Bourguiba je rođen kao sedmo dijete Alija Bourguibe, bivšeg poručnika u vojsci Tunisa, u malom ribarskom selu Monastir. U ranoj je dobi poslan na fakultet Ṣadīqī u Tunisu, a kasnije u Lycée Carnot u istom gradu radi srednjeg obrazovanja. Godine 1924. otišao je u Pariz na studij prava i političkih naukja na Sorboni, gdje je uspostavio kontakte s alžirskim i marokanskim intelektualcima koji su sanjali neovisnost. Također je apsorbirao mnoge filozofske i ideološke struje tog vremena, a posebno ga je privukla sekularistička i reformistička tradicija francuskog građanskog života.

Bourguiba se vratio u Tunis 1927. godine, gdje se bavio advokaturom i uključio se u političku borbu za nezavisnost, osobito osnivanjem 1932. nacionalističkih novina (L'Action Tunisienne) i svojim djelovanjem u stranci Destour (Ustav). Ubrzo je postao frustriran vođama Destoura, koje je smatrao konzervativnim i plašljivim.

Godine 1934. Bourguiba i neki njegovi suradnici sazvali su poseban kongres stranke u Ksar Hellalu (Qaṣr Hallāl) i osnovali vlastitu stranku-New Destour, ili Neo-Destour gdje je Bourguiba postao generalni sekretar. Bourguiba je poticao Tunižane na sukob s kolonijalnim vladarima, što je rezultiralo njegovim progonstvom u zatvor na pustom jugu. Do tada je već postao priznati vođa nacionalističkog pokreta u razvoju, s reputacijom vatrenog i nadahnjujućeg govornika.

Po izlasku iz zatvora 1936., Bourguiba je usmjerio svoju energiju na izgradnju organizacijske strukture stranke. Shvatio je da stari Destour nije uspio mobilizirati mase jer je ostao stranka urbanih intelektualaca. Da bi bio učinkovit, Neo-Destour je morao bitui privlačan cijeloj naciji, s podružnicama u ruralnim područjima.

Podržavao je organiziranu radnu snagu, posebno osnivanje Nacionalnog sindikata rada u Tunisu (Union Générale des Travailleurs Tunisiens), dijelom kao način suprotstavljanja utjecaju Opće konfederacije radnika Tunisa koju su podržavali komunisti (Confédération Générale des Travailleurs), a djelomično vezao interese radničke klase za nacionalističku stvar. Pod njegovim vodstvom stranka je također osnovala nove organizacije za mobilizaciju studenata, zanatlija, poljoprivrednika i žena, koje će kasnije formirati organizacijske i institucionalne osnove vladavine Neo-Destoura.

Nakon drugog razdoblja internacije, ovaj put u francuskim vojnim zatvorima (1938–42), Bourguiba se vratio u Tunis pod njemačkom okupacijom. Uvjeren da će saveznici na kraju pobijediti, odbio je savezništvo s Nijemcima. Godine1945. napustio je zemlju i otišao u Egipat, gdje se nastavio zalagati za neovisnost Tunisa.

Putovao je i Evropom, istočnom Azijom, Bliskim istokom i Sjedinjenim Državama, pokušavajući pridobiti pristaše za svoju stvar i pokazujući pragmatičnu diplomatiju koja će mu tako dobro poslužiti u kasnijem životu. Vrativši se u Tunis 1949. godine, još jednom je obišao zemlju. Do 1950. Destour je bio zastupljen u vladi Tunisa, koja je pregovarala o odnosima s Francuskom.

Bourguiba je ponovno uhićen 1952. i pritvoren, prvo u Tunisu, a kasnije u Francuskoj. Međutim, 1954. godine, kad su se tuniski nacionalisti okrenuli terorizmu, francuska vlada započela je pregovore s Bourguibom, priznajući unutarnju autonomiju Tunisa kao prvi korak. Nova vlada, koja je uključivala Neo-Destour, formirana je s izričitom svrhom pregovaranja o okončanju francuske vladavine.

Prva faza dovršena je u julu 1955. kada je potpisana konvencija o unutarnjoj autonomiji, ograničavajući francusku kontrolu na pitanja odbrane i vanjskih poslova. Jedan od Bourguibinih kolega i Neo-Destourovih vođa, Salah Ben Youssef, borio se protiv dogovora, pa je stranka bila podijeljena, odlučujući u korist Bourguibe tek nakon kongresa na kojem je Ben Youssef izbačen iz stranke. Bourguiba je kasnije radio na tome da spriječi bilo kojeg pojedinca da razvije bazu moći unutar stranke do te mjere koja bi mogla ugroziti jedinstvo stranke ili Bourguibin vlastiti autoritet.

Nakon daljnjih pregovora, između Tunisa i Francuske potpisan je Protokol od 20. marta 1956., u stvari ugovor o nezavisnosti. Godine 1957. načelno je postignut sporazum o evakuaciji francuskih snaga iz zemlje (s izuzetkom baze u Bizerti). Monarhija je ukinuta, a Bourguiba je izabran za predsjednika nove republike.

Bourguiba je krenuo u oblikovanje nove republike u skladu sa svojom osobnom vizijom. Godine 1959. Neo-Destour je osvojio svih 90 mjesta u novoj Narodnoj skupštini, a uveden je ustav koji je skupštinu učinio isključivom odgovornom za vladavinu i red u zemlji. Priznata je uloga islama u tuniskom identitetu, iako je rad vlade trebao biti isključivo sekularan.

Prava žena priznata su u Kodeksu osobnog statusa iz 1956. godine, iznimno radikalnom dokumentu za svoje vrijeme koji je, između ostalog, zabranio poligamiju, dao ženama virtualnu pravnu ravnopravnost s muškarcima, omogućio ženama da pokrenu razvod, uveo zakonsku minimalnu dob za udaju i dao ženama pravo na obrazovanje. Obrazovanje je prošireno diljem zemlje, a kurikulum je moderniziran kako bi se smanjio vjerski utjecaj. Vojska je bila čvrsto podređena civilnoj vladi, a administracija je prošla proces „tunisifikacije“ kako bi zamijenila francuske radnike tuniskim kolegama.

Eksperiment s kolektivističkim oblikom socijalizma napušten je 1969. godine. Svjetska banka odbila je finansirati program, značajni dijelovi poljoprivredne zajednice opirali su mu se, a eksperiment nije proizveo željeno povećanje proizvodnje; osim toga, Bourguiba se uvjerio da ga primarni zagovornik programa, Ahmed Ben Salah, koristi za jačanje vlastitih ambicija.

Tokom '70-ih Bourguiba je nadgledao izvozno orijentiranu politiku, potaknutu domaćim prihodima od nafte, doznakama radne snage i inozemnim zaduživanjem. Kad su sva tri izvora presušila '80-ih, zemlji su itekao trebala ulaganja. Privatni sektor, koji je djelomično subvencioniran od strane vlade, ali podjednako isključen iz određenih područja proizvodnje i određivanja cijena, nije uspio popuniti prazninu, pa je zemlja spiralirala upala u dužničku krizu, žkonačno se obrativši Međunarodnom monetarnom fondu za program strukturne prilagodbe 1986.

Bourguibina vanjska politika odražavala je njegovu sklonost pragmatizmu nad ideologijom. Tražio je od Zapada ekonomsku i vojnu pomoć, težio je održavanju posebnih odnosa s Francuskom, vjerujući da postoje pozitivna ekonomska, kulturna i društvena naslijeđa kolonijalizma koja se trebaju iskoristiti. Unatoč velikim krizama zbog podrške Tunisa alžirskoj oslobodilačkoj borbi, napada Tunisa na francusku bazu u Bizerti i eksproprijacije doseljeničke zemlje, Bourguiba je općenito uspio osigurati trajno i srdačno prijateljstvo između dvije zemlje.

Neumorno je radio i na razvoju dobrih odnosa sa Sjedinjenim Državama, željan da Tunis poveže s tehnologijama modernizacije. Na žalost arapskog svijeta, zagovarao je umjeren i konstruktivan stav prema Izraelu; unatoč tome, podržao je prava Palestinaca i ponudio Palestinskoj oslobodilačkoj organizaciji bazu kad je protjerana iz Libana 1982.

Neo-Destour, preimenovan je u Destourian Socialist Party (Parti Socialiste Destourien) 1964. i zadržao je monopol nad unutarnjom politikom. Liberali unutar stranke postali su nestrpljivi s Bourguibinom tendencijom da centralizira vlast u sebi. Kako su se disidenti unutar stranke sedamdesetih godina prošlog stoljeća odvojili kako bi formirali vlastite podzemne političke pokrete, Bourguiba je postajao autoritarniji i odvojeniji od stranačke baze. Obećanja o političkoj liberalizaciji nisu se ostvarila.

Do '80-ih bio je uvjeren da je islamističko oživljavanje prijetilo zemlji, a nakon niza bombaških napada islamističkih elemenata na njegov voljeni rodni grad Monastir, naredio je žestok napad na vodstvo i redove pokreta Mouvement de la Tendance Islamique. Uslijedilo je suđenje koje je razotkrilo zloupotrebe snaga sigurnosti zemlje, a Tunis je bio na rubu političke i ekonomske krize, što je izazvalo ustavni udar kojim je Bourguiba sklonjen zbog lošeg mentalnog zdravlja.

Karizmatični Bourguiba je u velikoj mjeri ostao očinska figura koja je Tunis dovela do nezavisnosti, iako je njegova vlastita popularnost opala kako je postajao sve autoritarniji, aktivno sprječavajući nastanak nasljednika. Kada je svrgnut Bourguiba je već imao 84 godine i, unatoč lošem zdravstvenom stanju, državom je vladao 30 godina. Nakon što je smijenjen s dužnosti, novi režim ga je zatvorio u kuću u Monastiru i dopuštali su mu samo rijetke posjetitelje.

Njegova smrt kod kuće 2000. godine, nakon razdoblja dugotrajne bolesti, obilježena je prigušenim periodom nacionalne žalosti, te je pokopan u svom mauzoleju u Monastiru.