Općenito se smatra da je vjerskim životom srednjovjekovne Bosne dominirala Crkva bosanska, čije su se pristalice same nazivale krstjanima ili naprosto ljudima, a njihovi protivnici na Istoku i Zapadu zvali su ih bogumilima, babunima, patarenima, ili jednostavno hereticima. Doktrina Crkve bosanske bila je u osnovi monoteistička, tj. kršćanska, ali u značajnoj mjeri prožeta elementima manihejstva, pa su je odatle protivnici i s Istoka i sa Zapada držali za jednu dualistički herezu.
Tokom posljednjeg stoljeća samostalnosti bosanske države njena vjerska slika postepeno se mijenja. Već je odranije u Humu živjelo nešto pravoslavnih Slavena i Vlaha (stočara). Vremenom uz istočne granice Bosne brojno jača pravoslavno stanovništvo, koje se pred osmanskim nadiranjem povlači prema zapadu. Što se tiče srednje Bosne, u njoj se uz tradicionalne bosanske krstjane javljaju katolici, zahvaljujući intenzivnom franjevačkom prozelitističkom radu kroz cijelo jedno stoljeće. Tako je Bosna u vrijeme osmanskog osvajanja bila nastanjena Slavenima koji su pripadali trima vjerskim skupinama.
U Bosni je, kao i drugdje, uvijek potrebno razlikovati religiju kao doktrinu od religije kao društvene realnosti. Sve vjerske tradicije razvijale su se iz relativno razvijenih gradskih sredina, kao proizvod određenih vladajućih i obrazovnih klasa i slojeva. Njihovo učenje i praksa dopiru do sela i seoskih slojeva u manje ili više rudimentarnoj formi. Gradovi se u srednjovjekovnoj Bosni razvijaju vrlo kasno, uglavnom u 14. i 15. stoljeću, kao zanatlijske kolonije stranaca, a posebno kao elementi katoličke restauracije, koju vode franjevci. Veze bosanskog seljaštva s ovim gradovima i općenito sa strancima bile su slabe i marginalne.
I upravo je činjenica da nijedna od triju crkava na tlu Bosne nije u bosanskom seljaštvu imala čvrst oslonac i značajniji utjecaj omogućila masovno, mada postepeno prihvatanje islama. Sigurno je da su islam prihvatali pripadnici sve tri religije u Bosni. Prema tome, prihvatanje islama od brojnih Dobrih Bošnjana tokom prvog vijeka osmanske vladavine rezultat je i dinamizma nove vjere i države, a ne isključivo bosanske predisponiranosti za konverziju zbog pripadanja heretičkim učenjima, kako se to zna zaključivati.
