Muftije u Bosni i Hercegovini nisu bile pošteđene od progona i stradanja. Muftijstvo mostarsko nedavno je izdalo knjigu autora Ahmeda Mehmedovića pod naslovom „Muftije Mostara i Hercegovine“, u kojoj se navode primjeri koji to potvrđuju.
Mehmedović piše da je znameniti mostarski muftija i nenadmašni pravni pisac Ahmed-efendija Mostarac osuđen na progonstvo u Skoplje 1745. godine. Travnički muftija (šejh hadži Muhammed-efendija ili njegov sin Sa'id Abdurrahim-efendija) 1780. godine bio je protjeran u tvrđavu Vranduk.
Iste godine protjeran je beogradski muftija Muhammed Sai'd-efendija Šehović (unuk znamenitog užičkog šejha Muhammeda), kasniji bosanski munla u četiri navrata. (Bašeskija, Ljetopis, str. 191, 193)
Travnički muftija Ahmed Rešid-efendija protjeran je 1800. godine na otok Bozdža. Nekoliko godina kasnije protjeran je u Skoplje travnički muftija hadži Osman-efendija (Isević, Ahvali Bosna). Muftija Mustafa Sidki-efendija Sarajlić, prilikom pobune mostarskih ajana, dvadesetih godina 19. stoljeća, jedva je sačuvao živu glavu uz pomoć prijatelja koji su ga štitili od zavađenih Mostaraca.
Hasan-efendija Čelebi Čulić, tešanjsko-žepački muftija, platio je glavom 1831. godine jer nije donio fetvu da se ustane protiv sultana. Gradaščević je naredio njegovo pogubljenje u tvrđavi Samobor kod Goražda. Na sličan način stradao je i travnički muftija (vj. Ataullah-efendija Čohadžić), a neka ulema je morala bježati glavom bez obzira.
Livanjski muftija Šakir-efendija Kuvidlić protjeran je u Anadol 1836. godine. Mehmedović navodi i slučaj mostarskog muftije Mustafe Sidki-efendije Karabega, kojeg je razjarena rulja 1878. godine izmasakrirala jer je odbio izdati fetvu za unaprijed izgubljeni rat. Ti „junaci“, kada je austrougarska vojska bila nadomak Mostara, „zavukli su se u mišije rupe“ i mjesecima krili po podrumima i mostarskim čikmama, a samo nekoliko godina muftija Karabeg je vlastitim grudima dočekivao neprijateljske bajonete na padinama Veleža i drugih okolnih planina, pa sve do Nikšića i Cetinja.
Zbog učestalog protjerivanja pojedinih bosanskohercegovačkih muftija u tvrđavu Vranduk kod Zenice, nastala je pomalo sarkastična izreka: „Otišao u Vranduk na muftiluk!“
Prof. dr. Faruk Taslidža piše da je knjiga Ahmeda Mehmedovića na akademskom nivou urađena studija koja predstavlja bitan prilog u proučavanju kulturne historije Bosne i Hercegovine, s posebnim fokusom na instituciju Mostarskog muftijstva. Produkt je to Mehmedovićevog entuzijazma, ali i naučnog pregnuća započetog kritičkim sagledavanjem dosadašnje literature, odnosno brojnih publikacija iz pera Safvet-bega Bašagića, Mehmeda Handžića, Sejfudina Kemure, Hazima Šabanovića, Alije Bejtića, Omera Mušića, Hivzije Hasandedića i drugih istraživača starije i novije generacije.
Bez sumnje, tvrdi Taslidža, Mehmedović nam je dodatno pojasnio ulogu muftija u vjerskom i društveno-političkom smislu, kao i značaj njihovih fetvi od kojih je uglavnom i zavisilo ponašanje odgovornih muslimana.
