja je imala zadaću braniti sela od mogućeg četničkog napada, a u pojedinim slučajevima učestvovala je i u borbama protiv jedinica partizanske vojske pod vodstvom KPJ, zvane Narodnooslobodilačka vojska (NOV).
Spomenuti građanski krugovi računali su s ovom milicijom kao svojim vojnim osloncem pri eventualnim kasnijim političkim pregovorima o budućnosti Bosne i Hercegovine, nakon pobjede saveznika. Oni su 1. XI 1942. zatražili od Nijemaca oružje za ovu miliciju da bi se uspješnije branili od četnika. Istovremeno su zatražili da se Bosna i Hercegovina, osim dijela jugozapadne Bosne i dijela Hercegovine, privremeno, formalno u okviru NDH, organizira kao posebna političko-administrativna jedinica pod nazivom Župa Bosna, koja bi bila pod izravnim njemačkim protektoratom. Postojeća muslimanska milicija bi prerasla u „Bosansku stražu“ kao oružanu snagu te župe. Naoružanje, opremanje i obuku te bosanske straže preuzela bi njemačka armija.
Ovaj zahtjev je u biti predstavljao pokušaj određenih muslimanskih građanskih krugova da u datim okolnostima Bosnu i Hercegovinu faktički izdvoje iz sastava NDH. Istovjetna i vremenski usklađena politička akcija vođena je i u Hercegovini. Kako je Hercegovina spadala u Huseinija italijansku okupacionu zonu, to je cijela akcija bila usmjerena prema Rimu. U njoj je izravno učestvovao hafiz Omer ef. Džabić, hercegovački muftija, po nekim navodima kasniji aktivni saradnik NOP-a.
Nijemci su to iskoristili tako što su od Bošnjaka iz BiH formirali jednu SS-diviziju. Dž. Kulenović, H. Hadžić i ustaške vlasti općenito su bili protiv ove ideje, smatrajući da je neodrživo da se podanici NDH regrutuju u jednu stranu vojnu formaciju. Nijemci su bez obzira na to vršili pripreme za osnivanje divizije. Oni su u to uključili i velikog palestinskog muftiju El-Huseinija, koji je posjetio Banju Luku i Sarajevo, zalažući se za vojačenje Bošnjaka. Neki muslimanski političari su smatrali da će preko velikoga muftije postići određene rezultate u pogledu zaštite od četnika i općenito svojih širih političkih ciljeva vezanih za autonomiju BiH.
Tokom 1943. divizija je sastavljena i upućena na obuku u Francusku. U jednom bataljonu, smještenom u gradu Villefrancheu, izbila je tokom obuke pobuna, koju su Nijemci ugušili u krvi. Po završetku obuke divizija se vratila u BiH i borila protiv partizanske vojske. Tokom 1944. divizija se praktično raspala, a jedan dio njenih pripadnika predao se partizanima. Istovremeno i znatan dio pripadnika muslimanske milicije prilazi NOP-u i stupa u partizanske jedinice, bez obzira na činjenicu što su partizani ranije nastojali svim sredstvima da je razoružaju.
Od početka ustanka stupio je u partizanske jedinice jedan broj Bošnjaka, često tražeći izbavljenje u danima rata i genocida. Neki od njih od početka rata nalazili su se na odgovornim vojnim i političkim dužnostima, a skoro 50 Bošnjaka proglašeno je narodnim herojima. U mnogim gradovima, posebno u Sarajevu, Mostaru, Tuzli, Banjoj Luci i dr. veliki broj građana Bošnjaka uključio se od početka okupacije u ilegalni rad, sudjelujući na taj način aktivno u razvitku NOP-a.
Odmah po izbijanju ustanka 1941. osnovana je na Romaniji u selu Šatorovićima (Rogatica) muslimanska partizanska četa pod komandom Muje Hodžića, koja je ubrzo prerasla u bataljon. Uz Bošnjake iz rogatičkog, i Bošnjaci iz fočanskog i prozorskog kraja, zatim iz dijela Sandžaka, Mostara, Banje Luke, Sarajeva, Tuzle, Bihaća i Zenice stupali su na početku ustanka u nešto većem broju u partizanske jedinice. Pri raznim partizanskim odredima – kalinovačkom, južnohercegovačkom i krajiškom – osnivaju se muslimanske čete i bataljoni.
Tokom 1941/1942. osnovani su Konjički partizanski bataljon, poznat kao „Mostarski bataljon“, partizanska četa „Mustafa Golubić“ Južnohercegovačkog NOP odreda, Prozorska partizanska četa, kasnije bataljon, Muslimanski vod iz Dživara kod Trebinja, Muslimanska četa Zeničkog NOP bataljona i Omladinska četa Bošnjaka iz Orahove u Drugom krajiškom NOP odredu. Do masovnoga stupanja Bošnjaka u Narodnooslobodilačku vojsku dolazi početkom druge polovine 1943, posebno u Posavini, oko Tuzle i u Bosanskoj krajini.
U Bukviku kod Brčkog 21. IX 1943. osnovana je 16. muslimanska udarna brigada. Velik dio boračkoga sastava raznih drugih jedinica NOP-a činili su Bošnjaci iz cijele BiH, Sandžaka, Plava itd. Priliv Bošnjaka boraca u partizanske jedinice osobito se povećao nakon oslobođenja Tuzle 2. X 1943. Krajem 1943. i početkom 1944. Bošnjaci Cazinske krajine masovno ulaze u redove NOV. Već 28. XII 1942. u Cazinu je formirana 8. krajiška (muslimanska) brigada. Tokom 1943. i 1944. i na tom se terenu osniva više velikih muslimanskih partizanskih formacija. Prvi je bio Cazinski NOP odred, osnovan 8. IX 1943. Potom je 2. II 1944. osnovan Štab Unske operativne grupe, koji je rukovodio djelovanjima partizanskih jedinica u Cazinskoj krajini. U Velikoj Kladuši 8. II 1944. osnovana je Prva muslimanska brigada Unske operativne grupe, a samo mjesec dana kasnije i druga brigada iste operativne grupe.
Od marta do augusta 1944. u okviru iste operativne grupe osnovana su još dva NOP odreda, 14. V 1944. kod Prozora je osnovana 17. krajiška NOU brigada. Sastav svih ovih jedinica činili su isključivo ili većinom Bošnjaci. Ako se tome dodaju brojni Bošnjaci u raznim drugim NOP jedinicama, onda to pokazuje da su oni dali velik doprinos antifašističkoj borbi. I pored toga, brojni Bošnjaci, kao i mnogi drugi sudionici antifašističke borbe, doživljavali su poslije progone u poretku koji je uspostavljen na južnoslavenskim područjima nakon uspješnog okončanja te antifašističke borbe.
Osnivanjem posebnih muslimanskih jedinica u okviru NOV-a rukovodstvo NOP-a uzimalo je u obzir posebnost kulturnog i političkog razvitka Bošnjaka, iskazujući time u to vrijeme na djelu svoju politiku nacionalne ravnopravnosti. Ta je politika tada najdosljednije izražena u odluci da se BiH utemelji kao posebna federalna jedinica u okviru nove demokratske i federativne Jugoslavije. U skladu s tim, 25. i 26. XI 1943. u Mrkonjić-Gradu održana je osnivačka skupština, odnosno Prvo zasjedanje Zemaljskog antifašističkog vijeća narodnog oslobođenja BiH (ZAVNOBiH).
Najviše političko predstavništvo naroda BiH izjasnilo se za federativno uređenje Jugoslavije, u kojoj će BiH biti ravnopravna federalna jedinica, unutar koje će Bošnjaci, zajedno sa Srbima i Hrvatima, živjeti u slobodi, ravnopravnosti i jednakosti. Kako je na Drugom zasjedanju Antifašističkog vijeća narodnog oslobođenja Jugoslavije (AVNOJ-a) konačno ozakonjena odluka o federativnom uređenju Jugoslavije, to je na Drugom zasjedanju ZAVNOBiH-a, u Sanskom Mostu od 30. VI do 2. VII 1944. nizom odluka faktički utemeljena BiH kao posebna i ravnopravna federalna jedinica u novoj Jugoslaviji.
Tom je prilikom donijeta i posebna deklaracija o pravima građana BiH, kojom se njenim građanima i narodima – Bošnjacima, Srbima i Hrvatima – pravno osigurava i jamči jednakost i ravnopravnost koju su oni izvojevali u zajedničkoj borbi protiv okupatora i domaćih izdajnika. Sličnu odluku o ravnopravnosti Bošnjaka donio je i ZAVNO Sandžaka, osnovan 20. XI 1943. u Pljevljima. Njegove odluke potvrđene su od ZAVNO Crne Gore i Boke Kotorske, na zasjedanju u Kolašinu 14. VII 1944. te na Velikoj antifašističkoj skupštini narodnoga oslobođenja Srbije u Beogradu 11. XI 1944.
Na svom Trećem zasjedanju u oslobođenom Sarajevu od 26. do 28. IV. 1945. ZAVNOBiH se uobličio u Narodnu skupštinu BiH, a istovremeno je već 28. aprila osnovana prva Narodna vlada BiH. Proces oblikovanja državnosti BiH dovršen je donošenjem prvoga Ustava NRBiH 31. XII 1946. Time je, kao rezultat narodno-oslobodilačke borbe, uspostavljen državnopravni okvir koji je Bošnjacima kao cjelini pružao, u načelu, široke mogućnosti za svestran ekonomski, politički i kulturni razvitak.
