Za etničko čišćenje počinjeno u općini Bileća u toku Agresije na Bosnu Hercegovinu Haški tribunal oglasio je krivim sami politički vrh Rs-a. Biljana Plavšić, predsjednica Rs-a, osuđena je na 11 godina zatvora, i to nakon priznanja da je učestvovala u kreiranju progona u 37 bosanskohercegovačkih općina; Momčilo Krajišnik, predsjedavajući Narodne skupštine Rs-a, na 20 godina zatvora za progon u 34 općine; a Mićo Stanišić, ministar unutrašnjih poslova Rs-a 1992, na 22 godine zatvora za progon u 20 općina.

Pored toga, Sud BiH osudio je Krstu Savića na 17 godina zatvora jer je, kao član udruženog zločinačkog poduhvata, kreirao etničko čišćenje u općinama Kalinovik, Trebinje, Nevesinje, Bileća i Gacko. Krsto Savić bio je načelnik CSB Trebinje, ministar unutrašnjih djela samoproglašene SAO Hercegovina i član Štaba MUP-a samoproglašene Srpske Republike BiH. Njegova konkretna odgovornost za Bileću odnosi se na premlaćivanje 150 muškaraca koji su nelegalno bili zatočeni u prostorijama SJB i u Đačkom domu; 5. oktobra 1992. polovina ovih zatočenika i njihovih porodica deportirana je u Crnu Goru.

Od direktnih počinilaca zločina na području općine Bileća do sada je na tri suda osuđeno osam pripadnika VRs-a i MUP-a Rs-a na ukupnu kaznu od 50 godina i šest mjeseci zatvora. Sud BiH osudio je šestoricu na 35 godina i šest mjeseci, Okružni sud u Trebinju jednog na jednu godinu zatvora, a jedan je osuđen na 14 godina pred hrvatskim pravosuđem.

Početkom agresije na Bosnu i Hercegovinu apsolutnu vlast u općini Bileća držala je Srpska demokratska stranka (SDS), kroz koju se, kako nam to govore haške presude, granao udruženi zločinački poduhvat. U tački 945 haške presude Mići Stanišiću i Stojanu Župljaninu čitamo da je “predsjednik Skupštine opštine bio Miroslav Vujović, načelnik SJB-a Goran Vujović, a šef stanice milicije Miroslav Duka”. Tačka 946: “Srbi, Hrvati i Muslimani vodili su miran suživot u Bileći do kraja 1991. godine. Nakon što je u oktobru 1991. izbio rat u Hrvatskoj, SDS je počeo da dijeli oružje osobama srpske nacionalnosti. Početkom 1992. ljudi su počeli da se razdvajaju po nacionalnoj osnovi, pri čemu su Srbi i Muslimani izlazili u različite kafiće. Od početka 1992. godine do juna 1992. godine crnogorski i lokalni vojnici su prolazili kroz muslimanske dijelove i nasumice pucali na muslimanske kuće. U istom tom periodu uvedena su ograničenja kretanja stanovnika muslimanske nacionalnosti...”

Bile su to posljednje pripreme za operaciju etničkog čišćenja Bošnjaka. Tačka 948: “U proljeće 1992. godine u Bileći je osnovana specijalna jedinica milicije da 'očisti teren' u sudejstvu s JNA. Pored plavih uniformi milicije, pripadnici te jedinice su također nosili zelene maskirne uniforme. Svi pripadnici te jedinice bili su srpske nacionalnosti. Komandant jedinice bio je Miroslav Duka.” Tačka 949 kaže: “Tokom 1992. godine u Bileći su mnogi Muslimani otpušteni s posla...”, a tačka 952: “10. juna 1992. godine srpske paravojne trupe ušle su u Bileću iz Gacka. Paravojne grupe obuhvatale su 'Bele orlove', koji su nosili maskirne uniforme, arkanovce, koji su nosli crne uniforme, i 'Žute ose'...” Počinje operacija hapšenja civila bošnjačke nacionalnosti. Tačka 952 kaže: “(...) Tokom te operacije uhapšeno je 140 Muslimana. Oni su svi bili iz Bileće i smješteni su u dva glavna zatočenička centra. Jedan centar se nalazio u jednoj đačkoj spavaoni, poznatoj kao Đački dom, koja se nalazila 1,5 do 2 km od SJB-a u Bileći. Drugi centar se nalazio u skladištu uglja koje je bilo svega 30 metara iza zgrade SJB-a Bileća.”

U tački 973 “Pretresno vijeće je zaključilo da je Miroslav Duka, načelnik milicije u Bileći, 10. juna 1992. godine razgovarao s Jorgićem, oficirom JNA koji je doveo paravojne snage u Bileću, i da su 'Beli orlovi' imali pristup zatočeničkim centrima koje je čuvala milicija, gdje su čuvali zatočenike. Na osnovu tih dokaza, pretresno vijeće zaključuje da je milicija sarađivala s paravojnim snagama u činjenju krivičnih djela nad Muslimanima u Bileći.”

Po dobro uhodanom scenariju, dolazi do opće pljačke i rušenja vjerskih objekata. Tačka 953 kazuje: “Kada su počela hapšenja, srpske snage su počele da pljačkaju imovinu muslimana širom Bileće. Kuće u muslimanskim selima, s izuzetkom Prijevora, spaljene su. Druge muslimanske domove zaposjeli su Srbi iz Stoca, Čapljine i Mostara. Pored toga, srpske snage su uz pomoć eksploziva i teške mehanizacije uništile najmanje dvije džamije, jednu u gradu Bileći, a drugu u selu Plana...”

Tačka 956: “U Đačkom domu bilo je 70 do 80 zatočenika, koji su gotovo isključivo bili muslimanske nacionalnosti. Zgrada se sastojala od pet soba, jednog hodnika i jednog WC-a koji su morali da dijele svi zatočenici. Nije bilo dovoljno prostora za sve i neki zatočenici morali su da spavaju sjedeći. Ponekad nije bilo vode ili hrane. Zatočenici su dobijali samo ono što su im donosile njihove porodice, što se u početku dešavalo dva puta dnevno, ali je to kasnije svedeno na jednom dnevno. Tokom otprilike mjesec i po dana, počev od 10. juna 1992. godine, stražari su uglavnom bili rezervni milicioneri. Međutim, rezervne milicionere postepeno je zamijenila redovna milicija iz Bileće i sredinom jula 1992. godine samo su redovni milicioneri bili stražari.” Stražari su “redovno i surovo” premlaćivali zatočenike, kaže tačka 957: “Usljed tih premlaćivanja, žrtve su vrištale, a naneseni su im prelomi kostiju i uzrokovani problemi sa kretanjem. Stražari koji su bili najviše odgovorni za premlaćivanja bili su milicioneri Neđo Delić, Neđo Kuljić, Radomir Bojović, Željko Ilić, Mišo Ilić, Dragiša Ivković, Rade Nosović, Novak Radovanović i Branko Rogan...” U tački 971 “Pretresno vijeće zaključuje da su 11. oktobra 1992. godine Duka i drugi milicionari pretukli Ferhata Avdića u stanici milicije u Bileći i da je Avdić umro nakon nekoliko sati uslijed posljedica premlaćivanja...”

Pored Đačkog doma i zgrade SJB-a, civili su zatvarani i u kasarnu JNA. O tome čitamo u tački 610 presude Momčilu Krajišniku: “Dana 10. juna 1992. svjedok 10 je odveden u policijsku stanicu u Bileći, gdje su ga pretukli pripadnici srpskih paravojnih formacija, nakon čega je odveden u kasarnu u Bileći, koja je poznata i kao kasarna JNA 'Moše Pijade', gdje je bio zatočen petnaest dana. Približno u to vrijeme u kasarni u Bileći bilo je smješteno 244 zatočenika, uključujući i nekoliko žena i djece...”

Onaj ko je htio da bude pušten iz logora morao je napustiti Bosnu. Tačka 961 presude Mići Stanišiću i Stojanu Župljaninu kaže: “(...) U dokumentu koji je trebalo potpisati je pisalo 'Dobrovoljno napuštam Bileću' i postojala je mogućnost da se izjasne da li hoće da idu 'u Srbiju, Crnu Goru ili neku drugu zemlju' ili da li 'žele da ostanu u Bileći'. (...) Samo dvojica zatočenika su u upitniku napisali da žele da ostanu u Bileći i te noći su ih mlatili dok se nisu predomislili.”

Presuda Mići Stanišiću i Stojanu Župljaninu u tački 944 kaže da je “1991. u Bileći živjelo 10.867 ljudi, a nacionalni sastav opštine činilo je 8.789 (80,9 %) Srba, 1.535 (14,1 %) Muslimana, 34 Hrvata (0,3 %) i 509 (4,7 %) pripadnika ostalih nacionalnosti.” Ista tačka kaže da se “1997. postotak Muslimana smanjio na 0,1 %. Približno 1.522 lica muslimanske nacionalnosti i 7 lica hrvatske nacionalnosti koja su 1991. godine živjela u Bileći 1997. postali su interno raseljena lica ili izbjeglice.” Prema popisu iz 2013, općina Bileća imala je 10.807 stanovnika, od čega 10.646 (98,51 %) Srba, 26 (0,24 %) Bošnjaka, 21 (0,19 %) Hrvata i 114 (1,05 %) ostalih ili nepoznate nacionalnosti.

Zbog učešća u progonu bošnjačkog stanovništva, Sud BiH je osudio Gorana Vujovića na 6 godina, Miroslava Duku na 12 i Željka Ilića na 5 godina. Goran Vujović je oglašen krivim za smrt Ferhata (Muharema) Avdića, koji je u oktobru 1992. preminuo u SJB od posljedica premlaćivanja, te za premlaćivanja u Đačkom domu, gdje su zatočenici mučeni i elektrošokovima. Miroslav Duka je u selu Đeće surovo premlaćivao civile, a jednog je čovjeka natjerao da sam zapali svoju kuću i štalu, a onda ga opet pretukao i poslao ga na zatočenje u SJB, gdje ga je i kasnije u nekoliko navrata premlatio. Surovo je mlatio Ismeta Bajramovića, Sabira Bajramovića, Edina Bajramovića, Muniba Ovčinu i Asima Đapu; u septembru 1992. bacao je dimne bombe među zatočenike u SJB i Đačkom domu, a onda pucao kroz prozor, uslijed čega su neki ranjeni. Milicioner Željko Ilić je učestvovao u surovim premlaćivanjima više zatočenika: Sadika Mujačića, Muniba Ovčine, Asima Đape... Presuda Goranu Vujoviću, Miroslavu Duki i Željku Iliću pravosnažna je od 26. maja 2017. S njima je bio optužen i Neđeljko Kuljić, pripadnik SJB-a, ali je on umro tokom suđenja.

Zbog učešća u progonu, Sud BiH je osudio i Borisa Bošnjaka na 8 godina, Miodraga Grubačića na godinu i po i Iliju Džajića na 3 godine zatvora. Oni su bili pripadnici VRS-a, Boris Bošnjak bio je komandir straže u logoru u kasarni JNA “Moša Pijade”, a ostali stražari u tom logoru, u kojem su mučeni zatočeni civili iz Mostara, Bileće, Stoca, Gacka i Nevesinja. Na optužnici je bio i Miloš Mavrak, stražar u logoru, ali je on oslobođen. Presuda je pravosnažna od 5. jula 2021.

Za zločine u bilećkoj kasarni osuđen je i Nenad Dželetović. Njemu je Okružni sud u Trebinju odredio kaznu od jedne godine zatvora. On je, kao pripadnik VRS-a, u augustu 1992. policijskom palicom surovo premlatio Ivicu Puljića. Presuda je pravosnažna od 28. septembra 2017.

U Hrvatskoj je za zločine u Bileći na 14 godina pravomoćno osuđen Branko Ljubišić. On je bio  zapovjednik osiguranja Sabirnog centra ratnih zarobljenika, u kojem su od početka januara do kraja maja 1992. mučeni hrvatski vojnici. Osuđen je 2000. godine. U ovom predmetu obustavljena je istraga protiv M. S., P. B. i B. B., a u odnosu na M. N. i D. V. istraga je trenutno u prekidu zbog nedostupnosti osumnjičenih, stoji u izvještaju Državnog odvjetništva Republike Hrvatske.

U Hrvatskoj se trenutno za zločine protiv ratnih zarobljenika u Sabirnom centru u Bileći sudi i Nikoli Vuletiću. Vuletić nije dostupan hrvatskim pravosudnim organima pa mu se pred Županijskim sudom u Splitu sudi u odsutnosti.