Ulazak bosanske kraljevine i hrvatskih zemalja - Slavonije, Dalmacije, Pounja i Like - u sastav Osmanskog carstva imao je krupnih posljedica i na etnički i na vjerski sastav stanovništva. Hrvati katolici, očekujući spas od susjednih katoličkih zemalja, više od vijeka su se povlačili prema sjeverozapadu Habsburgovcima, i prema obali i otocima Jadranskog mora pod zaštitu Mletačke republike.

Na upražnjene prostore Osmanlije su masovno doseljavali pretežno stočare Vlahe iz planinskih oblasti Crne Gore, Novopazarskog sandžaka (Starog Vlaha), istočne Hercegovine i sjeveroistočne Bosne, kao i mnogo Srba.

Kako je dalmatinska Hrvatska u ratovima od 1521. do 1540. godine bila gotovo opustjela, Osmanlije su tu doselili nekoliko hiljada srpskih porodica. Kninska krajina, Bukovica i Ravni kotari su tada postala područja sa isključivo srpskim i muslimanskim stanovništvom. Osmanske vlasti su 1551. godine naselile nekoliko hiljada Srba na dalmatinsko-bosansko-hrvatsku tromeđu, oko Srba i Knina.

Osvojenjem Slavonije, piše u svojim istraživanjima historičar Mehmedalija Bojić, Osmanlije su je naselili Srbima i Vlasima “da omoguće ishranu pograničnih osmanskih četa”, te da kao martolosi osiguraju granicu.

U XVI i XVII vijeku po Slavoniji i Dalmaciji se naseljavalo muslimansko stanovništvo iz Bosne, prilično brojno, čak i u Ugarsku. Dobrim dijelom su to bile spahije ili posade u utvrđenim gradovima i po kasabama, gdje su se bavili trgovinom i raznim zanatima. Muslimana Bošnjaka je bilo i među stanovnicima po slavonskim selima, u kojima je, prema mnogim podacima, starosjedilačko stanovništvo i ovdje masovno primalo islam.

Poznati istraživač migracionih kretanja entograf i historičar Stjepan Pavičić utvrdio je da se u vrijeme osmanske vladavine na prostoru između rijeka Drave, Dunava, Save i Ilove obrazovala nova grupa stanovništva - muslimani. Činili su je došljaci pretežno iz Bosne i starosjedioci, koji su primili islam. Prema njemu, na tom prostoru je 1680. godine, uoči Velikog rata, bilo 115 000 muslimana, 72 000 katolika Hrvata, 33 000 Srba i 2 000 Mađara, tako da su muslimani u Slavoniji bili u većini.

Pavičić je, također, utvrdio da su muslimani bili u većini i u Lici, u koju su se, uglavnom, doselili bosanski muslimani, ali da je bilo i starosjedilaca koji su primili islam.

I prema istraživanjima dr. Josipa Buturca muslimani su uoči Velikog rata (1683-1699) u Slavoniji činili većinu stanovništva. Tada ih je tu bilo oko 100 000, katolika 70 000, pravoslavnih 30 000, i kalvina oko 10 000. Prema ovom istraživaču, muslimani su porijeklom bili najviše Hrvati starosjedioci, manje doseljenici iz Bosne i Srbije, dok je veoma malo bilo pravih Turaka ili Arapa.

Najveći grad u Slavoniji, sjedište sandžaka, bila je Požega. Drugi po značaju bio je dobro utvrđeni Osijek, u kojem je 1566. godine sagrađen most koji je povezivao Slavoniju sa Ugarskom. Osijek je krajem XVI vijeka imao osamdeset džamija, a stanovništvo je 93% bilo muslimansko. Ostala mjesta kao Što su Đakovo, Orahovica, Valpovo, Pakrac, Velika i Brod su, također, imala karakteristike islamskih orijentalnih gradova. U Požegi i okolini tada je bilo 20.000 muslimana, 10.000 katolika i 2.500 pravoslavnih; u Osijeku i Đakovštini 25.000 muslimana, 20.000 katolika, 10.000 kalvina i 4.000 pravoslavnih. U Pakracu i Voćinu bilo je 8.000 muslimana, 4.000 pravoslavnih i 500 katolika.

U Dalmaciji je, prema Pavičiću, također, bilo više jakih muslimanskih naselja. Tako je u Vrgorcu, Imotskom i u njihovoj okolini bilo nekoliko hiljada muslimanskih domova. Muslimanska naselja su bila i Zadvaije, Čačvina, Radobolja, Kamen, Solin, Klis, Sinj, Vrlika i Drniš. Već u XVI vijeku bilo je više muslimanskih naselja u Zakrču i Pozrmanju prema mletačkoj granici, zatim u Kninu i njegovoj okolini bilo je do 5 000 muslimanskih kuća. Prema Pavičiću većinu muslimanskog stanovništva činili su bosanski muslimani, ali je bilo i dosta starosjedilaca koji su tada primili islam. I ova naselja su imala tipičan muslimansko-orijentalni izgled.

Osmansko carstvo je uz specifičan vojno-feudalni sistem počivalo i na teokratiji. Državna vjera bila je islam. Ali, u njemu su se mogle slobodno ispovijedati i sve druge vjere Objave - kršćanstvo i judaizam. Ipak, Pravoslavna crkva je imala privilegiran položaj u odnosu na Katoličku crkvu i određene povlastice u prva tri vijeka osmanske vladavine. To stoga što su glavni neprijatelji Carstva u Evropi bili katolička Mletačka republika i katolička Habsburška monarhija. Kako su po nalogu ovih država i Sv. Stolice iz Ugarske, Hrvatske i Osmanskog carstva bili izbjegli svi svećenici Katoličke crkve, Porta je dozvolila da bosanski franjevci preuzmu biskupiju u Đakovu. Ovim je vlast Bosne Srebrene, dozvolom sultana, proširena na sve franjevačke samostane na čitavoj dalmatinskoj, slavonskoj i ugarskoj teritoriji.

Uprkos razvnovrsnih pritisaka franjevci su, zahvaljujući vještini prilagođavanja i u najtežim prilikama, u vrijeme vladavine Osmanlija u Slavoniji podigli više crkava, a u Požegi i Brodu uz crkve i samostane.

U vrijeme vladavine Osmanlija u Slavoniji je sagrađeno i nekoliko pravoslavnih manastira i crkava. Među njima Pakra, Orahovica (Požeška) i manastir u Antinu, kao i više crkava u raznim mjestima. Glavni duhovni centar u Slavoniji bio je manastir u Orahovici, gdje je 1594. godine, dakle, u vrijeme vladavine Osmanlija, sagrađena i crkva.

U Dalmaciji je u periodu od 1524. do 1537. godine podignuto devet crkava i nekoliko manastira uz dozvolu i podršku bosanskog sandžak-bega Husrev-bega. I na Fruškoj gori najveći broj manastira sagrađen je u vrijeme osmanske vladavine. Čak je u dalekoj Budimskoj eparhiji u vrijeme Osmanskog carstva sagrađen i manastir Grabovac, a sjedište episkopa bilo je uz sjedište Budimskog beglerbega u Budimu.

U XVII vijeku, u vrijeme nekoliko ratova s Habsburgovcima i Mletačkom republikom, Osmansko carstvo se počelo povlačiti i napuštati ranije osvojene teritorije i na prostorima Hrvatske. Tako su Osmanlije u Kandijskom ratu (1645-1669) u borbi s Mlečanima izgubili Klis, Solin i Vranjic, ali su zadržali Drniš, Skradin i Knin. Nakon neuspjelog velikog pohoda i teškog poraza pod zidinama Beča bili su primorani da vode dug i iscrpljujući rat sa Habsburškom monarhijom i Mlecima (1683- 1699), koji se završio sklapanjem mira u Sremskim Karlovcima 26. januara 1699. godine. U tom ratu Osmanlije su izgubili i predali Habsburgovcima čitavu Mađarsku (izuzev Banata) i Slavoniju (osim istočnog dijela Srema), Liku, dok su Dalmacija, Herceg-Novi i Gabela pripali Mlecima.

Gubitkom ovih teritorija u Slavoniji, Lici i Dalmaciji nestaje muslimanskog stanovništva. Najvećim dijelom, još dok su se vodile borbe, povuklo se u Bosnu i tu trajno naselilo. Dio muslimana koji nije u tome uspio bio je prisiljen da, po tadašnjoj vladajućoj teritoriji i praksi katoličkih sila “čija teritorija onoga i religija”, prihvati katoličku vjeru. Ubrzo, već i u toku rata, svi su gradovi sa orijentalno-islamskim obilježjima - džamijama, mektebima (dječijim školama), hamamima i drugim građevinama porušeni, a mezarja (greblja) zaorana. Gradovi i veća naselja su ubrzano dobijali austrougarski, a u Mlecima starodalmatinski i katolički karakter i izgled.

Nakon sklapanja Karlovačkog mira Osmansko carstvo je privremeno prešlo na strategiju odbrane još uvijek velike i moćne imperije. Bosanski pašaluk, prepušten najčešće samom sebi kao krajnja zapadna granična provincija, biće u XVIII vijeku više puta izložen napadima Habsburške monarhije i Mletačke republike. On će im se uspješno suprotstavljati. U tom vijeku muslimani Bošnjaci će dizati bune i ustanke i protiv osmanskih vlasti, pokušavajući da se što više osamostale od Porte, a kroz te procese su se formirali kao poseban narod.

U vrijeme habsburško-osmanskog rata (1788-1791), u kojem su u napadu na Bosnu učestvovala i dva hrvatska korpusa (Hrvatski i Slavonski sa 51.000 vojnika), muslimani Bošnjaci su uspjeli da u teškim trogodišnjim bojevima sami odbrane Bosnu i rat završe uspostavom granica kakve su uglavnom bile i prije početka sukoba. Svištovskim mirom su iz sastava Bosanskog pašaluka Habsburgovcima pripojena mjesta Cetin, Lapac, Srb i dio teritorije ispod Plješivice i Plitvičkih jezera, dok su Dubica, Novi i Gradiška vraćeni u sastav Bosne.

Od tada se granice Bosne, određene Svištovskim mirom prema Austriji, odnosno Hrvatskoj - na Savi, Uni i čitavim dijelom prema Dalmaciji do Kotora - nisu mijenjale sve do 1929. godine, kada su privremeno nestale, a ponovo su priznate i obnovljene u vrijeme Drugog zasjedanja AVNOJ- a novembra 1943. godine.