Od rata u BiH Mostar je bio podijeljen na dva dijela, bošnjački - istočni i hrvatski - zapadni. Mostar je 1996. godine Statutom kojeg je nametnuo tadašnji evropski administrator nad gradom Hans Koschnick, podijeljen na šest općina - izbornih jedinica - po tri većinske hrvatske i bošnjačke - i centralnu gradsku zonu, zamišljenu kao uski prostor u središtu tada potpuno podijeljenog grada za smještaj zajedničkih institucija. Stanovnici centralne zone su mogli birati, ali nisu mogli biti birani.
Novim Statutom, kojeg je 2004. godine nametnuo tadašnji visoki predstavnik međunarodne zajednice u BiH, Paddy Ashdown, ukinuta je podjela na općine, koje su postale gradska područja, ali su i dalje davali jednak broj vijećnika u Gradsko vijeće, uprkos tome što područja sa hrvatskom većinom imaju veći broj birača.
Posljednji put, izbori za Gradsko vijeće Mostara održani su 2008. godine. Dvije godine kasnije, Ustavni sud BiH je poništio posebna izborna pravila za Mostar, koja je 2004. godine nametnuo tadašnji visoki predstavnik međunarodne zajednice za BiH Paddy Ashdown.
Ustavni sud BiH je takvu odluku donio nakon što su apelaciju podnijeli hrvatski vijećnici u Gradskom vijeću Mostara. Oni su argumentirali da bošnjačke izborne jedinice, iako imaju manje glasača od hrvatskih, daju jednak broj vijećnika u Gradsko vijeće. Tako je došlo do političkog zastoja.
Iako je sud naložio da Parlament BiH donese izmjene Izbornog zakona Bosne i Hercegovine, u dijelu koji se odnosi na Mostar, to se nije desilo, jer se ključne hrvatske i bošnjačke političke stranke nisu mogle dogovoriti oko novih izbornih pravila. I dok su hrvatske stranke, na čelu sa HDZ-om BiH tvrdile kako bi i u Mostaru trebao važiti princip "jedan čovjek – jedan glas", bošnjačke partije, predvođene SDA-om su argumentirale da je Grad Mostar dio Daytonskog mirovnog sporazuma, da posebna izborna pravila donose zaštitu od rezultata etničkog čišćenja u Mostaru, te su predbacivale HDZ-u da se na državnom nivou zalaže za paritet u odlučivanju, dok na lokalnom nivou traži većinsko odlučivanje. Sporazum nije postignut ni nakon više rundi pregovora. Nisu donesena nova izborna pravila, pa 2012. godine lokalni izbori u Mostaru nisu ni održani. Krajem te godine, istekao je mandat Gradskom vijeću Mostara, te je grad ostao bez zakonodavne vlasti. Najvažniji gradski dokument, budžet, donosili su gradonačelnik Mostara Ljubo Bešlić (HDZ) i načelnik Odjela za finansije, Izet Šahović (SDA). Budžet je formalno potvrđivao Parlament bh. entiteta Federacija BiH.
Mostarka Irma Baralija je 2018. podnijela apelaciju Evropskom sudu za ljudska prava. Krajem oktobra 2019. godine, Evropski sud za ljudska prava je presudio u njenu korist i naložio Parlamentu BiH da u roku od šest mjeseci, počevši od kraja januara 2020. godine, odnosno od pravosnažnosti presude, omogući održavanje lokalnih izbora u Mostaru. U suprotnom, Evropski sud za ljudska prava ostavio je mogućnost Ustavnom sudu BiH da riješi problem.
Lideri vodećih hrvatskih i bošnjačkih stranaka, Dragan Čović (HDZ) i Bakir Izetbegović (SDA) su 17. juna 2020. godine potpisali sporazum, kojim su dogovorili nova izborna pravila za grad Mostar. Ta pravila su ubrzo usvojena u Parlamentu Bosne i Hercegovine.
Prema tom sporazumu, tri većinski hrvatska gradska područja daju 13 vijećnika u buduće Gradsko vijeće, tri bošnjačka područja devet, dok će se sa jedinstvene gradske liste birati još 13 vijećnika.
Nakon 12 godine izbori u Mostaru održani su 20. decembra 2020. godine.
