Autokefalnost Srpske pravoslavne crkve obnovljena je 1557. uspostavljanjem Pećke patrijaršije. Toj odluci sultan Sulejmana I Veličanstvenog doprinijela je činjenica da su Srbi, kao pripadnici pomoćnih vojnih redova, imali značajnu ulogu prilikom osmanskih ratovanja i osvajanja u Podunavlju. Posebnu ulogu odigrali su Srbi prilikom osvajanja Banata 1551–52. Oni ne samo da su bili uključeni u veliku vojsku Sulejmana Veličanstvenog nego su, kao članovi gradskih posada u ugarskim tvrđavama po Banatu, svojom predajom ustvari omogućili Osmanlijama da brzo osvoje tu zemlju.

Pećka patrijaršija je imala preko 40 mitropolita i episkopa. Ona je pod svojom crkvenom jurisdikcijom držala dio sjeverne Makedonije i istočne Bugarske, zatim Srbiju, Crnu Goru sa Zetskim primorjem, Srijem, Banat, Bačku i Bosnu, te naselja Srba u Hrvatskoj, Dalmaciji i Ugarskoj. Pećka patrijaršija, odnosno Srpska crkva je imala feudalni status i organizaciju, s brojnim feudalnim povlasticama. Bila je najveći hrišćanski i općenito jedan od najkrupnijih feudalnih zemljoposjednika u balkanskim pokrajinama Osmanskog carstva.

Još prije obnove Pećke patrijaršije Srpska crkva je slobodno djelovala, a pojedinim manastirima dodjeljivani su zemljišni posjedi kao timari. Na toj materijalnoj osnovi pojedine crkve i manastiri nabavljaju i štamparije radi širenja liturgijskih knjiga. Prva štamparija nabavljena je u Veneciji 1519. i prenijeta je u Goražde, u crkvu. Sv. Đorđa, koju je 1446. podigao herceg Stjepan Kosača. Štamparija je tu radila do 1523. godine. Kasnije su pri većem broju manastira radile manje štamparije. U Bosni je, uprkos zakonskih smetnji, podignuto više srpsko–pravoslavnih manastira, posebno u Zvorničkom sandžaku. Tako se u jednom defteru iz 1548. spominje manastir Papraća u nahiji Birač. Nešto kasnije spominju se manastiri Tamna kod Teočaka, Ozren, Lomnica kod Šekovića, Vozuća i Gostović na Krivaji i dr. Novi manastiri su često podizani i na ruševinama nekadašnjih franjevačkih samostana. Uz podizanje novih, obnovljeni su i ponovno oslikani freskama i stari, oštećeni i padu skloni hramovi.

Pećka patrijaršija je od seobe, zapravo od povlačenja oko 30.000 Srba 1690. s austrijskom vojskom u zemlje preko Save i Dunava, pod vodstvom patrijarha Arsenija III Čarnojevića, sve više zapadala u političke i finansijske teškoće. Uporedo s tim, rastao je pritisak Carigradske patrijaršije na državu da se patrijaršijska stolica u Peći povjeri nekom od grčkih crkvenih velikodostojnika. Pećki patrijarsi su se sve češće nelojalno držali prema osmanskim vlastima, posebno u ratu 1737–39, a 1765. se otkrilo da patrijaršija duguje ogromnu sumu novca bogatom carigradskom Grku Đorđu Spatarisu, koji je pod optužbom za izdaju osuđen i obješen, a imovina mu konfiscirana u korist države. Dug je trebalo platiti državi, a blagajna Patrijaršije u Peći bila je prazna. Carigradski patrijarh Samuil Hanceris se ponudio da izmiri te dugove, uz uslov da se Pećka patrijaršija stavi pod njegovu jurisdikciju. Fermanom sultana Mustafe III 11. IX 1766. ukinuta je Pećka patrijaršija, a sve njene eparhije došle su pod izravnu vlast carigradskog patrijarha.

O širini autonomnih prava i feudalnih povlastica koje su Pećka patrijaršija, odnosno Srpska crkva, uživale u Osmanskom carstvu najbolje svjedoči sam Arsenije III, koji je u ratu izdao državu i priključio se Austrijancima. Po dolasku u Srijem, na austrijsku teritoriju, on je odmah zatražio da se Srpskoj crkvi i tu da autonomija "kakva je postojala pod Turcima". Carskim privilegijem od 21. VIII 1690. on je postao poglavar Srpske crkve u Austriji. Autonomija utvrđena ovim privilegijem teško se provodila u djelo, usljed velikog otpora katoličke crkve i ugarskih feudalnih magnata.

(Izvor: Mustafa Imamović, Historija Bošnjaka, BZK “Preporod”, Sarajevo, 1998, str. 144–145)