Srpska pravoslavna zajednica našla se uspostavom Nezavisne Države Hrvatske u vrlo teškoj situaciji. Nastojanje ustaških vlasti da svoju državu učine etnički čistom te antagonizam prema SPC, koja je sve više djelovala s velikosrpskih pozicija, rezultiralo je represivnim mjerama prema srpsko-pravoslavnom stanovništvu. Te su mjere započete uklanjanjem srpskih obilježja, ukidanjem SPC na teritoriju NDH, nastavljene raseljavanjima stanovništva, progonima, hapšenjima, odvođenjima u logore te pokatoličavanjima.
Kako piše Zoran Jekić s Osječkog sveučilišta, kada su se 1942. godine počeli dešavati značajniji preokreti na svjetskim ratištima na štetu sila Osovine, kada jača antifašistički pokret u Hrvatskoj, ustaška vlast uspostavila je Hrvatsku pravoslavnu crkvu (HPC) kao izraz “dobre volje” za normaliziranjem odnosa s preostalim Srbima.
Uspostavom NDH prestala je nadležnost SPC-a nad pravoslavnim stanovništvom u hrvatskoj državi. Tako je ono više od godinu dana bilo bez crkvene organizacije. Naredbom vlasti NDH dokinut je naziv srpskopravoslavna vjera i zamijenjen nazivom grkoistočna, koji se koristio prije 1918. godine. Država je zabranila i upotrebu julijanskog kalendara, kojim se Pravoslavna crkva do tada služila i naredila uvođenje gregorijanskog. Izvjestan broj episkopa i svećenika bio je pogubljen ili protjeran u Srbiju pa bi SPC u NDH teško funkcionirala i da nije bila zabranjena.
Ta je nacionalna crkva pokušavala apelima i demonstracijama zaštititi svoje vjernike na području NDH, no nije se htjela odreći svoje velikosrpske politike. Sve je manje brinula za vjernike, a sve se više upuštala u odbranu četništva i propagandu protiv NDH i Katoličke crkve. Optuživala je Katoličku crkvu za sudjelovanje u pokoljima srpskog stanovništva i u njegovom pokatoličavanju. Tako je svojim vjernicima više odmagala nego pomagala.
Moguće je da su ideju o osnivanju HPC-a potaknuli Nijemci. Naime, povjerenik Abwehra Artur Haeffner u izvještaju od 14. jula 1941. ističe da Pravoslavna crkva u NDH “treba da dobije priznanje, koje joj je za sada uskraćeno, pod uvjetom da prestane da bude srpska nacionalna crkva i da se formira u skladu s nacionalnim karakterom hrvatske države”. Bez obzira na vrijeme nastanka ideje o HPC, njeno osnivanje službeno je objavio Ante Pavelić u Saboru NDH 28. februara 1942. U nedostatku podobnih svećenika, na čelo HPC postavljen je odbjegli ruski arhiepiskop Grigorij Ivanovič Maksimov Germogen.
Nova je crkva potpuno ovisila o državi, stalno se susrećući s nedostatkom pravoslavnih svećenika i nemogućnošću školovanja novih kadrova. Djelovanjem HPC-a smanjili su se progoni, ubistva i vjerski prijelazi, ali pravoslavni Srbi nikad nisu postali ravnopravni s drugim građanima NDH.
Germogen je bio rodom iz Kubana u Rusiji, nekad profesor bogoslovlja u Saratovu, a u vrijeme Prvog svjetskog rata izabran je za arhiepiskopa jekaterinoslavskog i mitropolita novomoskovskog. Tokom Revolucije je napustio Rusiju te boravio neko vrijeme u Grčkoj na Atosu. Na područje Jugoslavije došao je 1922. godine i smjestio se u manastir Hopovo u Srijemu. Bio je član “Sv. Sinoda” Ruske zagranične crkve te jedan od osnivača “Bratstva ruske pravde”. Germogen je s preostalih nekoliko desetaka svećenika i angažiranih laika dočekao partizane u Zagrebu, no odmah su bili uhapšeni i po kratkom postupku osuđeni na smrt i ubijeni. Za grob im se ne zna ni danas (postoje teorije da su kremirani). Osim provođenja politike NDH, novim komunističkim vlastima nikako se nije svidjelo to što je Germogen u svojim poslanicama pozivao pravoslavce da se vrate iz partizana; bilo je to shvaćeno kao otvoreno sabotiranje njihove borbe.
Nama u Bosni i Hercegovini, kada je Pavelićeva Hrvatska pravoslavna crkva u pitanju, najzanimljivije je jedno ime – Spiridon Mifka. Hrvatski historičari o Mifki uglavnom pišu bez previše emocija, isključivo o faktima iz njegove biografije. Oni iz Srbije, pak, s puno više ostraštenosti pišu o njegovom životnom putu. Spiridon Mifka bio je sarajevski episkop Hrvatske pravoslavne crkve. Rodio se u Samoboru 1902, a ubijen je u Zagrebu 29. juna 1945. godine. U knjizi Tko je tko u NDH stoji da je prešao na pravoslavnu vjeru 1925. godine. Nakon završetka bogoslovije, biva parohom u više mjesta Gornjokarlovačke i Bihaćke eparhije. Od 1936. do 1941. je pravoslavni redovnik u samostanima, s jugoslavenskom se vojskom povukao 1941. u Grčku, potom se vraća u Srbiju. Godine 1942. odlazi u Njemačku i kraće vrijeme radi kao pomoćni radnik. Po povratku u Beograd odlazi u Hrvatsku, gdje ga Germogen prima u HPC.
Od februara 1943. bio je paroh u Goraždu, a od septembra iste godine u Visokom. Onda je 15. augusta 1944. bio postavljen za episkopa Sarajevske episkopije Hrvatske pravoslavne crkve. Istodobno je predavao na pravoslavnoj bogosloviji u Sarajevu. U proljeće 1945. povlači se iz Sarajeva u Zagreb, gdje je 22. maja 1945. uhapšen, a potom ga 29. juna 1945. Vojni sud Zapovjedništva grada Zagreba osuđuje na smrt.
Srbijanski historičar Srđan Novaković o Mifki piše da je bio poznati prijestupnik i okorjeli kriminalac, koga je SPC izbacila iz svojih redova 1936. godine zbog nemorala. Napustivši ženu i troje djece, Novaković piše kako se Mifka lažno predstavljao, priključio se bugarskoj vojsci kao kapelan, potucao po bugarskim manastirima, odakle je izbačen zbog krađe, sve dok nije završio u Njemačkoj, odakle se vratio u NDH i ponovo prešao u rimokatolicizam, na misiji kod fratra Radoslava Glavaša, koji ga je postavio za paroha u Goraždu, odakle je Mifka otišao u Visoko. Germogen je, tvrdi Novaković, poslije rata izjavio da je on bio decidno protiv postavljenja Mifke za episkopa, ali da je ceremoniju morao obaviti pod Pavelićevom prijetnjom i pritiskom.
Ulaskom partizanske vojske u Zagreb u maju 1945. godine prestala je djelovati HPC, a njezini su poglavari uhapšeni i nakon kratkog suđenja smaknuti. Nove komunističke vlasti tada hapse, osuđuju i usmrćuju mnoge vjerske čelnike: ubijeni su mitropolit Germogen, paroh zagrebački Serafim Kupčevski (HPC), svećenik Dimitrije Mrihin (HPC), protojerej Aleksej Borisov (HPC), protojerej Joco Cvijanović (HPC), predsjednik pravoslavne crkvene općine u Zagrebu Petar Lazić, evangelistički biskup Philipp Popp, zagrebački muftija Ismet Muftić javno je obješen ispred džamije...
Arhijerejski sinod Ruske istinopravoslavne crkve je na konferenciji i zasjedanju u Odesi 23. oktobra 2010. godine donio odluku o konačnom statusu – priznavanju mučenicima svih smaknutih hrvatskih pravoslavnih svećenika na čelu s patrijarhom Germogenom.
