Islamofobija u Bosni i Hercegovini, posebno u Sarajevu, bila je i ostala problem s dubokim društvenim i političkim implikacijama. Površno gledajući, islamofobija izgleda kao fenomen koji proizilazi iz bezumne mržnje ili ličnih predrasuda spram Islama i muslimana no dublja analiza otkriva jedan složen splet interesa i ideologija, u kojem je islamofobija samo jedan od instrumenata za ostvarivanje širih političkih ciljeva raznoraznih centara moći. Islamofobna retorika vrlo često ne dolazi samo iz redova onih koji pripadaju drugim religijskim zajednicama, već i od određenog broja onih koji se izjašnjavaju Bošnjacima a koji, svjesno ili nesvjesno, kroz fenomen autošovinizma sudjeluju u pokušajima dezintegracije ne samo vlastite države i naroda već i vlastitog identiteta.
Globalno, islamofobija počiva na stereotipima koje muslimane prikazuju kao prijetnju zapadnoj liberalnoj civilizaciji i njenom "progresu", no u Bosni i Hercegovini ona zadobija i još jedan specifičan, lokalni kontekst. Stoljetna borba za "pravo na Bosnu", na to hoće li Bosna i Hercegovina nestati ili opstati kao suverena država, ko će, kada i kako živjeti u njenim selima i gradovima, čije će biti njene planine, rijeke i doline te koje će vrijednosti u njoj dominirati uvijek je u sebi imala i značajnu islamofobnu notu gdje se na sve načine pokušavala potpuno izbrisati ili negirati njena islamska komponenta. U miru - vjerskom, političkom i kulturnom marginalizacijom i asimilacijom, u ratu - genocidom, urbicidom, kulturocidom.
Agresiju na Bosnu i Hercegovinu te Genocid nad Bošnjacima omogućili su upravo narativi koji Bošnjake muslimane prikazuju kao prijetnju državi, poretku, društvu i slobodi nebošnjaka. Islamofobni diskurs u poslijeratnoj BiH ima iste tehnike, ovisno ko ih koristi: od suptilnog podmetanja sumnji o lojalnosti Bošnjaka prema državi i društvu, mada su ih upravo Bošnjaci odbranili i sačuvali tokom rata, a što dolazi od strane predstavnika ljevičarske politike pa sve do otvorene demonizacije bošnjačkih vjerskih običaja, kulture i svjetonazora kao neke opasnosti koja svojim samim postojanjem ugrožava miran život pa čak i opstanak nebošnjaka i nemuslimana a što je opet specijalitet srpsko-hrvatske političke retorike.
U manjem bh. entitetu, islamofobija je često sastavni dio političkog diskursa ali i šireg velikosrpskog nacionalističkog narativa koji je u funkciji homogenizacije "srpskih" prostora te stvaranju jasnih etničkih i vjerskih granica. Milorad Dodik, kao jedan od ključnih političkih aktera, više puta je koristio islamofobne komentare kako bi demonizirao muslimane u Bosni, često prikazujući bošnjački narod kao "islamistički" faktor koji prijeti stabilnosti i sekularnom karakteru Bosne i Hercegovine. Slično tome, hrvatska politika vrlo često koristu islamofobiju kao sredstvo za mobilizaciju hrvatskog stanovništva, crtajući Bošnjake kao prijetnju "kršćanskom" identitetu prostora koje svojata, ali i kao opravdanje za svoje agresivne hegemonističke politike spram Bosne i Hercegovine.
Na žalost, islamofobija ne dolazi samo izvan bošnjačke zajednice čemu svjedoči fenomen bošnjačkog autošovinizma. Taj autošovinizam jeste oblik internalizirane mržnje spram svoga identiteta, gdje pripadnici određene zajednice usvajaju tuđu retoriku mržnje protiv vlastite zajednice, naročito njenih identitetsko-kulturoloških karakteristika. U bošnjačkom slučaju, takav autošovinizam se manifestira kroz prihvaćanje i širenje narativa koji Islam i muslimane predstavlja kao nešto nazadno, strano i nespojivo sa modernim, "europskim" vrijednostima.
Nositelji autošovinističkog narativa u Bošnjaka često dolaze iz redova intelektualaca, novinara ali pojedinih političara koji imaju potrebu da se drugima predstave kao "progresivni" i "evropski orijentirani", za razliku od "zatucane većine" naroda iz kojeg dolaze. Oni neprestano kritiziraju islamske običaje, tradicije, svjetonazore podrivajući pri tome ono što je u suštini i njihov vlastiti identitet i kulturna baština. Takvi glasovi mržnje posebno su prisutni u medijima i na društvenim mrežama, gdje se često može pročitati omalovažavanje nošenja hidžaba, odlaska na džumu, organizovanja javnih iftara, načina proslavljanja islamskih praznika ili uopće muslimanskog načina života. Dodatni problem ovog autošovinizma jeste da, iako dolazi iz bošnjačke zajednice, u stvari služi kao opravdanje islamofobnim narativima koji dolaze izvana.
Ovakva vrsta autošovinističkog samoprezira, koja se često maskira kao "kritika radikalizma" ili "vjerskog fanatizma", pridonosi jačanju islamofobije u društvu jer je legitimizira. Kada bošnjački intelektualci i javne ličnosti umanjuju značaj islamske tradicije u ime titoističke ideologije, ambasadorskih instrukcija ili europskih integracija, oni ne samo da gube vezu sa sopstvenom historijom i kulturom, već legitimiziraju vanjske napade na muslimansku zajednicu.
U konačnici, islamofobija u Bosni i Hercegovini nije samo vjerski problem. Ona je duboko politički motivisana i koristi se kao sredstvo za destabilizaciju. U tom procesu, autošovinistički glasovi među Bošnjacima imaju ulogu korisnih idiota koji svjesno ili nesvjesno pridonose narativu koji zajedincu u kojoj su rođeni i državu u kojoj žive čine daleko lakšom metom za napade.
