Pred kraj rata (1995. godine) Tomislav Matanović, svećenik rimokatoličke župe u Prijedoru, nestao je zajedno sa svojim roditeljima, Josipom Matanovićem i Božanom Matanović. Svećenik Matanović uhapšen je u svojoj porodičnoj kući od policijskih snaga Republike Srpske 24. 8. 1995. godine. Nakon kraćeg pritvaranja u policijskoj stanici „Urije“, vraćen je usvoju kuću, gdje je ostao pod nadzorom policije.

Porodica Matanović je odvedena je u policijsku stanicu „Urije“ 19. septembra od kad im se gubi svaki trag.  Republika Srpska je porodicu Matanović ponudila za razmjenu 21. 12. 1995. i 23. 3. 1996. godine, ali oni nisu ni razmijenjeni, ni oslobođeni. Nakon upornih zahtjeva da se porodica Matanović razmijeni, počeli su stizati razni nejasni i kontradiktorni odgovori od Republike Srpske.

Ombudsmen za ljudska prava, kao tek formirana institucija, zaprimio je prijavu o ovom slučaju, o navodnim kršenjima ljudskih prava porodice Matanović. U tom trenutku vjerovalo se da su Matanovići i dalje živi. Ombudsmen za ljudska prava je u svom izvještaju zaključio da postoji kršenje Evropske konvencije i Općeg okvirnog sporazuma, jer su ove tri osobe bile u pritvoru nakon 14. 12. 1995. godine.

Nakon bezuspješnog rješavanja navedenog slučaja ombudsmen je 6. 6. 1996. godine pokrenuo postupak pred Domom za ljudska prava. Dom je bio privremeni hibridni sud sa ciljem provođenja odredbi Dejtonskog mirovnog sporazuma i sprečavanja kršenja ljudskih prava na području Bosne i Hercegovine, odnosno Dom je trebao biti prelazno rješenje dok Bosna i Hercegovina ne bude spremna za članstvo u Vijeću Evrope i Evropskom sudu za ljudska prava.

Nakon nekoliko pisanih obraćanja tuženoj strani da dostavi informacije o navedenim osobama nikad nikakav odgovor nije dostavljen. Dom traži od Republike Srpske da podnese pisana zapažanja o meritumu predmeta do 10. 10. 1996. godine. Početkom 1997. godine Dom je pozvao nekoliko svjedoka na saslušanje. Prva dva svjedoka su bili Franjo Komarica, biskup banjalučki, i Berislav Pusić, šef Ureda za razmjenu zarobljenika i nestale osobe Federacije Bosne i Hercegovine. Na sljedećem zasjedanju Dom je pozvao dodatne svjedoke: Amora Mašovića, predsjednika državne Komisije za nestale osobe i Dragana Bulajića, bivšeg šefa državne Komisije za razmjenu ratnih zarobljenika i nestale osobe Republike Srpske.

Tokom rasprave o meritumu predmeta tužena strana je negirala da su Matanovići uhapšeni i pritvoreni, već su tvrdili da su oni napustili teritoriju Republike Srpske autobusom 10. 10.1995. godine na teritoriji Teslića.

Prvo pitanje na koje je Dom nastojao odgovoriti jeste da li su Matanovići uopće nestali. Uzimajući u obzir svjedočenje Franje Komarice i istragu koju su provele Internacionalne policijske snage Ujedinjenih naroda (IPTF) te nedostatak volje tužene strane da ispita ovaj predmet, dokazuje se da su Matanovići 19. 9. 1995. godine odvedeni u nepoznatom pravcu od policije bosanskih Srba.

Tužena strana dostavila je dva dokumenta koja ukazuju da su Matanovići napustili Republiku Srpsku 10. 10. 1995. godine: primjerak policijskog izvještaja od 10. 10. 1995. te pismo datirano 23. 4. 1996. od g. Sime Drljače, šefa policije u Prijedoru, poslano IPTF-u.

Kada je u pitanju policijski izvještaj, Dom je pokazao sumnju te navodi: „Dom zapaža da se ovo izvješće, koje izgleda kao prepis, prije nego fotokopija originala, pojavilo tek u januaru 1997. u toku pregleda policijskih zapisnika od strane Ureda ombudsmena, te da je tek pri samom kraju saslušanja tužena strana prvi put predložila da se dotični policajci saslušaju u svojstvu svjedoka. Dom smatra da je taj prijedlog učinjen isuviše kasno. Dom nalazi da je začuđujuće da je navodno viđenje oca Matanovića i dvoje starijih ljudi trebalo biti izdvojeno i spomenuto u pisanom izvješću, osobito zato što se iz Izvješća Ureda ombudsmena o pregledu policijskih zapisnika saznaje da gotovo nikakvi pisani zapisnici u to vrijeme nisu vođeni u prijedorskoj policijskoj postaji.“

Dom, dalje, navodi kako nema sumnje da su vlasti Republike Srpske ponudile Tomislava Matanovića za razmjenu 21. 12. 1995. godine, te da se njegovo ime nalazilo na spisku za razmjenu između vlasti Republike Srpske i Hrvatske zajednice Herceg-Bosne. Dom zaključuje da „spisak predstavlja službenu potvrdu kompetentnih vlasti Republike Srpske da je otac Matanović bio pritvoren.

Tužena strana nije osigurala vjerodostojno i temeljito objašnjenje o nestanku Matanovića, niti su preduzeli konkretne korake da ispitaju ovaj predmet, ustanovio je Dom te u zaključku naredio tuženoj strani da preduzme sve neophodne korake kako bi utvrdila boravište i sudbinu Matanovića, te da osigura njihovo oslobađanje ukoliko su u životu.

Vlada Republike Srpske imenovala je Komisiju za istragu o sudbini Tomislava Matanovića, koja je nakon višemjesečne istrage došla do zaključka da je Matanović zajedno sa svojim roditeljima napustio Republiku Srpsku konvojem Crvenog krsta, te da nikad nije bio u pritvoru. Iste informacije je Domu dostavio ministar unutrašnjih poslova Republike Srpske, Dragan Kijac, koji otkriva broj tablica autobusa kojim su Matanovići navodno napustili Prijedor i ime vozača, te negira izjave ombudsmena da su Matanovići uhapšeni od policije Republike Srpske i da su bili u zatvoru.

Pored velikog pritiska i interesiranja Katoličke crkve i međunarodnih organizacija za ljudska prava, sudbina porodice Matanović nije otkrivena. Lokalni zvaničnici u Prijedoru su tvrdili da nemaju informacija o porodici. Godinu dana nakon otkrića posmrtnih ostataka porodice Matanović policija Republike Srpske uhapsila je pet bivših pripadnika lokalne policije u Prijedoru zbog osnovane sumnje da su počinili ratni zločin protiv civilnog stanovništva 1995. godine u Prijedoru. Ubrzo je uhapšeno još šest bivših prijedorskih policajaca, među kojima i bivši komandir polocijske stanice Prijedor te policajci koji su osiguravali porodičnu kuću Matanovića dok su bili u kućnom pritvoru.

Jedan dio opljačkane biblioteke Tomislava Matanovića u međuvremenu je vraćen Banjalučkoj biskupiji. Matanovićev lični automobil „Yugo“  bio je registriran na CJB Prijedor. Koristio ga je Odsjek protivpožarne zaštite.

U septembru 2001. godine Bošnjaci povratnici u Bišćanima kod Prijedora u bunaru pored jedne kuće našli su tijela ĉlanova porodice Matanović. Informacija je proslijeđena istražiteljima Federalne komisije za traženje nestalih koji su izašli na teren i izvršili ekshumaciju triju tijela.

Na žrtvama su bile službene policijske lisice, a pronađena su i zrna metaka kojima su žrtve ubijene.