Sredinom novembra prošle godine javnost je šokirala informacija da je upravo ovaj nacionalni spomenik Bosne i Hercegovine i jedini rukopis crkvenog karaktera koji se čuva u našoj zemlji nestao i da se ne zna gdje se nalazi. Tek kasnije objavljeno je da je u susjednoj Srbiji.
U Beograd j Čajničko evanđelje poslano bez odobrenja državne Komisije za nacionalne spomenike, koja ga je i proglasila nacionalnim spomenikom 2013. godine, o njegovoj sudbini odlučivao je Zavod za zaštitu kulturno-historijskog i prirodnog naslijeđa Republike srpske. Iz ovog zavoda su ranije istakli i to da u njegovom iznošenju nema ništa sporno jer je „odobrenje za privremeno iznošenje kulturnih dobara iz Rs-a u nadležnosti tog bh. entiteta“. Ne treba posebno ni napominjati da ga smatraju i „srpskim historijskim dokumentom“.
Iako je svakako lijepa vijest da je jedan nacionalni spomenik vraćen u BiH, ostaje otvoreno pitanje šta će se s njim dešavati u periodu pred nama. Ne nazire se način na koji je moguće iskontrolirati nastavak kretanja ovog dokumenta koji je, ne zna se kako, danas u rukama Srpske pravoslavne crkve.
Da nije zimus o nestanku Čajničkog evanđelja progovorila Erma Ramić-Kunić, saradnica u Institutu za jezik Univerziteta u Sarajevu i autorica stručne literature o ovom dokumentu, pitanje je gdje bi ono i sada bilo. Prvi korak u pokušaju zaštite bio bi pozvati na odgovornost sve one iz koji su djelovali protuzakonito u procesu njegovog iznošenja iz BiH.