Austrija je već od 1780. vršila određene pripreme za novi pokušaj osvajanja Bosne, uglavnom slanjem uhoda koji su prikupljali obavještajne podatke vojnog karaktera. Austrijski su agenti nailazili na podršku franjevačkog biskupa fra Augustina Boteš-Okića. Fra Augustin Okić je bio rodom iz okoline Kreševa i upravo je zauzimanjem cara Josipa II u Rimu imenovan biskupom 1785. godine. Okićevim nastojanjem uspostavljena je takozvana "Fundacija" Josipa II iz čijih se sredstava školovao i odgajao bosanski svećenički podmladak u Zagrebačkom sjemeništu.

Skupa sa objavom rata, car Josip Il je uputio i proglas bosanskom stanovništvu. Tu se, na osnovu njegovog Patenta o toleranciji iz 1781, Bošnjacima, ukoliko ostanu mirni, jamči lična i imovinska sigurnost i potpuna ravnopravnost islama sa drugim vjeroispovijestima, pa čak i plaćanje imama i drugih vjerskih službenika iz državne kase. Bez obzira na ova obećanja, Bošnjaci su na sjeverozapadnim granicama Bosne pružili snažan otpor austrijskoj vojsci.

Prema Bosni Austrija je postavila dva korpusa, ukupne jačine 51.000 vojnika. Prostor od ličko-dalmatinske granice do Dubice pokrivao je hrvatski korpus, jačine 39.000 momaka. Na prostor od Gradiške do Šapca postavljen je slavonski korpus od 12.000 ljudi, koji je ujedno bio veza sa glavninom austrijske vojske kod Beograda. Zauzeta na drugim stranama, centralna osmanska vlada se ograničila na slanje novca i opreme, dok je fizički teret odbrane Bosne, kao i ranije, pao na same Bošnjake.

Na vijest o objavi rata bošnjačko neboračko stanovništvo se iz pograničnih krajeva povuklo sa imetkom u tvrđave i gradove u unutrašnjosti.

Kako na granicama Bosne dugo nije bilo rata, to je svijet bio donekle i uplašen. Strah je brzo razbijen, pošto su serhatlije svuda dočekali i suzbili neprijatelja.

Nasuprot krajišnicima, Sarajlije su se u ovom ratu držale prilično neodlučno. U gradu je postojalo više stranaka, što je bio povod "mnogim glupostima i ludostima". Mula Mustafa Bašeskija piše da međusobno podijeljeni zapovjednici, ajani, age i baše "nisu mogli shvatiti da nebošnjaci, raja u Sarajevu i Sarajevskoj nahiji, ne sačinjavaju ni jednu petnaestinu stanovništva, a od kojih muteselim pokupi 200-300 vojnika. Ovi su "jadnici" morali sami podnijeti troškove puta, a sa muselimom su krenuli čak prije Bošnjaka, "što nije nikako opravdano". Tim povodom Bašeskija zaključuje da su "Bošnjaci, kratko rečeno, nerazboriti ljudi".

U maju 1788. stiglo je u Sarajevo tri stotine tovara municije koja je odmah otpremljena na Krajinu. Razvijeno je 30 bajraka, tako da je iz šehera na vojnu otišlo 3.000 ljudi. I pri tako relativno malom broju vojnika koji su napustili grad, mnoge su kuće ostale bez odrasle muške glave. Zato je naređeno da se noću čuvaju mahale od kradljivaca. To su radili mladići, ustvari dječaci, koji su sve to shvatili kao igru i besposlicu.

Noću, 29. VI 1788. u Sarajevu je buknuo velik požar. Vatra je izbila u novoj kući nekog Jevreja u blizini Ćifuthane. Zbog vjetra vatra se brzo širila, a zbog odlaska na vojnu u gradu nije bilo dovoljno snažnih ljudi koji bi to spriječili. Požar je teškom mukom ugašen tek iza sabaha. U požaru je izgorjelo 17 hanova, 50-60 dućana, a gorjele su i Sahat-kula i Begova džamija.

Kako na frontu ni sa jedne strane nije bilo ofanzivnih akcija, to se većina Sarajlija, čuvši za požar, vratila u šeher. Za njima su se poveli Visočaci i ostali, pa su po pograničnim gradovima i palankama ostali uglavnom sami krajišnici. U ovom su ratu viši bošnjački slojevi općenito pokazali

prve znake kolebanja u pogledu otpora Austriji. Prvaci su se međusobno svađali, pa čak i odvraćali ljude od borbe. Takvo držanje prvaka i zapovjednika izazvalo je nezadovoljstvo među nižim bošnjačkim slojevima spremnim za borbu. Taj se svijet, kako piše Bašeskija, "skoro listom stavio pod janjičarske zastave i na vojnu posao o svom trošku, ali zapovjednici se nisu pobrinuli za topove i opkope". Zapovjednici općenito nisu vodili brigu o vojsci koju su "golu-bosu" držali više mjeseci. Mjesto da brinu o vojsci, age su se počele baviti stočnom trgovinom, dok su u pozadini istovremeno zavladali oskudica i glad.

Zbog takvog stanja, sarajevske i ostale delikanlije (momci) "nisu bile zagrijane za borbu". Ukoliko je kod nekih i bilo volje za borbom, prvaci i vođe to nisu ni znali niti htjeli iskoristiti. Tako se cijelo ljeto 1788. "jedna oduševljena i vatrena vojska dosađivala", jer se niko nije brinuo o njenoj opremi. Ljudi su proveli pet-šest mjeseci na položajima, a da nisu stupili ni jednom u boj. Razlog tome je sigurno i nespremnost Austrijanaca koji su, ukoliko su i napadali, činili to kratko i nesigurno.

Glavne su se borbe vodile oko grada Dubice, pa je ovaj rat u historiji Bosne i Bošnjaka ostao poznat kao Dubički rat. Poslije vise neuspjelih pokušaja, Austrijanci su 26. VIII 1788. zauzeli Dubicu, a 3. oktobra iste godine Bosanski Novi. Tek 1789, odnosno 1790. zauzeli su Gradišku i Cetin. O otporu Bošnjaka poznat je stav feldmaršala Gideona Laudona, glavnokomandujućeg austrijske vojske. Za njega je bilo nevjerovatno kako su tvrdo građeni bosanski gradići, kako se "domaći Turci" u njima uporno brane i kako se znaju lahko ponovno ušančiti kada im se razori jedna odbrambena linija.

U jesen 1789. upućen je u pomoć Bosni Kara Mahmud-paša Bušatlija, koga su osmanske vlasti u međuvremenu uhvatile, ali su ga pustile na slobodu kada je izbio rat. On je sa 15.000 vojnika, uglavnom nebošnjaka, stigao u Sarajevo 10. X 1789. Vojska je prenoćila u Sarajevskom polju, a odatle se uputila u bosansku ordiju na Krajini. Bušatlija se jedno vrijeme zadržavao oko Varcar-Vakufa i Travnika, ali kako je već nastupala zima i time kraj ratne kampanje, to nije ni stupio u borbu, nego se vratio Skadru.

Ljudima nije bilo jasno zašto je Bušatlija uopće upućen u Bosnu, kao navodna pomoć, i to "pred samu zimu kada za to nema nikakve potrebe".

Bošnjaci su smatrali da je Bušatliju trebalo odmah poslati u Beograd, koji je već pune dvije godine bio pod austrijskom opsadom. Ustvari, Bušatlija je stigao u Sarajevo dva dana kasnije, nakon što je feldmaršal Laudon 8. X. 1789. konačno zauzeo Beograd.

Nekog većeg uspjeha Austrijanci nisu imali ni na frontu u Srbiji. Slavonski korpus je u trećem pokušaju uspio u proljeće 1788. osvojiti Šabac u Zvorničkom sandžaku. Austrija se u Srbiji oslanjala uglavnom na srpske dobrovoljačke čete (frajkore). Dok su frajkori četovali i hajdukovali, regularne austrijske trupe su bile angažirane na složenoj operaciji opkoljavanja i opsade Beograda, što je trajalo cijelu prvu polovinu rata.

Za zapovjednika dobrovoljaca u Srbiji je postavljen neki austrijski major Mihaljević. Njegovi su odredi bili poznati kao "Mihaljevićev frajkor" i djelovali su u zapadnoj i sjevernoj Srbiji. U Šumadiji i istočnoj Srbiji je sa svojim frajkorima ratovao kapetan Koča Anđelković. On je uglavnom ometao saobraćaj i veze između Beograda i Niša. Po njemu je ovaj rat u Srbiji u narodu nazvan Kočina krajina, mada je on već prvih mjeseci rata poražen, pa je morao pobjeći u Banat. Osmanlije su ga tu sustigle i uhvatile te septembra 1788. pogubile u Tekiji na Dunavu.

Već je prve ratne godine bilo jasno da od dalekosežnog Katarininog "grčkog projekta" neće ništa biti. Osim slabog uspjeha ruske i austrijske vojske na frontu, rušenju Osmanskog carstva su se iz svojih razloga i interesa usprotivile Engleska i Pruska. U međuvremenu je 14. VII 1789. izbila Francuska revolucija, koja je veoma uzdrmala i zabrinula feudalnu Evropu. Tako se 1791. pristupilo mirovnim pregovorima.

Mir između Austrije i Porte zaključen je 4. VIII 1791. u Svištovu, pristaništu na lijevoj obali Dunava u Bugarskoj. Ovim mirovnim ugovorom Austrija je vratila Osmanskoj carevini tri osvojena grada na sjeverozapadu Bosne (Dubicu, Novi i Gradišku), dok je jedino zadržala Cetingrad.

Krajišnici i neki krajiški kapetani nikako se nisu mirili sa gubitkom Cetingrada. U tome se posebno isticao Hasanaga Pećki, koji je imao vlastitu malu vojsku sa dva topa i oko 50 ljudi, od kojih su čak trideseterica bili prebjezi sa austrijske strane, optuženi za razne prekršaje i krivična djela.

Hasan-aga je skoro 30 godina vodio sa Austrijom neki svoj privatni rat. On je istovremeno bio u stalnom sukobu i svađi sa bosanskim vezirom koga je, jednako kao i sultana, optuživao za gubitak Cetingrada. Uz njega je pristajao i ostrožački kapetan Hasan-beg Beširević. On je u proljeće 1822. napao Cetingrad, zauzeo ga i opljačkao.

Preliminarni mir između Rusije i Osmanskog carstva zaključen je pod uticajem Engleske i Pruske u augustu 1791. godine. Mir je konačno potpisan u moldavskom glavnom gradu Jašiju (Iasi) 9. I 1792. godine. Ovaj mir nije Rusiji donio neke značajne teritorijalne dobitke, ali je njime potvrđena njena vodeća uloga na Balkanu, kao zaštitnice svih pravoslavnih podanika Osmanskog carstva. Mirom u Jašiju potvrđen je član 7. prethodnog Kučuk-Kajnardžijskog mira, prema kojem je Rusija imala pravo da kod osmanskih vlasti intervenira u korist pravoslavnog stanovništva, što joj je u praksi davalo pravo protektorata nad njim. Porta se trudila da tom pravu Rusije ne pridaje veći značaj nego što ga ima austrijski protektorat nad katolicima u Carstvu, na osnovu članova 13, 11. i 9. Karlovačkog, Požarevačkog i Beogradskog mira. Razlika je ipak bila u kvantitetu. Broj katolika u Osmanskom carstvu je bio neznatan, uglavnom nešto u Bosni i Albaniji.

Nasuprot tome, broj ruskih pravoslavnih istovjernika bio je u balkanskim zemljama Osmanskog carstva velik. Taj je kvantitet davao Rusiji, u toj fazi istočnog pitanja, kvalitetno jači položaj na Balkanu u odnosu na Austriju. Manifestiralo se to već sa izbijanjem Prvog srpskog ustanka 1804. godine.

(Mustafa Imamović, Historija Bošnjaka, BZK Preporod, Sarajevo, 1997)