Svi ratni zločini pripadnika HVO-a na području općine Vareš koji su do sada sudski sankcionirani vezani su za kraj oktobra i početak novembra 1993. godine, kada je ovim gradom vladao Ivica Rajić, komandant II operativne grupe HVO-a, bivši kapetan I klase JNA. Nakon povlačenja HVO-a iz Vareša 5. novembra 1993. godine Ivica Rajić mijenja ime u Viktor Andrić. Pod tim imenom uhapšen je u aprilu 2003. u Splitu. Iako se dva puta pred Haškim tribunalom izjašnjavao da nije kriv, na kraju je Ivica Rajić ipak priznao krivicu. Nagli preokret uslijedio je netom pošto se izjasnio da nije kriv ni po jednoj tački izmijenjene optužnice. Tada je, a bio je 25. juli 2005. godine, Tužilaštvo podnijelo zahtjev za ustupanje optužnice Sudu BiH, čemu se odbrana usprotivila. Tri mjeseca kasnije Rajić potpisuje sporazum o priznanju krivice, a Tužilaštvo povlači zahtjev da mu se sudi u Bosni i Hercegovini.
Od 10 tačaka, Rajić je priznao četiri: 1) hotimično lišavanje života, 3) nečovječno postupanje, 7) oduzimanje imovine i 9) uništavanje širokih razmjera koje nije opravdano vojnom nuždom, a izvedeno je protupravno i bezobzirno. Priznao je da je od Slobodana Praljka, tadašnjeg zapovjednika GS HVO-a, dobio naredbu koja glasi: “Sredite situaciju u Varešu bez milosti prema bilo kome, nađite ljude dorasle vremenu i zadacima.” Isto naređenje, kazuje tačka 318, III tom, presude Prliću i ostalima, dobili su 23. oktobra 1993. i Milivoj Petković, Marijo Bradara, Darijo Kordić i Tihomir Blaškić. Rajićeva “doraslost” jasno se zrcali u tački 302, koja govori o nasilničkom ponašanju specijalnih jedinica, posebno “Maturica”, te pominje izvještaj SIS-a GS-a, upućen “Perici Jukiću, ministru odbrane, Anti Rosi, načelniku Glavnog stožera HVO-a, i g. Viri, iz Političke uprave HR HB, u kojem je opisan sukob između Ivice Rajića i Željka Bošnjaka, 'pomoćnika zapovjednika za sigurnost II. operativne grupe', koji je kulminirao u augustu 1993, kada su Ivica Rajić i njegovi ljudi likvidirali Željka Bošnjaka”. Ivica Rajić osuđen je na 12 godina zatvora. U septembru 2011. pušten je iz zatvora u Španiji.
Odgovornost za zločine u Varešu Haški tribunal oglasio je i u presudi kojom je Jadranka Prlića, Brunu Stojića, Slobodana Praljka, Milivoja Petkovića, Valentina Ćorića i Brunu Stojića osudio na 111 godina zatvora kao sudionike udruženog zločinačkog poduhvata, na čijem su čelu stajali Franjo Tuđman, predsjednik Hrvatske, Gojko Šušak, ministar odbrane, i Janko Bobetko, načelnik GS Hrvatske vojske.
Dalji tok događaja iščitavamo u presudi samom Ivici Rajiću. Tamo tačka 44 kazuje: “22-23. oktobra 1993. Ivica Rajić je planirao i naredio snagama HVO-a pod svojom komandom i kontrolom da napadnu selo Stupni Do i brdo Bogoš. Među zapovjednicima i pripadnicima HVO-a koji su učestvovali u napadu na Stupni Do i brdo Bogoš, a koji su svi bili pod komandom Ivice Rajića i njemu podređeni, bili su Marinko Ljoljo, Dominik Ilijašević zvani Como, Miroslav Anić zvani Firga, Marinko Kepić i Marinko Jurišić zvani Špiro”.
Rezultati tog napada očituju se u tački 49 presude: “U Stupnom Dolu zapovjednici i vojnici HVO-a pod zapovjedništvom Ivice Rajića prisilili su civile, bosanske Muslimane, da napuste svoje domove i skloništa, pljačkali njihove dragocjenosti, hotimično ubijali muslimanske muškarce, žene i djecu i seksualno zlostavljali muslimanske žene. Dvanaest seljana muslimanske nacionalnosti natjerali su da uđu u jednu šupu koju su potom vojnici HVO-a zapalili (ali su seljani uspjeli da pobjegnu iz te šupe). U napadu HVO-a na Stupni Do, kojim je komandovao Ivica Rajić, poginulo je najmanje 37 bosanskih Muslimana, i to muškaraca, žena, staraca i djece (otprilike šestoro njih bili su borci)...”
Tačka 50: “Od bosanskih Muslimana koji su poginuli u tom napadu, ubijeni su barem sljedeći: a) tri muškarca i jedna žena pogubljeni su tako što su ubijeni iz vatrenog oružja ili zaklani; b) jedan vojnik HVO-a je odveo jednu ženu u jednu kuću u kojoj je ta žena pogubljena; c) u jednoj kući su pronađena spaljena tijela dvije starice, od kojih je jedna bila invalid; d) jedan muškarac ustrijeljen je nekoliko puta iz neposredne blizine zato što je odbio da svoj novac preda jednom vojniku HVO-a; e) kada je grupa Muslimana (jedan muškarac, devet žena i troje djece) pokušala da pobjegne, muškarac iz te grupe ubijen je iz vatrenog oružja (njegovo poluizgorjelo tijelo kasnije je pronađeno na mjestu gdje je bio ubijen), a dvije žene i sve troje djece su ubijeni ispred svoje kuće; tri muslimanske djevojke koje su prvobitno izbjegle susret s vojnicima HVO-a pronađene su kasnije kako se skrivaju u jednom malom podrumu i potom ubijene; f) na istoj lokaciji gdje su se desili događaji opisani u tački 'e' pronađeno je sedam izgorjelih tijela članova jedne muslimanske porodice (dva muškarca, tri žene i dva djeteta od dvije i tri godine) u skloništu u kojem su se skrivali; g) jedan muškarac muslimanske nacionalnosti, koji je bio teško ranjen u obje noge, odnesen je u kuću koju su kasnije vojnici HVO-a zapalili (izgorjelo tijelo tog muškarca je kasnije pronađeno u toj kući zajedno s još jednim izgorjelim tijelom); h) jedna Muslimanka je odvedena u jednu sobu i ustrijeljena, a kuća je zatim zapaljena.”
U toku i nakon napada specijalnih jedinica 'Maturice' i/ili 'Apostoli' na selo Stupni Do potpuno uništene sve kuće u selu i okolni objekti, kao što su štale i šupe. Vijeće takođe konstatuje da su pripadnici istih jedinica opljačkali imovinu mještana sela.”
Istovremeno su otpočela hapšenja širom Vareša. Presuda Rajiću u tački 51 kaže: “U gradu Varešu zapovjednici i vojnici HVO-a pod komandom i kontrolom Ivice Rajića, uključujući i pripadnike postrojbe Apostoli i postrojbi Vojne policije, uhapsili su više od 250 muškaraca, bosanskih Muslimana (od kojih su većina, ali ne svi, bili starosne dobi vojnih obaveznika) i zatočili ih u škole 'Ivan Goran Kovačić' i 'Vladimir Nazor'. Tokom hapšenja gorepomenutih muškaraca muslimanske nacionalnosti, zapovjednici i vojnici HVO-a su ulazili u njihove kuće, fizički i psihički maltretirali stanare i prisutne osobe, te otimali njihove dragocjenosti. Vojnici HVO-a su tukli i zlostavljali zatočene muškarce, bosanske Muslimane.” U tački 371 presude Prliću i ostalima kaže se da su neki zatočenici do 4. novembra 1993. pušteni na slobodu a drugi su premješteni u “zatvor u Vareš-Majdanu ili u zatvor nedaleko Dvice ili pak u zatvor Vojne policije u Varešu”.
Tačka 47: “Dana 23. oktobra 1993. Ivica Rajić je izvijestio Darija Kordića, Milivoja Petkovića, Tihomira Blaškića i Marija Bradaru (zapovjednika brigade Ban Josip Jelačić): (...) 'Grad Vareš je očišćen, svi vojno sposobni Muslimani – stavljeni pod prismotru. Zbog pokušaja opstrukcije planiranih aktivnosti, stavio sam u izolaciju gospodu Antu Pejčinovića, Zvonka Dužnovića i Ivicu Gavrana. Zapovjednik brigade (Bobovac) je u teškom depresivnom stanju i nije u stanju da vrši dužnost. U prilogu vam upućujem pismo koje sam prije dva dana dobio od zapovjednika Emila Haraha. Vareš je od danas hrvatski, borit ćemo se da ostane – morate mi pomoći.”
Presuda Jadranku Prliću i ostalima u III tomu donosi funkcije osoba koje je Rajić smijenio, tačka 289: “Mate Boban je 3. jula 1992. imenovao Antu Pejčinovića za predsjednika opštinskog HVO-a...” Tačka 291: “U augustu 1992. Ivica Gavran imenovan je za komandira MUP-a Vareš.” Tačka 297: “(...) U augustu 1992. Zvonimir Dužnović imenovan je za pomoćnika zapovjednika brigade 'Bobovac' za SIS.” Tačka 328 kaže da su “24. oktobra 1993. uveče odvezeni u Kiseljak radi ispitivanja, gdje su zatočeni u prostorije HVO-a”.
Za pokolj u Stupnom Dolu Ivica Rajić je nagrađen od svojih šefova. To kaže tačka 61 njegove presude: “Dana 1. novembra 1993. HVO je Ivicu Rajića unaprijedio u čin pukovnika u aktivnoj službi.” Tačka 57 nastavlja: “Po uputama svojih pretpostavljenih iz HVO-a, među kojima je bio i Milivoj Petković, Ivica Rajić je učestvovao u prikrivanju zločina počinjenih u gradu Varešu i njegovoj okolini i u Stupnom Dolu. Prikrivanje je obuhvatalo i lažnu istragu s namjerom da se prikrije prava priroda i obim počinjenih zločina. Ivica Rajić je potpisao izvještaje o istrazi koje je pripremio SIS, znajući da su u njima navedene lažne informacije. U sklopu tog prikrivanja Milivoj Petković je naredio Ivici Rajiću da promijeni svoje ime u 'Viktor Andrić'.” Tačka 64: “Dana 30. decembra 1993. HVO je razriješio Ivicu Rajića zapovjednih dužnosti i na njegovo mjesto postavio Viktora Andrića, što je bio gest koji je trebao da sugeriše međunarodnoj zajednici da je Ivica Rajić kažnjen i smijenjen sa dužnosti zapovjednika zbog onog što se desilo u Varešu i Stupnom Dolu.”
Neki od Rajićevih šefova sjedili su i u Zagrebu. O tome govori tačka 66 presude: “Kao dodatni dio ove činjenične osnove, Ivica Rajić se slaže da bi Tužilaštvo svojim dokaznim materijalom van razumne sumnje dokazalo sljedeće: (...) b) Sve vrijeme na koje se odnosi izmijenjena optužnica u Bosni i Hercegovini je postojalo stanje međunarodnog oružanog sukoba, pri čemu je Republika Hrvatska, kao nezavisna država, sa svojom vladom, oružanim snagama i predstavnicima učestvovala u oružanom sukobu protiv bosanskih Muslimana na teritoriji Bosne i Hercegovine, kao nezavisne države. Zločini navedeni u izmijenjenoj optužnici bili su počinjeni u kontekstu tog sukoba i bili su povezani s njim.”
Dakle, Ivica Rajić je bio jedna od karika udruženog zločinačkog poduhvata sa sjedištem u Zagrebu. Krajnji pipci te zločinačke organizacije završavali su se u imenima njemu podređenih Dominika Ilijaševića Come i Miroslava Anića Firge, zapovjednika u specijalnoj jedinici “Maturice”. I Miroslav Anić se godinama krio u Hrvatskoj, a na kraju se ugledao na šefa i priznao učešće u zločinima u Stupnom Dolu, ali i da je u junu 1993. lično ubio 25 civila bošnjačke nacionalnosti u selu Grahovci kod Kiseljaka. Sud BiH ga je osudio na 15 godina zatvora. Presuda mu je izrečena 31. maja 2011.
Dominiku Ilijaševiću suđeno je pred Kantonalnim sudom u Zenici. Za učešće u pokolju u Stupnom Dolu i u Grahovcima, te za još neke zločine u Kisljaku i Vareš-Majdanu osuđen je na 14 godina. Pošto mu je za ubistvo u Kiseljaku tokom rata Kantonalni sud u Travniku ranije izrekao kaznu od 4 godine i 6 mjeseci, to mu je određena jedinstvena kazna od 15 godina zatvora. Dan prije napada na Stupni Do, 22. oktobra 1993, u prostorijama Socijalističkog saveza u Varešu, prilikom ispitivanja šestorice civila, Ilijašević je jednog udario drškom noža u čelo i zaprijetio mu da će na tom nožu sutra okretati njegovo dijete, a zatim mu gurnuo pištolj u usta i repetirao, a drugom je nožem probo stopalo i zarezao uho, dok je trećem zabo nož u butinu. Iz Stupnog Dola on se odmah 23. oktobra 1993. vratio u Vareš, gdje je tog dana, ali i sutrašnjeg, učestvovao u provođenju terora i u hapšenjima.
Ilijašević je pobjegao 25. septembra 2013, kada mu je uprava zatvora u Mostaru, gdje je izdržavao kaznu, dozvolila dopust. Odslužio je ukupno 9 godina i 6 mjeseci zatvora. Za njim je raspisana međunarodna potjernica. U Hrvatskoj je navodno odmah nakon što se naselio na Viru prijavio Zadarskoj policiji i zatražio obnovu suđenja, ali Županijski sud u Zadru odbio je njegov zahtjev za preispitivanje presude ili umanjenjem kazne, isto je učinio i Vrhovni sud RH nakon žalbe. On se 17. marta 2017. morao javiti u zagrebački zatvor Remetinac radi odsluženja kazne.
Za učešće u zločinima u Varešu osuđen je još jedan pripadnik “Maturica”. Kantonalni sud u Sarajevu osudio je Ermina Ćurtića na 5 godina i 6 mjeseci. Tog 23. oktobra 1993. oko 6:00, skupa s još dvojicom vojnika HVO-a, Ćurtić je učestvovao u premlaćivanju i pljačkanju Besima Paralangaja u Vareš-Majdanu, nakon čega su ga lišili slobode i jedan od vojnika ga je odveo u Srednjoškolski centar. Istog dana, u 8:15, pojavljuje se kao vodič; doveo je dio jedinice “Maturice” u Stupni Do, gdje je nogom udario Muameru Mahmutović u lice i tražio da mu preda nakit. Presuda je pravosnažna od 14. decembra 2017.
Za zločine u Varešu u toku je još jedan sudski postupak. Željko Marić je prvostepenom presudom Kantonalnog suda u Zenici oslobođen optužnice Tužilaštva BiH od 21. decembra 2018. godine, koja ga teretila da je kao pripadnik Vojne policije VII bojne Vitez u oktobru 1993. tukao i psihički zlostavljao ratne zarobljenike i bošnjačke civile zatočene u zgradi Vojne policije i prilikom njihovog sprovođenja u Srednjoškolski centar.
