Poslije prvog suđenja, Haški tribunal je obojicu 2013. godine oslobodio krivice po istoj optužnici, ali je 2015. godine usvojio žalbu tužilaca i naložio novo suđenje, koje je počelo 2017. godine.
U završnoj riječi tužitelji su zatražili da sud Stanišića (71), bivšeg načelnika SDB-a Srbije, i Simatovića (71), glavnog Službinog operativca, osudi na kaznu doživotnog zatvora zbog progona, ubistava, deportacija i prisilnog premještanja Hrvata i (tadašnjih) Muslimana u periodu 1991-1995.
Ta krivična djela u optužnici su kvalificirana kao zločini protiv čovječnosti i kršenje zakona i običaja ratovanja.
Branioci su zatražili da Stanišić i Simatović budu oslobođeni, jer njihova “krivica nije dokazana”.
Po optužnici, Stanišić i Simatović bili su protagonisti udruženog zločinačkog poduhvata, na čelu s predsjednikom Srbije Slobodanom Miloševićem, čiji je cilj bilo uspostavljanje srpske dominacije na dijelovima Hrvatske i Bosne i Hetrcegovine nasilnim uklanjanjem nesrpskog stanovništva.
Kako su tvrdili tužitelji, “smrtonosan doprinos“ tom poduhvatu Stanišić i Simatović dali su preko “specijalnih jedinica“ SDB-a Srbije koje su počinile zločine u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini – Crvenih beretki, Srpske dobrovovljačke garde Željka Ražnatovića Arkana i Škorpiona.
Odbrana je pobijala da su te formacije bile u sastavu SDB-a Srbije i pod komandom Stanišića i Simatovića, prikazujući ih kao odmetnike ili jedinice bivše samozvane republike srpske Krajine ili tadašnje Republike Srpske.
Po braniocima, pripadnici SDB-a Srbije u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini “legitimno su prikupljali obavještajne podatke ili su zakonito štitili tamošnje Srbe i sprečavali prelijevanje rata u Srbiju”.
O djelovanju srbijanskog SDB-a u Bosni i Hercegovini svjedočio je osuđeni ratni zločinac Miroslav Deronjić, dugogodišnji predsjednik SDS-a i predsjednik Kriznog štaba u Bratuncu.
Značajan segment njegovog svjedočenja odnosio se na prisustvo Crvenih beretki u ovom dijelu istočne Bosne. Tako je Deronjić opisao sastanak koji je dugogodišnji zapovjednik ovih zloglasnih formacija i drugi čovjek srbijanskog SDB-a Frenki Simatović držao sa funkcionerima Bratunca, Zvornika i Višegrada u junu 1992. u Bajinoj Bašti. "Frenki je rekao da mi trebamo izvršiti ono što je dogovoreno na najvišim nivoima vojnih, političkih i državnih krugova Republike Srpske i Srbije. U našim opštinama treba da se uspostave centri za obuku vojnika sa instruktorima koji bi dolazili iz srbijanske policije. Ako se tačno sjećam, pomenuo je da je to bilo pod Trećom upravom srbijanskog MUP-a". Po Deronjićevim navodima, Simatović je rekao da će te jedinice sarađivati sa VRS, ali će on komandovati njima. Jedan od kampova Crvenih beretki će naredne godine biti stacioniran u zgradi obdaništa u Bratuncu. Pripadnici Crvenih beretki su učestvovali u vojnim operacijama na ovom području, a svo vrijeme plaće su primali od MUP-a Srbije, odakle su redovno dobijali pošiljke naoružanja. Komanda Crvenih beretki za područje Podrinja bila je na planini Tari, u hotelu Omorika gdje je Simatović često boravio. Deronjić je potvrdio da su u borbama oko Srebrenice početkom 1993. učestvovale padobranska jedinica iz Niša i pripadnici Valjevskog korpusa.
Ponovljeno suđenje Stanišiću i Simatoviću posljednji je proces pred haškim sudom, u kojem se utvrđuje da li su zvaničnici Srbije bili odgovorni za ratne zločine počinjene u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini.
Pred Haškim tribunalom i njegovim nasljednikom, sudskim Mehanizmom, do sada nijedan funkcioner Srbije nije proglašen krivim za ta zlodjela.
Postupak protiv Stanišića i Simatovića, uključujući prvo i ponovljeno suđenje, traje već 18 godina.
To je najduži postupak u historiji suda u Hagu, budući da su Stanišić i Simatović optuženi i uhapšeni u proljeće 2003. godine.
Proces neće biti okončan ni kada 30. juna kada bude izrečena presuda, zato što i optužba i odbrana imaju pravo žalbe.