Tužilaštvo Bosne i Hercegovine tereti ga da je planirao, komandovao i nadzirao aktivnosti pripadnika puka, koji je bio pod njegovom komandom, prilikom zarobljavanja i ubistava više stotina muškaraca bošnjačke nacionalnosti na više lokacija na području Nove Kasabe, nakon pada takozvane zaštićene zone UN-a Srebrenice.
Među dokumentima koji svjedoče o genocidu u Srebrenici na stranici Sense centra nalazi se i dokument koji je potpisao Milomir Savčić u kojem obavještava nadređene u Glavnom štabu VRS-a da je u Kasabi zarobljeno više od 1.000 Bošnjaka.
Savčić predlaže da se zabrani snimanje i fotografiranje zarobljenika, da se zabrani prolazak vozila UNPROFOR-a tim putem kako ne bi vidjeli zarobljene na fudbalskom igralištu koje se nalazi tik pored ceste Zvornik-Vlasenica, zatim predlaže da se zarobljenici sklone u zatvorene prostorije da bi bili zaštićeni od snimanja iz zraka i osmatranja sa zemlje.
Zarobljeni Bošnjaci prebačeni su na druge lokacije, gdje su strijeljani i zakopani u masovne grobnice, iz kojih su kasnije iskopavani i premješteni na druge lokacije u nove masovne grobnice kako bi se prikrili tragovi zločina.
