Osnovan 1888. godine, Zemaljski muzej je najstarija moderna kulturna i naučna ustanova zapadnog tipa u zemlji. Prva ideja o osnivanju muzeja seže još u polovinu 19. stoljeća, dok je prostor Bosne i Hercegovine - kao Bosanski pašaluk - pripadao Osmanskom carstvu. Ipak, ideja je realizovana gotovo četiri decenije kasnije dolaskom nove vlasti. 

Austro-Ugarska je okupirala Bosanski pašaluk 1878. godine, donijevši nove političke i društvene ciljeve, običaje i vrijednosti. Oni su uključivali i promociju nauke kroz istraživanje, akademski i institucionalni razvoj. 

Kao jedna od još uvijek neistraženih zemalja Balkana, Bosna i Hercegovina je privlačila zanimanje mnogih naučnika, naročito onih iz Austro-Ugarske, ali i pažnju pseudonaučnika i lovaca na blago. To je već prvih godina okupacije rezultiralo iznošenjem spomenika kulture s prostora Bosne i Hercegovine.

Takvo je stanje ubrzalo je ostvarivanje ideje o osnivanju muzeja: prvo je osnovano Muzejsko društvo, a zatim i Zemaljski muzej 1. februara 1888. godine. Zemaljska vlada, kao osnivač institucije, imenovala je za direktora Muzeja vladinog savjetnika Kostu Hörmanna.

Prostor u kome je Muzej bio prvobitno smješten, u tadašnjem centru grada, ubrzo je postao suviše skučen i nepodesan za zbirku koja je rasla, pa je 1909. godine počela izgradnja novog muzejskog kompleksa od četiri paviljona i Botaničkog vrta, koji je završen i otvoren 1913. Dugo vremena bio je to jedini namjenski izgrađen muzejski kompleks na prostoru bivše Jugoslavije. U njemu je Zemaljski muzej Bosne i Hercegovine smješten i danas.