Pojam inkvizicija gotovo se uvijek povezuje s jednim od najmračnijih poglavlja evropske historije, a evocira slike brutalnosti i progona u ime vjere. Utemeljena od strane Katoličke crkve kako bi iskorijenila herezu, inkvizicija je bila odgovorna za brojne istrage, suđenja i mučenja koja su ostavila neizbrisiv trag u historiji. Iako svoje porijeklo vuče iz srednjeg vijeka, inkvizicija je svoj vrhunac doživjela tokom lova na vještice i u doba španske inkvizicije. Korištenje instrumenata za mučenje i javna smaknuća duboko su obilježili društveni i politički krajolik tog doba, usadivši teror i učvrstivši vjersku kontrolu.

Inkviziciju su 1184. godine neformalno uspostavili papa Lucije III. i Fridrik Barbarossa tokom koncila u Veroni bulom „Ad abolendam diversarum haeresium pravitatem“. Bilo je to vrijeme kada se Katolička crkva borila protiv hereze, koja je ugrožavala crkvenu vlast i političku stabilnost. Osobito su katarski pokret na jugu Francuske i druge vjerske sekte predstavljale izravan izazov moći Crkve. Godine 1231. inkviziciju je institucionalizirao papa Grgur IX., povjerivši je vjerskim redovima, poput dominikanaca, sa zadaćom da istražuju i kažnjavaju neprijatelje vjere.

Početna misija inkvizicije bila je dovesti heretike, to jest one koji "dogmatiziraju protiv kršćanske vjere i općenito protiv religije", natrag u kršćansku ortodoksiju putem ispitivanja i opomena. Međutim, sve veće protivljenje katoličkom učenju dovelo je do sve oštrijih mjera. S vremenom su korištene metode postajale sve nasilnije, što je na kraju dovelo do sistematskog mučenja i smrtnih kazni.

Načelo na kojem se temelji institucija bio je inkvizicijski postupak, karakteriziran strogom tajnošću i snažnom pristranošću u korist tužiteljstva. Optuženik nije znao identitet svojih tužitelja i često nije bio obaviješten o konkretnim detaljima optužbi. Sud se mogao osloniti na sumnje, glasine ili anonimne prijave. Nakon što je uhapšen, optuženik je bio u zatvoru tokom cijelog trajanja suđenja, što je bilo u potpunoj diskreciji inkvizitora. Odbrana je bila praktično nemoguća: optuženik nije imao pristup advokatu, a svako ko ga je branio riskirao je da bude optužen za sudioništvo. Za osudu je bio dovoljan dosljedan iskaz dvaju svjedoka ili priznanje optuženika.

Ako se ispitivanjem nije došlo do dokaza krivnje, priznanja su iznuđivana mučenjem. Iako su mučenje koristili i drugi pravosudni sistemi, inkvizicija ga je koristila na strateški i ritualan način. Mučenje se smatralo "zakonskom" nuždom za dobivanje priznanja krivice, jer se vjerovalo da patnja može potaći heretike da se pokaju i priznaju svoje grijehe.

Važno je pojasniti da je priznanje iznuđeno mučenjem moralo biti potvrđeno 24 sata kasnije, da bi bilo prihvaćeno, kako bi se osiguralo da to nije iz optuženog progovarala bol. Međutim, kao što je utvrđeno u priručniku za inkvizitore Nicholasa Eymerica, napisanom 1376., mučenje se moglo ponoviti po inkvizitorovom nahođenju, čime se gore spomenuta mjera opreza zapravo poništava. Jedna od temeljnih tačaka bila je da optuženik ne smije umrijeti, jer je smrt bila vrhunac procesa i služila je za "pouku" narodu. Najčešće korišteno mučenje bilo je trganje užetom. Drugi često korišteni instrument za mučenje sastojao se od kliješta i čeljusti opremljenih vijcima koji su služili za gnječenje prstiju.

S vremenom je mučenje postalo prava "umjetnost", što je dovelo do razvoja sve više sadističkih sistema mučenja izvan direktne kontrole Crkve. „Točak“ je bio jedna od najokrutnijih i najrazornijih sprava za mučenje: žrtvu su vezivali za veliki drveni točak, a udove su joj razbijali željeznim čekićem. U nekim slučajevima, žrtva je bila izložena elementima do smrti. Ovaj instrument ne samo da je uzrokovao ogromnu bol, već i sporu i mučnu smrt. U nekim su slučajevima inkvizitori žigom utisnuli neizbrisive tragove na kožu heretika. Te opekotine ne samo da su zadavale ekstremnu bol, već su i obilježile osobu za cijeli život kao znak njene krivice.

Hronika iz 1631. godine donosi ispovijest krvnika koji je mučio trudnu ženu: "Neću te mučiti ni jedan, ni dva, ni tri, ni osam dana, ni nekoliko sedmica, nego šest mjeseci ili godinu dana, za cijeli tvoj život  dok ne priznaš a ako ne priznaš, mučit ću te do smrti, a onda ćeš biti spaljena.“

Još jedna često korištena naprava za mučenje bila je željezna čizma u koju se stavljalo desno stopalo i punilo kipućim katranom. Tu su i kliješta za otkidanje čavala, lijevci za gutanje ukupno devet litara vode, drvene daske opremljene valjcima za ravnanje tijela žrtava. Uistinu ogromna zbirka, iz koje ipak treba isključiti neke tehnike mučenja prisutne u kolektivnoj mašti; naime, Nürnberška Djevica, Inkvizitorska stolica, Vaginalna kruška, Heretikova vilica i Judina kolijevka. Nijedan od ovih instrumenata nije prisutan u hronikama od 13. do 18. stoljeća; prvi spomeni ovih predmeta potječu iz viktorijanskog Londona.

Ako bi tokom suđenja inkvizitor pronašao dokaze o krivici, uslijedila bi osuda, koja bi mogla varirati ovisno o nekoliko faktora. Ako je osuđeni odlučio odreći se, odnosno odreći se svojih uvjerenja, a nije bio povratnik, izbjegavao je smrtnu kaznu; kazna je u najtežim slučajevima značila doživotnu robiju. Ako je optuženik bio povratnik, tada je izrečena smrtna kazna. Najčešća smrtna kazna za one koji su osuđeni za krivovjerje bila je lomača. Spaljivanje žive osobe smatralo se vrlo moćnim simbolom, jer bi vatra pročistila dušu heretika. S vremenom su javne lomače postale ceremonije prožete svetošću, do te mjere da su identificirane kroz vrlo specifičan izraz: auto-da-fé. Izraz, koji na portugalskom znači "čin vjere", odnosio se na konačno očitovanje božanske pravde prema Crkvi.

Ti događaji, često senzacionalizirani, odvijali su se na prepunim trgovima, gdje su osuđeni, odjeveni u tunike zvane sanbenitos, bili razotkriveni i poniženi. Auto-da-fé je kulminirao s pogubljenjima, uključujući spaljivanje na lomači onih krivih za herezu. Osim što je to bio čin osude, bio je to iskaz moći koji je terorizirao stanovništvo, pokazujući sposobnost Inkvizicije i Crkve da održavaju vjerski poredak. Osim spaljivanja, druge metode pogubljenja uključivale su vješanje, odrubljivanje glave i utapanje. U nekim slučajevima, žrtve su mučene do smrti bez formalnog pogubljenja, dopuštajući da ozljede nanesene tokom ispitivanja uzrokuju njihovu smrt.

Jedan od najpoznatijih i najtragičnijih aspekata inkvizicije bio je lov na vještice, koji je pogodio Evropu od 15. do 17. stoljeća. Strah od vještica i crne magije brzo se širio, potaknut praznovjerjem i vjerskim uvjerenjima. Vjerovalo se da su vještice u savezu s vragom, odgovornim za glad, bolesti i druge nesreće.

Optužbe za vještičarenje često su se oslanjale na slabe dokaze ili lokalna praznovjerja. Žene, osobito starije, osiromašene ili marginalizirane, bile su glavne žrtve. Optuživali su ih da su se bavili crnom magijom, imale posla s vragom ili nanosile štetu usjevima i životinjama. Ostale nesumnjive žrtve bile su žene koje su imale znanje o ljekovitom bilju, rutinski optuživane za pripremanje čarobnih napitaka za otimanje djece.

Vrlo često su se optužbe za vještičarstvo temeljile na lokalnim praznovjerjima, s muškarcima koji su nastojali zadovoljiti svoje seksualne želje. Tokom suđenja vješticama, mučenje se često koristilo kako bi se iznudila priznanja. Jedan od najčešćih alata bio je "test vodom": žrtva je bacana u rijeku ili jezero vezana. Ako je potonula, smatrana je nevinom (iako bi se najčešće utopila), a ako je plutala, smatrana je vješticom i osuđena na smrt.

Godine 1487. dominikanski fratri Heinrich Kramer i Jacob Sprenger objavili su jedan od najpoznatijih priručnika za lov na vještice, „Malleus Maleficarum“. Ovaj je tekst postao glavni vodič za sve inkvizitore; u njemu su opisane sve tehnike za prepoznavanje, mučenje i pogubljenje vještica. Knjiga Sprengera i Kramera imala je izvanredan utjecaj na mentalitet toga vremena, daleko nadmašujući druga dva djela na tu temu, „Formicarius“ (1475.) Johannesa Nidera i „De lamiis et pythonicis mulieribus“ (1489.) Ulricha Molitora. Conoscere la Storia